Desequilíbrio de ligação, análise de associação genômica ampla e sinais de seleção em soja (2018)
- Authors:
- Autor USP: CURTOLO, MAISA - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LGN
- Subjects: SOJA; DIVERSIDADE GENÉTICA; SELEÇÃO GENÉTICA; MARCADOR MOLECULAR
- Keywords: Desequilíbrio de ligação; Estrutura populacional
- Language: Português
- Abstract: Com a disponibilidade de tecnologias de genotipagem robustas, fornecendo milhares de marcadores moleculares a um baixo custo por amostra, tornou-se mais acessível escanear o genoma todo. Logo, as abordagens de mapeamento associativo, baseado no cálculo do desequilíbrio de ligação, e a busca de regiões do genoma que apresentam sinais de seleção foram favorecidas. Essas ferramentas apresentam um grande potencial a ser explorado em programas de melhoramento de soja, auxiliando na obtenção de informações valiosas em relação à arquitetura genética dos caracteres de interesse agronômico e à dinâmica dos processos de seleção. Portanto, os objetivos deste estudo foram: (i) verificar os efeitos da relação genética entre genótipos no desequilíbrio de ligação; (ii) obter informações em relação a arquitetura genética para dez caracteres por meio da abordagem de mapeamento associativo; e (iii) identificar regiões sob seleção diferencial em uma população representada por cultivares brasileiras comparadas a de uma população de genótipos exóticos de diferentes origens geográficas. Para isto, 95 genótipos de soja foram genotipados utilizando a plataforma da Affymettrix (180 K Axiom® Soybean Genotyping Array). O efeito da estrutura populacional sobre DL foi investigado utilizando como correções as matrizes resultantes do software STRUCTURE, DAPC, PCA e a matriz de parentesco. Para o mapeamento associativo, os genótipos foram fenotipados para dez caracteres. Foram realizadasváriasabordagens para detecção de sinais de seleção: estimação da diferenciação populacional nas regiões do genoma por meio do índice de fixção (FST) e cross-population composite likelihood ratio test (XP-CLR); identificação de regiões do genoma com redução de diversidade nucleotídica (μ); e a presença de blocos de haplótipos. Ao utilizar medidas de correções para estimação do DL no genoma da soja observamos a influência da estrutura da população e do parentesco nos padrões de DL. Pelo mapeamento associativo, foram identificados 181 marcadores associados para dez caracteres avaliados em soja. Além disso, foi verificada a complexa interação entre regiões envolvidas no controle de caracteres quantitativos (QTL) e ambientes. Regiões diferencialmente selecionadas foram identificadas entre a população de genótipos brasileiros e de materiais de origens diversas, demonstrando que essas passaram por processos de seleção divergente
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2018
- Data da defesa: 02.04.2018
-
ABNT
CURTOLO, Maisa. Desequilíbrio de ligação, análise de associação genômica ampla e sinais de seleção em soja. 2018. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2018. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-01082018-104635/. Acesso em: 27 abr. 2024. -
APA
Curtolo, M. (2018). Desequilíbrio de ligação, análise de associação genômica ampla e sinais de seleção em soja (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-01082018-104635/ -
NLM
Curtolo M. Desequilíbrio de ligação, análise de associação genômica ampla e sinais de seleção em soja [Internet]. 2018 ;[citado 2024 abr. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-01082018-104635/ -
Vancouver
Curtolo M. Desequilíbrio de ligação, análise de associação genômica ampla e sinais de seleção em soja [Internet]. 2018 ;[citado 2024 abr. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-01082018-104635/
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