Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços Web semânticos para a análise de expressão gênica (2016)
- Authors:
- Autor USP: GUARDIA, GABRIELA DER AGOPIAN - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; ALGORITMOS E ESTRUTURAS DE DADOS; INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL
- Keywords: Análise de expressão gênica; Composição de serviços; Desenvolvimento de serviços; Gene expression analysis; Plataforma de serviços; Semantic web services; Service composition; Service development; Service platform; Serviços web semânticos
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Estudos de expressão gênica geralmente envolvem a realização de processos de análise integrados para a obtenção de respostas biológicas de interesse. A realização destes processos frequentemente requer o uso combinado de uma série de ferramentas de software. No entanto, o processo de integração manual de ferramentas pode ser demorado e propenso a erros devido ao crescente número de ferramentas e formatos de dados disponíveis no domínio. De modo a automatizar o processo de integração, algumas abordagens têm sido propostas tanto para a adaptação das ferramentas de análise existentes como serviços web semânticos, quanto para o desenvolvimento de ambientes de suporte à integração (composição) de serviços web semânticos. Embora estas abordagens representem avanços, nenhuma solução adequada para o desenvolvimento e composição de serviços foi especificamente definida para o domínio de genômica funcional. Neste contexto, o principal objetivo deste projeto foi investigar uma solução completa para o desenvolvimento e composição de serviços web semânticos para a análise de expressão gênica. Como parte da solução proposta, definimos uma metodologia integrada para a implementação de serviços web semânticos criados a partir de ferramentas de software existentes e para a anotação semântica destes serviços.Nossa metodologia fornece diretrizes concretas para o desenvolvimento sistemático de serviços, considerando também os principais aspectos técnicos associados ao processo de desenvolvimento. Esta metodologia foi aplicada a um conjunto representativo de serviços que fornecem suporte às principais atividades de análise realizadas em diferentes tipos de dados de expressão gênica. De forma complementar, definimos uma solução completa para a composição semântica de serviços no domínio de análise de expressão gênica. A solução proposta foi implementada em uma plataforma de suporte semi-automático à composição de serviços web semânticos, chamada SemanticSCo. Esta plataforma fornece suporte flexível a todas as atividades envolvidas no processo de composição de serviços, incluindo a criação, publicação, requisição, descoberta, seleção, composição e execução de serviços. Além disto, a plataforma SemanticSCo foi projetada para prover suporte adequado a diferentes tipos de usuários, incluindo biologistas e bioinformatas. Neste sentido, a plataforma fornece aos usuários um alto nível de abstração para a definição de seus processos de análise, permitindo que os mesmos se concentrem mais nas questões de pesquisa biológicas do que nos aspectos subjacentes do processo de composição.Adicionalmente, a plataforma SemanticSCo suporta a definição e incorporação não apenas de serviços simples, definidos em termos de uma única operação, mas também de serviços complexos, definidos em termos de um conjunto de condições que restringem a ordem de invocação de suas operações. Finalmente, de modo a avaliar a plataforma de suporte desenvolvida, definimos diferentes cenários de composição para a análise (integrada) de dados de expressão gênica. O uso da plataforma SemanticSCo facilitou a definição destes cenários, permitindo assim a reprodução dos resultados obtidos a partir de diferentes estudos de expressão gênica previamente documentados na literatura
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2016
- Data da defesa: 12.08.2016
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ABNT
GUARDIA, Gabriela Der Agopian. Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços Web semânticos para a análise de expressão gênica. 2016. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2016. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28102016-101702/. Acesso em: 27 abr. 2024. -
APA
Guardia, G. D. A. (2016). Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços Web semânticos para a análise de expressão gênica (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28102016-101702/ -
NLM
Guardia GDA. Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços Web semânticos para a análise de expressão gênica [Internet]. 2016 ;[citado 2024 abr. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28102016-101702/ -
Vancouver
Guardia GDA. Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços Web semânticos para a análise de expressão gênica [Internet]. 2016 ;[citado 2024 abr. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28102016-101702/
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