Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes (2016)
- Authors:
- Autor USP: GARCIA, JUAN MANUEL VIDAL - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; ESTIMAÇÃO DE RELAÇÕES FUNCIONAIS; GENES
- Keywords: Gene expression; Genetic interaction; Interações genéticas
- Language: Português
- Abstract: Um dos fundamentos teóricos e metodológicos da biologia de sistemas é a busca e interpretação das relações entre biomoléculas que têm lugar no interior da célula e que mantém seu funcionamento. As relações podem existir entre moléculas da mesma natureza, por exemplo entre proteínas, ou entre moléculas de natureza diferente como por exemplo DNA-proteína. De todas as relações possíveis, as relações entre genes têm sido bastante estudadas utilizando dois métodos: correlacionando valores de expressão genética a partir de diferentes medidas de dependência estatística, ou utilizando técnicas biotecnológicas como as interações genéticas que identificam relações entre genes medindo o efeito fenotípico de mutações ou deleções de genes alvo. Sem importar que sejam técnicas diferentes, o que se procura em ambos casos é identificar relações funcionais que pode existir entre um par de genes. Essa semelhança conceitual faz com que seja possível comparar o resultado das duas estratégias a fim de avaliar a proporção de relações funcionais que são identificadas de modo simultâneo pelas medidas de dependência e pelas interações genéticas. Para levar a cabo dita comparação, as medidas de dependência de Pearson e Spearman foram aqui utilizadas para obter as redes de co-expressão de três conjuntos de dados de expressão genética de Saccharomyces cerevisiae. As relações funcionais obtidas no passo anterior foram comparadas com aquelas relações obtidas pela técnica das interações genéticas que seencontram disponíveis nos dois principais bancos de dados. Como resultado dessas comparações, observou-se que apesar das duas técnicas serem desenhadas com o mesmo objetivo (identificar relações funcionais entre genes), o número de relações que são comuns às duas metodologias estudadas é muito baixo. Tanto a diferença nas técnicas de obtenção das relações como a ausência de uma definição específica do que é uma relação funcional, podem ser as principais causas do baixo nível de relação entre as duas estratégias
- Imprenta:
- Data da defesa: 13.10.2016
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ABNT
VIDAL GARCIA, Juan Manuel. Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes. 2016. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2016. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17042019-182955/. Acesso em: 16 maio 2024. -
APA
Vidal Garcia, J. M. (2016). Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17042019-182955/ -
NLM
Vidal Garcia JM. Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes [Internet]. 2016 ;[citado 2024 maio 16 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17042019-182955/ -
Vancouver
Vidal Garcia JM. Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes [Internet]. 2016 ;[citado 2024 maio 16 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17042019-182955/
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