Evaluation of the genetic influence on the infant gut microbiome through 16S rRNA sequence data analysis of triplets (2022)
- Authors:
- Autor USP: PALMEIRA, ONDINA FONSECA DE JESUS - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- DOI: 10.11606/D.95.2022.tde-26052022-165736
- Subjects: BIOTA INTESTINAL; GENÉTICA; RNA; BEBÊS
- Keywords: 16S; 16S; ASVs; Bebês trigêmeos dicoriônicos; Bioinformatic pipelines; Dichorionic triplet babies; Genética do hospedeiro; Herdabilidade; Heritability; Host genetics; Microbioma; Microbiome; Microbiota; Pipelines de bioinformática; Veillonella e Bacteroides
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: Alguns estudos têm demonstrado a importância do microbioma humano em processos fisiológicos envolvendo desde digestão até doenças mentais. Devido ao grande número de e genes bacterianos no intestino superando até mesmo o número de células e genes humanos, é plausível que o microbioma intestinal afete muitas funções biológicas, tornando-se assim essencial para manutenção da homeostase. A estrutura da microbiota intestinal é modelada por vários fatores, inclusive o ambiente e a genética do hospedeiro. Entender como esses fatores determinam o microbioma durante o desenvolvimento e estabelecimento do mesmo nos primeiros anos da vida humana é crucial para se inferir a composição microbioma relacionada às patologias ou ao bem-estar. O objetivo deste estudo é investigar quanto da genética do hospedeiro e quanto do ambiente influencia o desenvolvimento e estabelecimento do perfil da microbiota intestinal. Para essa finalidade, cinco conjuntos de bebês trigêmeos dicoriônicos ( dois monozigóticos e um dizigótico) foram acompanhados durante seus três primeiros anos de vida. Utilizando a tecnologia de Next-Generation Sequencing (NGS) e ferramentas da bioinformática, tais como pipeline específicos para tratamento e análise de amplicons de 16S, iremos comparar os microbiomas dos bebês verificando ausência e presença de bactérias e também suas respectivas abundâncias relativas. Esforços também serão dedicados para identificar padrões estruturais, comparar os resultados comdados da literatura e integrar as informações de bactérias associadas ou não à genética do hospedeiro. Todas as amostras apresentaram quantidade suficiente de reads para identificar todas as taxa até ao nível de gênero. A diversidade filogenética aumentou nas amostras nos pontos no tempo mais avançados, indicando que o tempo é um fator determinante. Os gêmeos monozigóticos (MZs) foram significantemente mais similares em beta diversidade quando comparados com seus gêmeos dizigóticos. Consistente com a literatura, Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria, Actinobacteria e Verrucomicrobia foram os filos dominantes em todos os sets. As avaliações de abundância relativa das Amplicon Sequence Variants (ASVs), por Análise de Correspondência (CA), mostraram que os MZs são mais similares nos pontos de tempo 9, 11 e 13 meses. Os resultados do teste de herdabilidade, da Análise de Correspondência, bem como das ASVs compartilhadas, revelaram que os gêneros Veillonella e Bacteroides são mais semelhantes nos MZs
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- Data da defesa: 17.05.2022
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
PALMEIRA, Ondina Fonseca de Jesus. Evaluation of the genetic influence on the infant gut microbiome through 16S rRNA sequence data analysis of triplets. 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-26052022-165736/. Acesso em: 28 abr. 2024. -
APA
Palmeira, O. F. de J. (2022). Evaluation of the genetic influence on the infant gut microbiome through 16S rRNA sequence data analysis of triplets (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-26052022-165736/ -
NLM
Palmeira OF de J. Evaluation of the genetic influence on the infant gut microbiome through 16S rRNA sequence data analysis of triplets [Internet]. 2022 ;[citado 2024 abr. 28 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-26052022-165736/ -
Vancouver
Palmeira OF de J. Evaluation of the genetic influence on the infant gut microbiome through 16S rRNA sequence data analysis of triplets [Internet]. 2022 ;[citado 2024 abr. 28 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-26052022-165736/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.95.2022.tde-26052022-165736 (Fonte: oaDOI API)
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