Estudo do efeito de diferentes métodos de armazenamento das amostras de fezes para a caracterização da microbiota intestinal, por meio de sequenciamento de nova geração (2017)
- Authors:
- Autor USP: RIBEIRO, ROBERTO MARQUES - FM
- Unidade: FM
- Sigla do Departamento: MIP
- Subjects: RNA RIBOSSÔMICO; FEZES; INTESTINOS; MICROBIOLOGIA APLICADA
- Keywords: Armazenamento de substâncias produtos e materiais; Feces; Gastrointestinal microbiome; Guanidina; Guanidine; Microbioma intestinal; Microbiota; Next generation sequencing; RNA ribossômico 16S; Sequenciamento de nova geração; Storage of substances products and materials
- Language: Português
- Abstract: INTRODUÇÃO: A microbiota intestinal tem sido alvo de diversos estudos moleculares, principalmente através da introdução de plataformas de sequenciamento de nova geração, devido à sua importância e amplo relacionamento com o hospedeiro humano. Entretanto, o armazenamento de amostras fecais antes da extração do DNA é crítico ao caracterizar a composição da microbiota intestinal. Com base nesses dados, o presente estudo buscou compreender os efeitos de diferentes métodos de armazenamento de amostras fecais para caracterizar a microbiota intestinal através do sequenciamento da nova geração, bem como estabelecer um método alternativo de conservação do material genético bacteriano nessas amostras, utilizando guanidina. MÉTODO: Foram coletadas amostras de fezes de 10 voluntários saudáveis. Cada amostra foi dividida em cinco alíquotas, uma alíquota extraída imediatamente após a coleta (fresca) e duas alíquotas submetidas ao congelamento, à temperaturas de -20°C e -80°C e extraídas após 48 horas. As outras duas alíquotas restantes foram armazenadas em guanidina à temperatura ambiente e a 4°C e extraídas após 48 horas. Para observar a presença de alterações na microbiota intestinal, durante um período de armazenamento maior das amostras de fezes, três amostras foram armazenadas em guanidina à temperatura ambiente e a 4ºC e extraídas após o período de 60 dias. A região hipervariável v4 do gene 16S rRNA bacteriano foi amplificada por PCR. Os amplicons gerados foram sequenciadosutilizando a plataforma Ion PGM Torrent e os dados analisados utilizando o software QIIME. A determinação da significância estatística foi realizada utilizando-se o teste não-paramétrico de Kruskal-Wallis. RESULTADOS: Não foram encontradas diferenças significativas em nenhum dos níveis taxonômicos (filo, classe, família, ordem e gênero) entre amostras frescas analisadas e os métodos de armazenamento testados. As análises de coordenadas principais (PCoA) mostraram que as amostras se agruparam de acordo com os indivíduos analisados, tendo as amostras referentes a cada indivíduo agrupado-se com maior proximidade do que com outras amostras do mesmo grupo de armazenamento. CONCLUSÃO: Nossos dados sugerem que o congelamento e o uso de guanidina para armazenamento de amostras de fezes, para a caracterização da microbiota intestinal, podem efetivamente preservar o material genético bacteriano nessas amostras ao longo de um período de 48 horas para amostras submetidas ao congelamento e durante 60 dias para amostras armazenadas em guanidina
- Imprenta:
- Data da defesa: 04.09.2017
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ABNT
RIBEIRO, Roberto Marques. Estudo do efeito de diferentes métodos de armazenamento das amostras de fezes para a caracterização da microbiota intestinal, por meio de sequenciamento de nova geração. 2017. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5134/tde-28112017-153025/. Acesso em: 03 jun. 2024. -
APA
Ribeiro, R. M. (2017). Estudo do efeito de diferentes métodos de armazenamento das amostras de fezes para a caracterização da microbiota intestinal, por meio de sequenciamento de nova geração (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5134/tde-28112017-153025/ -
NLM
Ribeiro RM. Estudo do efeito de diferentes métodos de armazenamento das amostras de fezes para a caracterização da microbiota intestinal, por meio de sequenciamento de nova geração [Internet]. 2017 ;[citado 2024 jun. 03 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5134/tde-28112017-153025/ -
Vancouver
Ribeiro RM. Estudo do efeito de diferentes métodos de armazenamento das amostras de fezes para a caracterização da microbiota intestinal, por meio de sequenciamento de nova geração [Internet]. 2017 ;[citado 2024 jun. 03 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5134/tde-28112017-153025/
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