Otimização de parâmetros de sequenciamento de DNA bacteriano com alta porcentagem de GC visando a qualidade e custo operacional (2003)
- Authors:
- Autor USP: MUI, TSAI SIU - CENA
- Unidade: CENA
- Subjects: CANA-DE-AÇÚCAR; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; RAQUITISMO DAS SOQUEIRAS
- Language: Português
- Abstract: No Brasil, perdas significativas causadas pela bactéria Leifsonia xyli em cana-de-açúcar podem chegar a 50% de acordo com o ambiente e a variedade. A Leifsonia provoca o raquitismo das soleiras neste hospedeiro e esta doença é facilmente disseminada pelos instrumentos de trabalho rural como facas e máquinas de colheita. Durante o sequenciamento do genoma deste organismo (FAPESP-ONSA), observou-se grande dificuldade na obtenção de sequências com boa qualidade, devido ao fato de os clones obtidos apresentarem de um modo geral, uma alta concentração de regiões ricas em GC. Possivelmente, esses problemas se deveram a dois fatores: a) são regiões de difícil desnaturação e b) a enzima Taq-polimerase (obtida da T. aquaticus) não atua bem nestas regiões da L. xyli, por não se adequar as mesmas. O objetivo deste trabalho foi sequenciar essas regiões, utilizando-se dois métodos: a) método convencional, o qual utiliza Big Dye (reagente contendo DNA polimerase e ddNTPs marcados com fluorescência) e segundo utilizando o Kit DYEnamic Direct cycle sequencing, o qual contém primers com marcadores fluorescentes, que aumentam a intensidade do sinal recebido pela câmara de detecção do sequenciador (3100 Genetic Analyzer). Testes preliminares mostraram que é possível reduzir pela metade a quantidade de DNA e em 5 vezes a quantidade de Big Dye sem perda significativa de qualidade. Novos testes estão sendo incluidos para otimização e redução de custos analíticos, mantendo-se a qualidade proposta
- Imprenta:
- Conference titles: Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo - SIICUSP
-
ABNT
AVENA, Letícia Fernanda et al. Otimização de parâmetros de sequenciamento de DNA bacteriano com alta porcentagem de GC visando a qualidade e custo operacional. 2003, Anais.. São Paulo: USP, 2003. Disponível em: https://uspdigital.usp.br/siicusp/cdOnlineTrabalhoObter?numeroInscricaoTrabalho=3869&numeroEdicao=11&print=S. Acesso em: 31 maio 2024. -
APA
Avena, L. F., Rabello, E., Cannavan, F. de S., & Tsai, S. M. (2003). Otimização de parâmetros de sequenciamento de DNA bacteriano com alta porcentagem de GC visando a qualidade e custo operacional. In . São Paulo: USP. Recuperado de https://uspdigital.usp.br/siicusp/cdOnlineTrabalhoObter?numeroInscricaoTrabalho=3869&numeroEdicao=11&print=S -
NLM
Avena LF, Rabello E, Cannavan F de S, Tsai SM. Otimização de parâmetros de sequenciamento de DNA bacteriano com alta porcentagem de GC visando a qualidade e custo operacional [Internet]. 2003 ;[citado 2024 maio 31 ] Available from: https://uspdigital.usp.br/siicusp/cdOnlineTrabalhoObter?numeroInscricaoTrabalho=3869&numeroEdicao=11&print=S -
Vancouver
Avena LF, Rabello E, Cannavan F de S, Tsai SM. Otimização de parâmetros de sequenciamento de DNA bacteriano com alta porcentagem de GC visando a qualidade e custo operacional [Internet]. 2003 ;[citado 2024 maio 31 ] Available from: https://uspdigital.usp.br/siicusp/cdOnlineTrabalhoObter?numeroInscricaoTrabalho=3869&numeroEdicao=11&print=S - Resistência sistêmica adquirida em cafeeiro contra Hemileia vastatrix e indução local e sistêmica de quitinases e 'beta'-1,3-glucanases por acibenzolar-S-metil
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