Contribuição dos subdomínios (β/α') IND.4'para a estabilidade e atividade de β-glicosidases GH1 com estrutura (β/α') IND.8' barril (2019)
- Authors:
- Autor USP: FRUTUOSO, MAIRA ARTISCHEFF - IQ
- Unidade: IQ
- Sigla do Departamento: QBQ
- Subjects: BIOQUÍMICA; ENZIMOLOGIA; ENZIMAS; PROTEÍNAS
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Domínios são definidos como unidades de dobramento independente e estáveis que formam a estrutura das proteínas (Richardson, 1981; Dootlitle, 1995; Porter e Rose, 2012). Interessantemente quando esta definição é aplicada na análise de proteínas com dobramento (β/α') IND.8' barril identificam-se 2 domínios, que correspondem as suas metades N- e C-terminais (Porter e Rose, 2012), contrastando com a visão que assume o (β/α') IND.8' barril como um domínio único. Deste modo, considerando então que as metades N-terminal e C-terminal das proteínas (β/α') IND.8' barril sejam consideravelmente estáveis e independentes, o objetivo geral desta tese foi avaliar como as propriedades individuais destes subdomínios (β/α') IND.4' se combinam e definem tanto a estabilidade quanto a atividade catalítica das β-glicosidases GH1, que possuem estrutura (β/α') IND.8' barril. As β-glicosidases bglA de Thermotoga marítima (uma bactéria termófila), bglA e bglB de Paenibacillus polymyxa (uma bactéria mesófila) e proteínas quiméricas originadas da combinação dos subdomínios (β/α') IND.4' entre duas destas β-glicosidases (‘N IND.bglThm’-’C IND.bglB’, ‘N IND.bglB’-’C IND.bglThm’, ‘N IND.bglThm’-’C IND.bglA’, ‘N IND.bglA’-’C IND.bglThm’, ‘N IND.bglA’-’C IND.bglB’ e ‘N IND.bglB’-’C IND.bglA’) foram os modelos experimentais. As β-glicosidases bglA, bglB e bglThm foram produzidas como proteínas recombinantes e purificadas. Apenas ‘N IND.bglA’-‘C IND.sbglThm’ pode ser purificada solúvel e ativa. A fluorescência de triptofanos e o dicroísmo circular sugerem que as β-glicosidases selvagens e a quimera estão enoveladas. Além disso, ‘N IND.bglA’-‘C IND.bglThm’ apresenta uma composição de estrutura secundária mais próxima à bglA do que bglThm. Por outro lado, o acesso do supressor acrilamida aos triptofanos de‘N IND.bglA’-‘C IND.bglThm’ é igual a bglThm e menor do que bglA. A ‘T IND.m’ e o ‘K IND.obs’ de inativação a 47°C de ‘N IND.bglA’-‘C IND.bglThm’ são intermediárias àquelas de bglA e bglThm. Portanto, a termoestabilidade da quimera é uma ponderação daquela das suas proteínas parentais. ‘N IND.bglA’-‘C IND.bglThm’ possui atividade enzimática independente do pH, enquanto bglA e bglThm exibem uma curva em sino. Ainda, ‘N IND.bglA’-‘C IND.bglThm’ mostrou menor atividade enzimática, ilustrada pela queda dos ‘k IND.cat’ para os substratos estudados. Considerando que funcionamento do sítio ativo das β-glicosidases depende do posicionamento relativo de pelo menos dez resíduos, estas mudanças na quimera não são inesperadas. ‘N IND.bglA’-‘C IND.bglThm’ possui ‘K IND.m’ intermediário para os substratos pNPβ- Gluco e pNPβ-Fuco em relação a bglA e bglThm. Adicionalmente, a especificidade pelo substrato de ‘N IND.bglA’-‘C IND.bglThm’ é uma ponderação daquela de bglA e bglThm, pois enquanto estas parentais exibiram preferência por um destes substratos, a quimera apresenta o mesmo ‘k IND.cat’/‘K IND.m’ para os dois. Deste modo, a caracterização da atividade enzimática sugere que as metades (β/α‘) IND.4’ que compõem a quimera ‘N IND.bglA’-‘C IND.bglThm’ provavelmente se dobraram autossuficientemente e se ajustaram formando um sítio ativo funcional. Coerentemente, a estabilidade térmica intermediária da quimera também sugere que as metades (β/α‘) IND.4’ das proteínas parentais mantiveram sua termoestabilidade relativamente independente. Em conjunto estas observações implicam em razoável estabilidade e independência termodinâmica no dobramento de cada uma das metades (β/α‘) IND.4’, funcionando, portanto, como unidades praticamente independentes, ou seja, como domínios
- Imprenta:
- Data da defesa: 04.10.2019
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ABNT
FRUTUOSO, Maira Artischeff. Contribuição dos subdomínios (β/α') IND.4'para a estabilidade e atividade de β-glicosidases GH1 com estrutura (β/α') IND.8' barril. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-25112019-162943/. Acesso em: 28 abr. 2024. -
APA
Frutuoso, M. A. (2019). Contribuição dos subdomínios (β/α') IND.4'para a estabilidade e atividade de β-glicosidases GH1 com estrutura (β/α') IND.8' barril (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-25112019-162943/ -
NLM
Frutuoso MA. Contribuição dos subdomínios (β/α') IND.4'para a estabilidade e atividade de β-glicosidases GH1 com estrutura (β/α') IND.8' barril [Internet]. 2019 ;[citado 2024 abr. 28 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-25112019-162943/ -
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Frutuoso MA. Contribuição dos subdomínios (β/α') IND.4'para a estabilidade e atividade de β-glicosidases GH1 com estrutura (β/α') IND.8' barril [Internet]. 2019 ;[citado 2024 abr. 28 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-25112019-162943/
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