Avaliação do perfil genômico dos genes da família HOX em tumores a partir de dados de bancos públicos (2017)
- Authors:
- Autor USP: PLAÇA, JESSICA RODRIGUES - FMRP
- Unidade: FMRP
- Sigla do Departamento: RCM
- Subjects: GENES; NEOPLASIAS; CARCINOGÊNESE
- Keywords: Bioinformática; Bioinformatics; Cancer; Câncer; Carcinogênese; Genes HOX; HOX genes; Tumorigenesis
- Language: Português
- Abstract: A família de genes HOX compreende um conjunto de fatores de transcrição altamente conservados evolutivamente. Em mamíferos, os genes HOX se subdividem em 4 clusters: HOXA, HOXB, HOXC e HOXD, atuando no desenvolvimento embrionário com a regulação de processos biológicos como proliferação, diferenciação, migração, angiogênese e apoptose que são reativados durante a carcinogênese. Estudos recentes apontam que os genes HOX podem exercer papel relevante na formação de diversos tumores sólidos, todavia ainda não foi possível caracterizar sistematicamente a expressão dos genes HOX em tumores bem como determinar seus alvos em tumores. Desta forma, o objetivo geral deste trabalho consistiu na caracterização in silico do modelo de atuação genes HOX na carcinogênese. Para cumprir este objetivo foi identificado o perfil diferencial dos genes HOX entre amostras normais e tumorais. Alvos de genes HOX foram identificados e, quando diferencialmente expressos, foram associados com os genes HOX, independentemente dos índices de mutilação e CNA. Por fim, as associações finais entre os genes HOX e seus alvos foram enriquecidas com os bancos de dados KEGG e GO. Identificou-se diferentes assinaturas de expressão de genes HOX em diferentes tumores, associadas com o eixo antero-posterior do corpo humano, bem como os folhetos embrionários originários aos tecidos tumorais, compatível com o padrão de expressão no desenvolvimento embrionário. Um número considerável de genes HOX atuam preferencialmente via enhancers na regulação de seus alvos. Como exemplo, os genes HOXB7 e HOXC11, que funcionam como moduladores anti tumorais. Finalmente, o estudo mostra que diante do número crescente de dados genômicos públicos, é possível viabilizar projetos de grande valor científico
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2017
- Data da defesa: 11.10.2017
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ABNT
PLAÇA, Jessica Rodrigues. Avaliação do perfil genômico dos genes da família HOX em tumores a partir de dados de bancos públicos. 2017. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17154/tde-17042018-161612/. Acesso em: 09 jun. 2024. -
APA
Plaça, J. R. (2017). Avaliação do perfil genômico dos genes da família HOX em tumores a partir de dados de bancos públicos (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17154/tde-17042018-161612/ -
NLM
Plaça JR. Avaliação do perfil genômico dos genes da família HOX em tumores a partir de dados de bancos públicos [Internet]. 2017 ;[citado 2024 jun. 09 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17154/tde-17042018-161612/ -
Vancouver
Plaça JR. Avaliação do perfil genômico dos genes da família HOX em tumores a partir de dados de bancos públicos [Internet]. 2017 ;[citado 2024 jun. 09 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17154/tde-17042018-161612/ - Evaluation of molecular profiles and microenvironments in B-cell lymphomas
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