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Tese

Statistical models for genomic selection in Panicum maximum considering allelic dosage (2017)

  • Authors:
  • Autor USP: LARA, LETÍCIA APARECIDA DE CASTRO - ESALQ
  • Unidade: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LGN
  • Subjects: CAPIM COLONIÃO; CRUZAMENTO VEGETAL; GENÔMICA; MELHORAMENTO GENÉTICO VEGETAL; MODELOS MATEMÁTICOS; GENÉTICA ESTATÍSTICA
  • Agências de fomento:
  • Language: Inglês
  • Abstract: Diversas espécies de interesse econômico são autotetraploides, como a forrageira Panicum maximum, a qual proporciona alta produtividade e qualidade para pastagens tropicais. Os principais acessos na natureza são plantas apomíticas tetraploides, no entanto pode-se encontrar também plantas sexuais diploides. Embora a apomixia seja vantajosa pela facilidade em fixar o vigor híbrido, a reprodução sexual é fundamental por permitir recombinação genética a partir de cruzamentos entre genótipos superiores. Desta forma, o melhoramento nesta espécie consiste em cruzar plantas apomíticas com plantas sexuais tetraploidizadas. A utilização de parentais sexuais superiores nestes cruzamentos permite aumentar a frequência de alelos favoráveis na progênie. Portanto, programas de seleção recorrente intrapopulacional em populações sexuais tetraploides são fundamentais para programas de melhoramento em P. maximum. Além disto, a utilização de estratégias como seleção genômica são promissoras para aumentar os ganhos de seleção, permitindo avançar ciclos de seleção recorrente e lançar cultivares no mercado em menor prazo, quando comparados a programas convencionais. Como P. maximum é uma cultura perene, os genótipos são avaliados em sucessivos cortes. Assim, este estudo tem como finalidade avaliar caracteres de produtividade, estruturais e nutricionais em uma população sexual tetraploide de P. maximum, investigando diferentes classes de modelos lineares mistos aplicados a dados longitudinais, alémde desenvolver modelos de seleção genômica que considerem a natureza tetraploide da população. Este trabalho foi dividido em dois capítulos. No primeiro capítulo, três classes de modelos foram analisados: i) Classe A consiste em modelar a interação genótipos por cortes com correlações homogêneas, genótipos não correlacionados entre si e os efeitos residuais são ajustados com homocedasticidade e ausência de correlação; ii) Classe B consiste em grupos de modelos com diferentes estruturas de variância e covariância (VCOV) para efeitos genéticos e residuais e genótipos não correlacionados; iii) Classe C é similar à Classe B, no entanto os genótipos são correlacionados por uma matriz de parentesco aditivo calculado por pedigree. Para todos os caracteres, os modelos da Classe C tiveram melhor ajuste. Portanto, recomenda-se testar matrizes de VCOV que permitam modelar cortes com diferentes níveis de correlações ao longo do tempo bem como incluir informação de parentesco aditivo e, se disponível, matriz de parentesco genômico. No segundo capítulo, marcadores SNPs, obtidos via genotipagem por sequenciamento, foram aplicados em modelos Bayesianos e GBLUP os quais foram desenvolvidos para incorporar informação de dosagem alélica tetraploide. Uma vez que as acurácias dos modelos Bayesianos não diferiram das acurácias do modelo GBLUP com dosagem alélica, recomenda-se o uso do segundo por requerer menos tempo computacional. A acurácia dos modelos preditivos reforça a vantagem emimplementar seleção genômica em programas de melhoramento de P. maximum
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 19.09.2017
    • Acesso à fonte
    How to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      LARA, Letícia Aparecida de Castro. Statistical models for genomic selection in Panicum maximum considering allelic dosage. 2017. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-15032018-101505/. Acesso em: 01 maio 2024.

    • APA

      Lara, L. A. de C. (2017). Statistical models for genomic selection in Panicum maximum considering allelic dosage (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-15032018-101505/

    • NLM

      Lara LA de C. Statistical models for genomic selection in Panicum maximum considering allelic dosage [Internet]. 2017 ;[citado 2024 maio 01 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-15032018-101505/

    • Vancouver

      Lara LA de C. Statistical models for genomic selection in Panicum maximum considering allelic dosage [Internet]. 2017 ;[citado 2024 maio 01 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-15032018-101505/

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