Um método computacional para estimar afinidades entre proteínas flexíveis e pequenos ligantes (2013)
- Autores:
- Autor USP: ALVES, ARIANE FERREIRA NUNES - IQ
- Unidade: IQ
- Sigla do Departamento: QBQ
- Assuntos: PROTEÍNAS (ESTRUTURA); BIOQUÍMICA; ENZIMAS HIDROLÍTICAS
- Idioma: Português
- Resumo: Métodos computacionais são usados para gerar estruturas de complexo proteína-ligante e estimar suas afinidades. Esse trabalho investigou como as diferentes representações da flexibilidade proteica afetam as poses obtidas por ancoragem molecular e as afinidades atribuídas a essas poses. Os mutantes L99A e L99A/M102Q da lisozima T4 foram escolhidos como sistemas modelo. Um descritor para predição de afinidades baseado na aproximação de energia de interação linear (LIE) foi parametrizado especificamente para ligantes da lisozima e foi usado para estimar as afinidades. A proteína foi representada como um grupo de estruturas cristalográficas ou de estruturas de trajetória de dinâmica molecular. O campo de força OPLS-AA para modelar a proteína e os ligantes e a aproximação de Born generalizada para modelar o solvente foram empregados. O descritor de afinidades parametrizado resultou em desvios médios entre afinidades experimentais e calculadas de 1,8 kcal/mol para um conjunto de testes. O descritor teve desempenho satisfatório na separação entre poses cristalográficas e poses falso-positivo e na identificação de poses falso-positivo. Experimentos de agrupamento de complexos realizados com o objetivo de reduzir o custo computacional para estimar afinidades apresentaram resultados insatisfatórios. As melhores aproximações da teoria do ligante implícito propostas aqui para estimar afinidades consideram conjuntos de estruturas de receptor com o mesmo peso. Configurações de ligantetambém apresentam o mesmo peso ou são dominadas por uma única configuração. A representação da flexibilidade requer um tratamento estatístico adequado para estimativa de afinidades. Aqui, a associação entre LIE e a teoria do ligante implícito mostrou-se frutífera
- Imprenta:
- Data da defesa: 06.05.2013
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ABNT
ALVES, Ariane Ferreira Nunes. Um método computacional para estimar afinidades entre proteínas flexíveis e pequenos ligantes. 2013. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2013. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-08052013-144801/. Acesso em: 05 jun. 2024. -
APA
Alves, A. F. N. (2013). Um método computacional para estimar afinidades entre proteínas flexíveis e pequenos ligantes (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-08052013-144801/ -
NLM
Alves AFN. Um método computacional para estimar afinidades entre proteínas flexíveis e pequenos ligantes [Internet]. 2013 ;[citado 2024 jun. 05 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-08052013-144801/ -
Vancouver
Alves AFN. Um método computacional para estimar afinidades entre proteínas flexíveis e pequenos ligantes [Internet]. 2013 ;[citado 2024 jun. 05 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-08052013-144801/
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