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Tese

Identificação de produtos gênicos (ESTs) de células B CD19+ localizados em loci de susceptibilidade ao lúpus eritematoso sistêmico usando cDNA microarrays (2005)

  • Authors:
  • Autor USP: TREVISAN, GLAUCE LUNARDELLI - FMRP
  • Unidade: FMRP
  • Sigla do Departamento: RGE
  • Assunto: IMUNOGENÉTICA
  • Language: Português
  • Abstract: A etiopatogênese das doenças autoimunes é um dos principais assuntos ainda não resolvidos na imunologia. Embora o conhecimento tenha aumentado muito nos últimos anos, a origem e a natureza dos mecanismos básicos de auto-agressão ainda permanecem como pontos controversos. Um dos protótipos de doenças autoimunes mais bem conhecidos ao nível clínico e laboratorial é o lúpus eritematoso sistêmico (LES). O LES é uma patologia sistêmica crônica, caracterizada por reações imunes e sintomas clínicos anormais. Embora muito estudada, a etiopatogênese do lúpus ainda permanece um enigma que talvez só poderá ser resolvido após a definição da base genética molecular da doença. Por mais de 20 anos, muitos esforços têm sido feitos para a compreensão da genética do LES. Doenças poligênicas humanas, como as doenças autoimunes, são candidatas ideais às análises genético-moleculares em larga-escala, tais como seqüenciamentos de "expressed sequences tags" (ESTs) e análises da expressão gênica pelo uso de cDNA microoarrays. A identificação da fração do genoma funcional que é utilizada por cada tipo celular, tecido ou órgão durante o desenvolvimento e nas suas funções normais e patológicas (estudo do transcriptoma) proverá informações moleculares valiosas para o estudo da estrutura biológica e fisiologia celular. O desenvolvimento de tecnologias automatizadas e em larga escala para a determinação de seqüências de DNA forneceu as ferramentas para as descobertas o seqüenciamento parcial declones de cDNA selecionados ao acaso gerando as ESTs. A geração de ESTs é indispensável em qualquer projeto genoma de mamíferos, fornecendo um grupo sistemático de seqüências para a determinação completa do genoma, além de representar uma ligação direta com a genômica funcional. Embora o esforço para suprir a lacuna de seqüências de linfócitos nos bancos de dados e a identificação de genes esteja sendo feita, muitos dos resultados se concentram ... em análises de seqüências oriundas de células B normais ou de células B de linfomas. Entretanto, poucos dados de seqüências têm sido registrados no GenBank com relação a doenças autoimunes humanas. A metodologia dás ESTs abriu a perspectiva para uma investigação qualitativa e quantitativa da diversidade de expressão gênica no lúpus eritematoso sistêmico e assim, determinar a extensão de expressão restrita ou não à doença. Nosso projeto de pesquisa teve por objetivo avaliar os níveis de expressão gênica diferencial de ESTs de linfócitos B 'CD19 POT.+' de pacientes com lúpus eritematoso sistêmico (LES), comparados com o mesmo tipo de célula de indivíduos normais. Para tal, preparamos uma biblioteca de cDNA random primed a partir de leucócitos periféricos (biblioteca de ESTs) de pacientes com LES, de onde selecionamos 960 clones para a preparação de cDNA microarrays. Realizamos a análise do perfil da expressão gênica de sete pacientes com LES e seis indivíduos normais usando marcaçãoradioativa de cDNA de linfócitos B e hibridações em cDNA microarrays de nylon. Os valores numéricos quantitativos foram analisados por meio de programas estatísticos específicos para análise de cDNA microarrays (SAM, Cluster e TreeView), os quais nos permitiram o agrupamento hierárquico tanto das amostras de pacientes e controles em grupos distintos, quanto o agrupamento dos genes diferencialmente expresso entre os dois grupos pesquisados. Selecionamos 28 clones de cDNA que permitiram identificar seqüências diferencialmente expressas de células B 'CD19 POT.+' de pacientes com LES. Estes clones foram então seqüenciados e a comparação das seqüências com as depositadas no banco de dados GenBank mostrou que várias são idênticas às seqüências ORESTES (ORF ESTs - FAPESP/LICR-HCGP) como esperado, já que utilizamos random primers para gerar nossa biblioteca de cDNA. Quando comparamos nossas seqüências com seqüências ... genômicas, pudemos sobrepô-las em regiões cromossômicas descritas anteriormente como candidatas a loci de susceptibilidade ao lúpus eritematoso sistêmico ou outras doenças autoimunes. Nossos resultados mostraram a importância dá preparação de uma biblioteca de cDNA a partir de células específicas dá doença (ou fenômeno biológico) que se deseja estudar. Além disso mostramos que é possível colhermos dados de expressão gênica diferencial, usando a tecnologia de cDNA microarray, sem que as seqüências dos clones de cDNA utilizados nopreparo do microarray sejam previamente conhecidas. Com o objetivo de estabelecermos uma estratégia altamente seletiva na identificação de genes diferencialmente expressos, decidimos seqüenciar a posteriori somente os clones de cDNA "diferenciais" após as análises estatísticas dos dados de microarrays. O êxito do sistema-modelo foi demonstrado pelo posicionamento das seqüências obtidas em vários loci de susceptibilidade a doenças autoimunes, incluindo o LES. Isto possibilitou uma importante associação entre a genética humana que emprega os estudos de "linkage" com esta estratégia de identificação de produtos gênicos, na forma de ESTs, oriundos de loci de susceptibilidade a doenças autoimunes
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 03.06.2005
    • How to cite
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    • ABNT

      TREVISAN, Glauce Lunardelli. Identificação de produtos gênicos (ESTs) de células B CD19+ localizados em loci de susceptibilidade ao lúpus eritematoso sistêmico usando cDNA microarrays. 2005. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2005. . Acesso em: 21 maio 2024.

    • APA

      Trevisan, G. L. (2005). Identificação de produtos gênicos (ESTs) de células B CD19+ localizados em loci de susceptibilidade ao lúpus eritematoso sistêmico usando cDNA microarrays (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto.

    • NLM

      Trevisan GL. Identificação de produtos gênicos (ESTs) de células B CD19+ localizados em loci de susceptibilidade ao lúpus eritematoso sistêmico usando cDNA microarrays. 2005 ;[citado 2024 maio 21 ]

    • Vancouver

      Trevisan GL. Identificação de produtos gênicos (ESTs) de células B CD19+ localizados em loci de susceptibilidade ao lúpus eritematoso sistêmico usando cDNA microarrays. 2005 ;[citado 2024 maio 21 ]

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