Comparative genomics and transcriptomics analyses reveal genetic complexity of soybean anthracnose caused by Colletotrichum species (2021)
- Authors:
- Autor USP: BOUFLEUR, THAÍS REGINA - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LFN
- Subjects: GENÔMICA; ANTRACNOSE; SOJA; FUNGOS FITOPATOGÊNICOS; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; RNA; PROTEÇÃO DE PLANTAS
- Language: Inglês
- Abstract: O cultivo da soja (Glycine max) ocupa em torno de 6% da área plantada em escala mundial. Atualmente, mais de 90 doenças ameaçam a produção dessa cultura, que devido a sua importância global e múltiplos usos, como fonte de alimentação humana e animal, pode implicar na segurança alimentar. Dentre essas doenças está a antracnose, considerada uma doença de etiologia complexa, pois pode ser causada por diversas espécies do gênero Colletotrichum. Com o advento das tecnologias de sequenciamento de nova geração, o sequenciamento de genomas e transcriptomas se tornou possível. Análises de genômica comparativa podem ser utilizadas para revelar repertórios de candidatos a efetores de importantes patógenos de plantas; por outro lado, o sequenciamento completo dos transcriptomas de plantas e patógenos durante sua interação permite a identificação de genes e vias bioquímicas e metabólicas envolvidas na defesa das plantas contra doenças. Para aprofundar o conhecimento e as informações disponíveis sobre a antracnose da soja e seus agentes causais, foi utilizada uma abordagem combinada entre experimentos biológicas e tecnologias de sequenciamento de nova geração. A revisão de todas as sequencias ITS de Colletotrichum associadas a soja disponíveis, revelou que mais de 37% delas está associada ao complexo de espécies errado. Ao menos 9 complexos de espécies associados com antracnose da soja foram encontrados, sendo os complexos C. orchidearum e C. truncatum os mais numerosos e distribuídos nomundo todo. O primeiro relato de C. musicola, como agente causal da antracnose da soja foi registrado. Os genomas de C. sojae, C. plurivorum e C. musicola, três espécies pertencentes ao complexo C. orchidearum foram sequenciados e comparados ao genoma de C. truncatum e oito espécies de Colletotrichum não patogênicas a soja. Análises de genômica comparativa sugerem que as espécies pertencentes ao complexo C. orchidearum e C. truncatum adquiriram a capacidade de infectar soja separadamente, devido à ausência de genes candidatos a efetores secretados compartilhados somente entre as quatro espécies. O sequenciamento do transcriptoma de quatro combinações entre soja/C. truncatum com diferentes níveis de resistência a antracnose revelou que a defesa da soja contra C. truncatum depende da ativação de centenas de genes após o reconhecimento do patógeno pela planta. Os resultados do revelaram que em interações com maior nível de resistência, a porcentagem do transcriptoma da planta modulado é maior quando comparado a interações mais suscetíveis, independentemente da cultivar de soja ou do genótipo de C. truncatum
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2021
- Data da defesa: 29.03.2021
-
ABNT
BOUFLEUR, Thaís Regina. Comparative genomics and transcriptomics analyses reveal genetic complexity of soybean anthracnose caused by Colletotrichum species. 2021. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2021. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-28052021-115408/. Acesso em: 28 abr. 2024. -
APA
Boufleur, T. R. (2021). Comparative genomics and transcriptomics analyses reveal genetic complexity of soybean anthracnose caused by Colletotrichum species (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-28052021-115408/ -
NLM
Boufleur TR. Comparative genomics and transcriptomics analyses reveal genetic complexity of soybean anthracnose caused by Colletotrichum species [Internet]. 2021 ;[citado 2024 abr. 28 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-28052021-115408/ -
Vancouver
Boufleur TR. Comparative genomics and transcriptomics analyses reveal genetic complexity of soybean anthracnose caused by Colletotrichum species [Internet]. 2021 ;[citado 2024 abr. 28 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-28052021-115408/ - Complete Genome Sequence of the Plant-Pathogenic Fungus Colletotrichum lupini
- Histologia da interação entre Phytophthora capsici e genótipo de pimentão com diferentes níveis de resistência
- Chromosome-level analysis of the Colletotrichum graminicola genome reveals the unique characteristics of core and minichromosomes
- Genome sequence resources of Colletotrichum abscissum, the causal agent of citrus post-bloom fruit drop, and the closely related species C. filicis
- Fungal Planet description sheets: 951-1041
- Identification and comparison of colletotrichum secreted effector candidates reveal two independent lineages pathogenic to soybean
- genome sequence data of the soybean pathogen Stagonosporopsis vannaccii: a resource for studies on Didymellaceae evolution
- Species diversity, resistance to MBC fungicides, and low sensitivity to azoxystrobin in field isolates of Colletotrichum spp. associated with soybean anthracnose in Mato Grosso and Goiás States, Brazil
- Comparative transcriptomic provides novel insights into the soybean response to Colletotrichum truncatum infection
- Survival of Colletotrichum truncatum as microsclerotia in soil
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