O sequenciamento completo do exoma deve ser a primeira abordagem genético-molecular para crianças com baixa estatura sindrômica sem diagnóstico clínico (2021)
- Authors:
- Autor USP: FREIRE, BRUNA LUCHEZE - FM
- Unidade: FM
- DOI: 10.11606/T.5.2021.tde-07012022-092142
- Subjects: GENÉTICA; MUTAÇÃO GENÉTICA; INSUFICIÊNCIA DE CRESCIMENTO; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
- Keywords: Failure to thrive /genetics; Fetal growth retardation/genetics; Genetics; High-throughput nucleotide sequencing; Mutation/genetics; Retardo do crescimento/ genética; Sequenciamento completo do exoma; Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala; Whole exome sequencing
- Language: Português
- Abstract: As doenças que comprometem o crescimento humano apresentam uma forte influência genética. O objetivo geral do projeto foi avaliar a utilidade do sequenciamento completo do exoma como primeira abordagem genético-molecular na investigação da etiologia da baixa estatura sindrômica de pacientes sem diagnóstico clínico reconhecido. Para tanto os pacientes com características sindrômicas foram submetidos a extensa avaliação clínica em nosso ambulatório e nos casos selecionados, foi utilizado o sequenciamento completo do exoma para estabelecer etiologia genética responsável pelo distúrbio de crescimento. Desta forma foram selecionados de forma prospectiva 86 pacientes com baixa estatura (escore-Z de altura menor ou igual a -2) ou baixa estatura em relação ao seu padrão familiar (escore-Z da altura do paciente menos escore-Z da altura alvo -2) associado a dismorfismos, malformações congênitas maiores, distúrbios de desenvolvimento neuropsicomotor ou déficit intelectual. Os pacientes selecionados não apresentam diagnóstico clínico ou a suspeita clínica inicial foi afastada por estudo molecular prévio baseado em gene candidato. Foram selecionados 86 pacientes que foram avaliados em nosso ambulatório. Estes foram submetidos ao sequenciamento do exoma com captura das regiões alvo pela tecnologia SureSelect (Agilent) ou xGen Exome Research Panel v2 (IDT). Em casos 61 casos apenas o probando foi inicialmente analisado em 25 houve a análise conjunta com outros familiares (trios). Aanálise das amostras gerou uma cobertura média de 152 vezes e com mais de 98,15% da região alvo com cobertura > 10 reads. Nestas amostras foram identificadas 47 variantes deletérias em 41 pacientes. Em 22 pacientes as variantes foram consideradas patogênicas e em 19 provavelmente patogênicas. Dentre as variantes consideradas patogênicas ou provavelmente patogênicas houve uma grande heterogeneidade entre os genes, sendo identificadas variantes nos genes ACTB, AFF4, ANKRD11, BCL11B(x2), BRCA1, CHD7,COL2A1(x3), DPH1, DYRK1A, FBN1, FOXP1, GINS1, HDAC8. IGF1R, INPP5K, KIF11, KDM5C, KMT2A, KIF11, KRAS, MVK, PCNT, PDHA1, POC1A, POLG1, PUF60, RPL5, RPS6KA3, SCN1A, SCUBE3, SETD5, SMARCA4, SRCAP(x2), STAT5B, TERT, além de 3 duplicações e 1 deleção encontradas pela análise de CNVs. Podemos concluir que a técnica de sequenciamento paralelo em larga escala de exoma foi eficiente em estabelecer o diagnóstico molecular da baixa estatura sindrômica, e foi possível identificar a etiologia genética em 47,7% da casuística estudada
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- Data da defesa: 26.10.2021
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- Cor do Acesso Aberto: gold
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ABNT
FREIRE, Bruna Lucheze. O sequenciamento completo do exoma deve ser a primeira abordagem genético-molecular para crianças com baixa estatura sindrômica sem diagnóstico clínico. 2021. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2021. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-07012022-092142/. Acesso em: 13 jun. 2024. -
APA
Freire, B. L. (2021). O sequenciamento completo do exoma deve ser a primeira abordagem genético-molecular para crianças com baixa estatura sindrômica sem diagnóstico clínico (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-07012022-092142/ -
NLM
Freire BL. O sequenciamento completo do exoma deve ser a primeira abordagem genético-molecular para crianças com baixa estatura sindrômica sem diagnóstico clínico [Internet]. 2021 ;[citado 2024 jun. 13 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-07012022-092142/ -
Vancouver
Freire BL. O sequenciamento completo do exoma deve ser a primeira abordagem genético-molecular para crianças com baixa estatura sindrômica sem diagnóstico clínico [Internet]. 2021 ;[citado 2024 jun. 13 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-07012022-092142/ - Sequenciamento paralelo em larga escala de genes alvo é uma ferramenta útil no diagnótico etiológico de crianças nascidas pequenas para idade gestacional
- Diagnostic yield of a multigene sequencing approach in children classified as idiopathic short stature
- Burden of rare copy number variants in microcephaly: a Brazilian cohort of 185 microcephalic patients and review of the literature
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.5.2021.tde-07012022-092142 (Fonte: oaDOI API)
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