Phylogenomics, diversification, and biogeography of Neotropical squirrels (Sciurillinae and Sciurinae: Sciurini) (2020)
- Authors:
- Autor USP: JÚNIOR, EDSON FIEDLER DE ABREU - ECOLOGIA APLICADA
- Unidade: ECOLOGIA APLICADA
- Sigla do Departamento: LCB
- Subjects: BIOGEOGRAFIA; DIVERSIDADE GENÉTICA; FILOGENIA; GENÔMICA; SCIURIDAE
- Language: Inglês
- Abstract: Os esquilos são habitantes conspícuos da maioria das florestas Neotropicais, onde desempenham funções ecológicas cruciais na predação e dispersão de sementes. Duas radiações ocorrem nesta região: a subfamília Sciurillinae, representada exclusivamente pelo quatipuruzinho (Sciurillus pusillus); e a tribo Sciurini (subfamília Sciurinae), um grupo especioso e composto por cerca de 45 espécies de esquilos arborícolas, que ocorrem também nas regiões Neártica e Paleártica. Apesar da inquestionável importância dos esquilos nas dinâmicas dos ecossistemas e de representarem uma parte significativa da diversidade de roedores nos Neotrópicos, eles têm sido amplamente negligenciados por taxonomistas e sistematas. Como resultado, informações básicas acerca do número de gêneros e espécies ainda é controverso para o grupo e muitos aspetos da evolução e diversificação dos esquilos permanecem desconhecidos. Na presente tese, utilizei genomas mitocondriais e Elementos Ultra-conservados (UCEs) a fim de investigar a sistemática molecular e a história evolutiva das duas radiações de esquilos Neotropicais. No Capítulo 1, foram empregados mitogenomas sequenciados a partir de 232 espécimes históricos e modernos, para inferir uma hipótese filogenética robusta para os esquilos arborícolas. Os resultados filogenéticos foram contrastados com os arranjos genéricos propostos para a tribo Sciurini, foram discutidas as implicações taxonômicas e, por fim, uma nova classificação supraespecífica foi propostacom o reconhecimento de 13 gêneros, empregados previamente por outros autores. Também foi constatada que a diversidade de espécies de esquilos arborícolas Neotropicais está subestimada, com o reconhecimento de ao menos seis linhagens representando espécies a serem descritas ou revalidadas. O Capítulo 2 teve como objetivo principal testar as hipóteses vigentes de tempo e modo de diversificação dos esquilos arborícolas, utilizando o banco de dados mitogenômico que incluiu 43 das 46 espécies de Sciurini. A data de origem da tribo foi estimada ao redor de 14 Ma e a sua área ancestral foi inferida com maior probabilidade para a América do Norte. A origem da radiação Neotropical ocorreu cerca de 6 Ma no noroeste da América do Sul, no domínio Pacífico. A maioria dos eventos cladogenéticos nos Neotrópicos ocorreram durante o Plioceno--logo depois da invasão Sul-Americana. Uma taxa de especiação predominantemente constante foi estimada para o grupo, o que contrastou com um pico no acúmulo de linhagens observado no Plioceno. No Capítulo 3, forneço uma perspectiva genômica nuclear da filogenia dos esquilos Neotropicais (Sciurillinae and Sciurinae: Sciurini), empregando mais de 3.700 UCEs sequenciados a partir de 184 amostras históricas e modernas. As análises filogenéticas inferiram com alto suporte as relações entre as cinco subfamílias de Sciuridae e também recuperaram de forma consistente as relações entre os ramos mais internos de Sciurini. Para a radiação Neotropical, a qualsofreu uma rápida diversificação, relações ambíguas em níveis supragenérico e interespecífico foram estimadas, dependendo da filtragem dos dados e do método de inferência. Também foram observadas inconsistências filogenéticas comparando os resultados de UCEs e mitogenomas. Por fim, nos capítulos 1 e 3 investiguei como alguns aspetos das amostras históricas podem influenciar a obtenção de dados genômicos, disponibilizando informações úteis para futuros estudos utilizando amostras antigas de museus
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2020
- Data da defesa: 19.11.2020
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ABNT
ABREU JÚNIOR, Edson Fiedler de. Phylogenomics, diversification, and biogeography of Neotropical squirrels (Sciurillinae and Sciurinae: Sciurini). 2020. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2020. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/91/91131/tde-07012021-171352/. Acesso em: 21 maio 2024. -
APA
Abreu Júnior, E. F. de. (2020). Phylogenomics, diversification, and biogeography of Neotropical squirrels (Sciurillinae and Sciurinae: Sciurini) (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/91/91131/tde-07012021-171352/ -
NLM
Abreu Júnior EF de. Phylogenomics, diversification, and biogeography of Neotropical squirrels (Sciurillinae and Sciurinae: Sciurini) [Internet]. 2020 ;[citado 2024 maio 21 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/91/91131/tde-07012021-171352/ -
Vancouver
Abreu Júnior EF de. Phylogenomics, diversification, and biogeography of Neotropical squirrels (Sciurillinae and Sciurinae: Sciurini) [Internet]. 2020 ;[citado 2024 maio 21 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/91/91131/tde-07012021-171352/ - Erratum to: Variation in the Myotis keaysi complex (Chiroptera, Vespertilionidae), with description of a new species from Ecuador
- Variation in the Myotis keaysi complex (Chiroptera, Vespertilionidae), with description of a new species from Ecuador
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