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Tese

Genomic confirmatory factor analysis on milk fatty acid profile in dairy cattle reared in tropical conditions (2021)

  • Authors:
  • Autor USP: DAURIA, BRAYAN DIAS - ESALQ
  • Unidade: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LZT
  • Subjects: ÁCIDOS GRAXOS; LEITE; GENÔMICA; BOVINOS LEITEIROS; GADO HOLANDÊS; ANÁLISE FATORIAL; ESTRESSE
  • Keywords: Estresse térmico; Variável latente
  • Language: Inglês
  • Abstract: O perfil de ácidos graxos do leite (AGL) bovino é um dos mais complexos e únicos entre mamíferos terrestres. A sua composição é extremamente variável e dependente de fatores como fonte da dieta, estado fisiológico do animal e uma fração atribuída ao componente genético. AGL são principalmente sintetizados pela de novo síntese que ocorre na glândula mamária ou derivados do processo de biohidrogrenação ruminal. Recentemente, esforços têm sido realizados na tentativa de elucidar os principais mecanismos associados às suas vias metabólicas. Além disso, o perfil de AGL tem sido investigado como biomarcador para o estresse térmico devido a grande influência da dieta na sua composição. Esses estudos são realizados na sua maioria pela análise de estimação de parâmetros genéticos, associação genômica ampla (GWAS) e de forma complementar com análise de enriquecimento. No entanto, pouco ainda tem sido explorado sobre abordagens que possam avaliar características quantitativas de forma multivariada. Neste contexto, foram conduzidos dois estudos utilizando estratégias e objetivos diferentes. Objetivou-se, no 1 estudo, estimar os parâmetros genéticos para AGL sob condições de estresse térmico (declínio) e sem estresse térmico (intercepto), posteriormente, comparar valores genômicos entre rankings (intercepto e declínio). Dados de produção de 7 AGL (AGL saturado - SAT, ALG insaturado - INSAT, ácido graxo monoinsaturado - MONO, AGL poliinsaturado - POLI, AGL palmítico - C16:0, AGL oleico -C18:0, e AGL esteárico - C18:1) foram utilizados nas análises genéticas. Os componentes de variância foram obtidos por meio de um modelo de repetibilidade com regressão aleatória de uma função de THI (índice de temperatura e umidade). AGL saturados (saturado e C16:0) apresentaram menores estimativas de herdabilidade sobre condições de estresse térmico. C18:1 apresentou maior sensibilidade ao calor em condições de estresse térmico. Correlações entre os rankings de valores genéticos gnômicos variaram entre -0.27 a 0.99. Nossos resultados demonstraram uma oportunidade para investigar novos biomarcadores e melhorar os processos seletivos para termotolerância. No experimento 2, objetivou-se ajustar variáveis latentes (variável não observável) e predizer fator scores para utilizá-las como fenótipo na estimação de parâmetros genéticos, GWAS e análise de enriquecimento. Os ajustes foram obtidos por meio de uma análise fatorial confirmatória (método multivariado) que tem como principal objetivo reduzir a dimensão dos dados. O conjunto de variáveis observáveis que obtiveram melhor ajuste no modelo foram SAT, POLI, C18:0 e C18:1. Essas variáveis foram combinadas em um fator que representou 3 estágios de lactação (início: 40-60; meio: 160-180; final: 250- 270), baseados em intervalos fixos em dias em lactação (DEL) e posteriormente, foram combinadas para representar ordens de parto (1-3) utilizadas nas análises genéticas. As estimativas de herdabilidades para variáveis latentes foramde baixa magnitude (0,07 a 0,11). Dos resultados de GWAS, 11 genes candidatos genes (PLD1, TM6SF2, NUDT7, LIPT1, AKPA1, APOH, RPGRIP1L, FTO, GMDS, ALDH3B1, e PC) foram localizados em 9 cromossomos, incluindo na sua maioria genes que ainda não foram discutidos na literatura. Na análise de enriquecimento, foram revelados termos funcionais incluindo síntese de ácidos graxos, síntese do triglicerol e metabolismo de lipídeos e lipoproteínas. No geral, nosso estudo contribuiu como molde para novos estudos e para melhorar a base de conhecimento sobre os mecanismos genéticos subjacente à composição de AGL
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 26.02.2021
    • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      DAURIA, Brayan Dias. Genomic confirmatory factor analysis on milk fatty acid profile in dairy cattle reared in tropical conditions. 2021. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2021. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-25052021-133628/. Acesso em: 21 maio 2024.

    • APA

      Dauria, B. D. (2021). Genomic confirmatory factor analysis on milk fatty acid profile in dairy cattle reared in tropical conditions (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-25052021-133628/

    • NLM

      Dauria BD. Genomic confirmatory factor analysis on milk fatty acid profile in dairy cattle reared in tropical conditions [Internet]. 2021 ;[citado 2024 maio 21 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-25052021-133628/

    • Vancouver

      Dauria BD. Genomic confirmatory factor analysis on milk fatty acid profile in dairy cattle reared in tropical conditions [Internet]. 2021 ;[citado 2024 maio 21 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-25052021-133628/

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