Desenvolvimento PCR em Tempo-Real em sistema TaqMan® para detecção de rotavírus em amostras clínicas de bovinos (2016)
- Authors:
- Autor USP: BERNARDES, NARA THIERS CACCIATORI GALLETI - FMVZ
- Unidade: FMVZ
- Sigla do Departamento: VPS
- Subjects: BOVINOS; DIAGNÓSTICO; DIARREIA; ROTAVÍRUS ANIMAL
- Keywords: Diagnosis; Diarrhoea; PCR em Tempo Real; Real-Time PCR; Rotavírus
- Language: Português
- Abstract: A diarréia neonatal é o principal problema sanitário que acomete os bezerros nas primeiras semanas de vida, causando grandes prejuízos devido à morbidade, mortalidade, custos com tratamento e atraso no desenvolvimento. Os rotavírus são os mais importantes agentes virais causadores de gastroenterites em crianças e diarreia em diferentes espécies animais. Além do seu impacto econômico na produção animal, os bovinos podem atuar como reservatórios da diversidade genética e antigênica para humanos. Assim, o diagnóstico deste agente é fundamental para o desenvolvimento de medidas profiláticas mais especificas visando o seu controle. O objetivo deste trabalho foi desenvolver um método de PCR em Tempo Real para a detecção de rotavírus bovinos em sistema Taqman® tendo como alvo, a proteína não-estrutural 5 (NSP5). Para isso, 113 amostras de fezes bovinas foram coletadas de reabanhos do estado de São Paulo, e previamente testadas por PCR convencional. Para a padronização da PCR em Tempo Real, a estirpe padrão foi clonada, gerando um plasmídeo com 3x1010 cópias/reação. Como controle exógeno foi utilizado β-actina. O limite de detecção foi determinado por diluições seriadas na base 10, detectando até 6x101 cópias/µl. A curva padrão da PCR em Temo Real para a detecção do segmento codificador da proteína NSP5 teve como resultados, uma eficiência de 100,47%; com slope igual a -3,18 e R2 de 1,0. De um total de 113 amostras testadas pela PCR convencional 63 delas (55,7%) foram consideradas positivas para rotavírus. Dessas mesmas amostras testadas, 5 não amplificaram para β-actina e não foram incluídas nas análises posteriores. Para a PCR em Tempo Real o limite de detecção foi considerado o valor de 6x101 cópias/reação, sendo definido o ponto de corte o ciclo (Ct) de número 36 para o teste com a amostra viral a partir do DNA ligado em vetor plasmidial.Considerando-se o ponto de corte de 60 (6x101) cópias/reação, das 108 amostras testadas, 63 (58,3%) foram consideradas positivas ao teste. O valor de concordância obtido através do teste Kappa, a um intervalo de confiança de 95%, a partir dos resultados gerados entre os testes de PCR convencional e PCR em foi de 0.279 (baixa concordância). Os resultados obtidos nesse estudo demonstrou que o teste foi eficiente podendo ser utilizado para um diagnóstico rápido e eficiente do rotavirus do grupo A, aumentando assim o repertório dos testes já estabelecidos
- Imprenta:
- Data da defesa: 14.07.2016
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ABNT
BERNARDES, Nara Thiers Cacciatori Galleti. Desenvolvimento PCR em Tempo-Real em sistema TaqMan® para detecção de rotavírus em amostras clínicas de bovinos. 2016. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2016. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-26092016-103616/. Acesso em: 23 maio 2024. -
APA
Bernardes, N. T. C. G. (2016). Desenvolvimento PCR em Tempo-Real em sistema TaqMan® para detecção de rotavírus em amostras clínicas de bovinos (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-26092016-103616/ -
NLM
Bernardes NTCG. Desenvolvimento PCR em Tempo-Real em sistema TaqMan® para detecção de rotavírus em amostras clínicas de bovinos [Internet]. 2016 ;[citado 2024 maio 23 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-26092016-103616/ -
Vancouver
Bernardes NTCG. Desenvolvimento PCR em Tempo-Real em sistema TaqMan® para detecção de rotavírus em amostras clínicas de bovinos [Internet]. 2016 ;[citado 2024 maio 23 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-26092016-103616/
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