Tese

Analysis of the transcriptional regulatory mechanisms mediated by microRNAs in Metabolic Syndrome (2019)

• Authors:
  • Hirata, Thiago Dominguez Crespo
  • Nakaya, Helder Takashi Imoto (Orientador)
• Autor USP: HIRATA, THIAGO DOMINGUEZ CRESPO - FCF
• Unidade: FCF
• Sigla do Departamento: FBC
• Subjects: MICRORNAS; EXPRESSÃO GÊNICA; ANÁLISE EM MICROSSÉRIES; OBESIDADE
• Agências de fomento:
  • Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
  • Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
• Language: Inglês
• Abstract: A Síndrome Metabólica (MetS) é um conjunto de doenças inter-relacionadas e associadas ao aumento de mortalidade e risco de eventos cardiovasculares. Entre os mecanismos moleculares elucidados da MetS, existem muitos genes regulados por miRNAs - RNAs pequenos não codificadores. O grande número de estudos transcriptômicos em banco dados públicos integrado a novos métodos de análise podem gerar novas descobertas. Deste modo, o objetivo deste estudo foi identificar miRNAs circulantes e genes alvos na MetS usando a abordagem de Biologia de Sistemas. Para isso, GEO-NCBI foi usado para obter e analisar 26 estudos de transcriptoma por microarray de MetS e obesidade. Após o pré-processamento, realizamos análises de expressão diferencial (método LIMMA), co-expressão gênica (CEMiTool), e enriquecimento (GSEA, Reactome). Identificamos uma assinatura de expressão gênica do tecido adiposo subcutâneo (SAT) de indivíduos obesos, composta por 291 genes consistentemente diferencialmente expressos (DEG). Essa assinatura teve um escore de enriquecimento normalizado (NES) positivo para ativação de respostas do sistema imune adaptativo, e NES negativo para vias de metabolismo. A rede consenso de co-expressão do SAT revelou 3 comunidades (CM) de genes densamente interconectadas. Essas CMs continham muitos genes regulados positivamente e com consistência de NES positivo entre os estudos. Os genes co-expressos dessas 3 comunidades pertenciam a vias de a degranulação de neutrófilos, infiltração de células do sistema imune e processos inflamatórios. Além disso, uma pequena coorte brasileira (6 indivíduos com MetS e 6 controles) foi submetida à dosagem sérica de miRNAs por PCR array. Dos 222 miRNAs detectados no soro, a análise de expressão diferencial identificou 4 miRNAs regulados positivamente (miR-30c-5p, miR-421, miR-542-5p e miR-574) nos pacientes com MetS (p<0.01).A análise integrativa miRNAs-mRNAs revelou que osmiRNAs circulantes superexpressos tinham 12 alvos no SAT, 3 alvos no fígado; e nenhum alvo no músculo e no sangue. Muitos desses alvos são moduladores de vias ró-inflamatórias. Em conclusão, a utilização da Biologia de Sistemas na análise de redes gênicas e miRNAs circulantes identificou alguns potenciais mecanismos moleculares e fisiopatológicos da Síndrome Metabólica. Os miRNAs circulantes identificados neste trabalho são potenciais biomarcadores e/ou alvos terapêuticos. Entretanto, mais estudos são necessários para validar esses miRNAs e seus mRNAs alvos
• Imprenta:
  • Publisher place: São Paulo
  • Date published: 2019
• Data da defesa: 13.09.2019


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How to cite

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• ABNT

  HIRATA, Thiago Dominguez Crespo. Analysis of the transcriptional regulatory mechanisms mediated by microRNAs in Metabolic Syndrome. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-22102019-114732/. Acesso em: 02 maio 2024.

• APA

  Hirata, T. D. C. (2019). Analysis of the transcriptional regulatory mechanisms mediated by microRNAs in Metabolic Syndrome (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-22102019-114732/

• NLM

  Hirata TDC. Analysis of the transcriptional regulatory mechanisms mediated by microRNAs in Metabolic Syndrome [Internet]. 2019 ;[citado 2024 maio 02 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-22102019-114732/

• Vancouver

  Hirata TDC. Analysis of the transcriptional regulatory mechanisms mediated by microRNAs in Metabolic Syndrome [Internet]. 2019 ;[citado 2024 maio 02 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-22102019-114732/

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