Montagem de novo do transcriptoma de teca (Tectona grandis L. f.) e busca por genes relacionados ao estresse hídrico (2015)
- Authors:
- Autor USP: VASCONCELOS, TARCISIO SALES - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LCB
- Subjects: BALANÇO HÍDRICO; TECA; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; GENES
- Language: Português
- Abstract: A teca é uma árvore de grande importância comercial pelas características de cor e durabilidade de sua madeira. Devido a sua rusticidade e fácil adaptação ao clima, plantios de teca tornam-se cada vez mais atrativos ao redor do mundo. Contudo, esta espécie apresenta escassez de estudos genéticos moleculares a respeito tanto de sua madeira, quanto de sua tolerância às variações ambientais. Uma vez que o transcriptoma pode apresentar grande quantidade de informação a respeito dos genes expressos por um conjunto celular, neste trabalho foi realizado o primeiro transcriptoma de teca, onde foram sequenciadas flores, folhas, raízes e seedlings pela tecnologia Illumina. A montagem do transcriptoma foi realizada com o programa Trinity acima de 100 milhões de reads e gerou mais de 400 mil contigs, os quais tiveram as anotações funcionais adquiridas com o programa Blas2GO. 51% dos contigs foram anotados, mostrando alta similaridade com as espécies Vitis vinifera e Solanum licopersicum; destes, 78% obtiveram anotações funcionais com o Gene Ontology, totalizando 5.165 termos para Processo Biológico, 2.846 termos para Função Molecular e 742 para Componente Celular. A expressão diferencial foi obtida com o programa edgeR a 5% de probabilidade de erro e mostrou que, para 187.315 contigs montados através da fusão de todas as bibliotecas sequenciadas, 18 mostraram expressão diferencial para flor, 14 para folha, 13 para raiz e 29 para seedling. Após a etapa de caracterização do transcriptoma,foi realizado um experimento de estresse por déficit hídrico em casa-de-vegetação, onde plantas de teca foram submetidas a estresse Moderado (40% de água no substrato por 20 dias), estresse Severo (20 a 40% de água por 30 dias) e tratamento controle (substrato saturado). As medições através de analisador de gases por infravermelho (IRGA) mostraram queda na fotossíntese (até 70% a menos do que o controle), na transpiração (até 77%) e na condutância estomática (até 85%) entre os tratamentos; além disto, o conteúdo relativo de água foliar caiu 13% entre o tratamento severo e o controle, e níveis de prolina livre foram até 3,5 vezes mais altos nos tratamentos de estresse. A temperatura foliar aumentou significativamente com o aumento da irradiância de fótons aplicada. A busca por genes relacionados ao estresse por déficit hídrico na biblioteca de transcritos de Raiz retornou 1.145 sequências, e destas, 4 foram caracterizadas: TgTPS (trealose 6-fosfato sintase), TgPIP (aquaporina, proteína intrínseca de membrana plasmática), TgDREB2 (proteína de ligação a elemento responsivo a desidratação) e TgAREB (proteína de ligação a elemento responsivo a ácido abscísico). Apenas TgTPS, TgPIP e TgDREB2 mostraram alto grau de conservação entre as espécies, podendo ser corretamente amplificadas via PCR e validadas por sequenciamento. Assim, com o banco de dados de transcritos obtido pelo RNA-seq, foi possível identificar genes candidatos ao estudo de características vegetativas e reprodutivasde teca, contribuindo para entender os mecanismos moleculares desta espécie florestal
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2015
- Data da defesa: 22.05.2015
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ABNT
VASCONCELOS, Tarcisio Sales. Montagem de novo do transcriptoma de teca (Tectona grandis L. f.) e busca por genes relacionados ao estresse hídrico. 2015. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2015. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11144/tde-23062015-153917/. Acesso em: 01 maio 2024. -
APA
Vasconcelos, T. S. (2015). Montagem de novo do transcriptoma de teca (Tectona grandis L. f.) e busca por genes relacionados ao estresse hídrico (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11144/tde-23062015-153917/ -
NLM
Vasconcelos TS. Montagem de novo do transcriptoma de teca (Tectona grandis L. f.) e busca por genes relacionados ao estresse hídrico [Internet]. 2015 ;[citado 2024 maio 01 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11144/tde-23062015-153917/ -
Vancouver
Vasconcelos TS. Montagem de novo do transcriptoma de teca (Tectona grandis L. f.) e busca por genes relacionados ao estresse hídrico [Internet]. 2015 ;[citado 2024 maio 01 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11144/tde-23062015-153917/
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