O papel de transferência horizontal de genes na história evolutiva de duas classes de genes em bactérias (2017)
- Authors:
- Autor USP: RANGEL, LUIZ THIBÉRIO LIRA DINIZ - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; FIXAÇÃO DE NITROGÊNIO; TRANSFERÊNCIA DE GENES
- Keywords: Filogenômica; Horizontal gene transfer; Nitrogen fixation; Phylogenomics; Sistema secretor do tipo III; Transferência horizontal de genes; Type III secretion system
- Language: Português
- Abstract: A Transferência Horizontal de Genes (THG) é um dos principais mecanismos de evolução bacterianos, impactando a evolução de praticamente todas famílias gênicas. Neste trabalho identificamos e avaliamos padrões de possíveis transferências horizontais de genes pertencentes a duas classes funcionais de dois níveis taxonômicos distintos. Caracterizamos a ocorrência e evolução de 45 genes importantes para a fixação de N2 em 479 genomas de Proteobacteria. Identificamos cinco potenciais aquisições de genes ligados a fixação de N2 por linhagens de Proteobacteria, as quais foram identificadas consistentemente em 36 dos genes analisados. Realizamos predições de transferências horizontais dos 45 entre todos os 479 genomas de Proteobacteria e identificamos possíveis enriquecimentos de THG, provavelmente ligados à sinais filogenéticos e ecológicos. Desenvolvemos um pipeline para identificação semi-automática de efetores do Sistema Secretor do Tipo III em Aeromonas, o qual reportou 21 famílias de potenciais efetores presentes em 105 genomas. Entre os 21 efetores identificados 17 foram descritos pela 1º vez em Aeromonas, corroborando a sensibilidade de nosso pipeline. Com o auxílio de nossos colaboradores foram realizados testes de citotoxidade para efetores identificados in silico, e apenas quatro não inibiram o crescimento de Saccharomyces cerevisiae.Por fim, desenvolvemos um método para agrupamento de famílias gênicas com histórias evolutivas similares que não requer a reconstrução de árvores filogenéticas, aumentando a eficiência computacional. Aplicamos o método desenvolvido para reconstrução da filogenia de Aeromonas, o qual mostrou-se compatível com dados presentes na literatura
- Imprenta:
- Data da defesa: 10.08.2017
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ABNT
RANGEL, Luiz Thibério Lira Diniz. O papel de transferência horizontal de genes na história evolutiva de duas classes de genes em bactérias. 2017. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-06122017-114559/. Acesso em: 29 maio 2024. -
APA
Rangel, L. T. L. D. (2017). O papel de transferência horizontal de genes na história evolutiva de duas classes de genes em bactérias (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-06122017-114559/ -
NLM
Rangel LTLD. O papel de transferência horizontal de genes na história evolutiva de duas classes de genes em bactérias [Internet]. 2017 ;[citado 2024 maio 29 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-06122017-114559/ -
Vancouver
Rangel LTLD. O papel de transferência horizontal de genes na história evolutiva de duas classes de genes em bactérias [Internet]. 2017 ;[citado 2024 maio 29 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-06122017-114559/ - Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica
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