Transcriptoma comparativo e redes de co-expressão gênica associados a características de carcaça de bovinos Nelore (2017)
- Authors:
- Autor USP: VIGNATO, BARBARA SILVA - FZEA
- Unidade: FZEA
- Sigla do Departamento: VNP
- Subjects: RNA; EXPRESSÃO GÊNICA; CARCAÇA; GADO NELORE
- Keywords: Longissimus dorsi; Área de olho de lombo; Backfat thickness; Espessura de gordura subcutânea; Ribeye area; RNA-Seq; WGCNA
- Language: Português
- Abstract: O objetivo deste trabalho foi estudar o transcriptoma do músculo Longissimus dorsi (LD) de bovinos da raça Nelore associado as características de área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS), a fim de encontrar genes diferencialmente expressos (GDE), conjuntos de genes co-expressos, vias metabólicas e processos biológicos que regulam essas características. Foram utilizados dados de 385 bovinos Nelore castrados para obtenção das medidas fenotípicas de AOL e EGS, mensuradas entre a 12ª e 13ª costelas do músculo LD. Estes animais foram separados em dois grupos extremos, alto e baixo, contendo seis animais cada, baseados nos valores genômicos estimados (GEBV), para AOL e para EGS. Estes conjuntos de 12 animais foram submetidos à análise de expressão diferencial afim de encontrar GDE entre os grupos. Em seguida, a análise de enriquecimento funcional a partir da lista de GDE foi executada por meio do DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) e da combinação do BiNGO (Biological Networks Gene Ontology) e REVIGO (Reduce + Visualise Gene Ontology). Para AOL, foram identificados 101 GDE entre os grupos de alto e baixo GEBV. Desses, 72 genes apresentaram-se down-regulated e 29 up-regulated no grupo baixo. Para EGS, foram encontrados 18 GDE, dos quais treze apresentaram-se up-regulated e cinco down-regulated no grupo baixo. Dentre as vias metabólicas e processos biológicos encontrados para essas características, destacam-se a via desinalização MAPK (bta04010) e a via da endocitose (bta04144) - AOL - e, os processos de biossíntese de andrógenos (GO:0006702) e via de sinalização canônica Wnt (GO:0060070) - EGS. Para encontrar conjuntos de genes co-expressos associados aos tratamentos (AOL e EGS), foi utilizado o pacote WGCNA (Weighted Correlation Network Analysis) do R, com dados de contagens de transcritos de 43 animais. Foram identificados 37 módulos, dentre eles, os módulos Azul, Verde-escuro e Salmon apresentaram correlação significativa de 0,3 com a EGS (P<0,10). Os genes destes módulos foram selecionados para análise de enriquecimento funcional quando seus valores de filiação ao módulo foram superiores a 0,7. O módulo azul apresentou o maior número de genes co-expressos, com 953 genes submetidos à análise de enriquecimento funcional. Foram encontradas seis vias metabólicas e 101 termos do Gene Ontology para este módulo, conforme análise do DAVID, além de 108 processos biológicos identificados pelo BiNGO/REVIGO. Os resultados do presente estudo enfatizam a complexidade da regulação gênica do músculo LD de bovinos Nelore associado às características de AOL e EGS. Estes resultados nos auxiliam a compreender melhor os diversos processos moleculares envolvidos na deposição muscular e de gordura de cobertura, características de carcaça economicamente importantes para a produção da carne bovina
- Imprenta:
- Publisher place: Pirassununga
- Date published: 2017
- Data da defesa: 31.03.2017
-
ABNT
VIGNATO, Bárbara Silva. Transcriptoma comparativo e redes de co-expressão gênica associados a características de carcaça de bovinos Nelore. 2017. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Pirassununga, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-14062017-141340/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Vignato, B. S. (2017). Transcriptoma comparativo e redes de co-expressão gênica associados a características de carcaça de bovinos Nelore (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Pirassununga. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-14062017-141340/ -
NLM
Vignato BS. Transcriptoma comparativo e redes de co-expressão gênica associados a características de carcaça de bovinos Nelore [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-14062017-141340/ -
Vancouver
Vignato BS. Transcriptoma comparativo e redes de co-expressão gênica associados a características de carcaça de bovinos Nelore [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-14062017-141340/ - Expressão gênica dos receptores de cortisol no músculo de bovinos Nelore e associação com características endócrinas, metabólicas e qualidade da carne
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