Associação genômica ampla (GWAS) aplicada a características reprodutivas de novilhas da raça Nelore (2017)
- Authors:
- Autor USP: OLIVEIRA JUNIOR, GERSON ANTONIO DE - FZEA
- Unidade: FZEA
- Sigla do Departamento: ZMV
- Subjects: MELHORAMENTO GENÉTICO ANIMAL; GENÔMICA; MARCADOR MOLECULAR; GADO NELORE; REPRODUÇÃO ANIMAL; PRENHEZ
- Language: Português
- Abstract: Considerando a importância econômica da precocidade sexual no sistema de produção de bovinos de corte, o objetivo deste estudo foi identificar regiões genômicas associadas a características reprodutivas tais como a prenhez precoce e número de folículos antrais em novilhas da raça Nelore, identificando processos biológicos envolvidos para um melhor entendimento da variabilidade fenotípica destas características. O banco de dados foi composto por 2.283 novilhas, filhas de 78 touros, provenientes de três fazendas comerciais do Brasil. Destas, 1.267 foram genotipadas com aproximadamente 74 K SNPs. Após análises de controle de qualidade, permaneceram informações de 1.255 animais e 64.800 marcadores. A informação genotípica de 42 touros também estava disponível e touros não genotipados com mais de 5 progênies genotipadas foram imputados para a mesma densidade de marcador das novilhas. Análises de associação genômica ampla (GWAS) foram utilizadas considerando uma metodologia Bayesiana (BayesB) para identificar potenciais janelas genômicas (~ 1 Mb) responsáveis pela explicação de ≥ 1% da variância genética das características. Essas regiões foram utilizadas para a pesquisa de genes bem como nas análises de enriquecimento utilizando os termos MeSH. Ainda, blocos haplotípicos dessas regiões genômicas foram ajustados como efeitos classificatórios no modelo BayesB, com o objetivo de estimar a influência de cada alelo dos touros heterozigotos sobre os fenótipos. Os coeficientes deherdabilidade preditos foram 0,28 ± 0,07 e 0,49 ± 0,09 para PP e NF, respectivamente, com correlação genética de -0,21 ± 0,29. Os resultados do GWAS apontaram janelas genômicas significativas nos cromossomos 5, 14 e 18 para PP e 2, 8, 11, 14, 15, 16 e 22 para NF. As análises de enriquecimento revelaram termos significativos (p < 0,05) associados com PP: Munc-18 Proteins, Fucose e Hemoglobins, e com NF: Cathepsin B, Receptors-Neuropeptide e Palmitic Acid. Um total de 15 alelos haplotípicos tiveram efeitos diferentes (p < 0,10) de sua cópia alternativa para PP e 16 para NF. As análises genômicas contribuíram para uma melhor compreensão da estrutura genética das características reprodutivas PP e NF, podendo colaborar com estratégias de seleção para melhoria dos índices reprodutivos de bovinos da raça Nelore
- Imprenta:
- Publisher place: Pirassununga
- Date published: 2017
- Data da defesa: 24.03.2017
-
ABNT
OLIVEIRA JÚNIOR, Gerson Antônio de. Associação genômica ampla (GWAS) aplicada a características reprodutivas de novilhas da raça Nelore. 2017. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Pirassununga, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74135/tde-17082017-111905/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Oliveira Júnior, G. A. de. (2017). Associação genômica ampla (GWAS) aplicada a características reprodutivas de novilhas da raça Nelore (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Pirassununga. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74135/tde-17082017-111905/ -
NLM
Oliveira Júnior GA de. Associação genômica ampla (GWAS) aplicada a características reprodutivas de novilhas da raça Nelore [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74135/tde-17082017-111905/ -
Vancouver
Oliveira Júnior GA de. Associação genômica ampla (GWAS) aplicada a características reprodutivas de novilhas da raça Nelore [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74135/tde-17082017-111905/ - Estudo de diferentes estruturas de grupos genéticos aditivos visando ao aumento da eficiência de seleção em bovinos de corte
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