Metodologia para caracterização computacional de genes codificadores de proteínas hipotéticas em Leishmania braziliensis (2021)
- Authors:
- Autor USP: COSTA, ALEF JANGUAS DA - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- DOI: 10.11606/D.95.2021.tde-19072022-120710
- Subjects: LEISHMANIA; LEISHMANIA BRASILIENSIS; PROTOZOA
- Keywords: Anotação de genomas; Bioinformatics; Genome annotation; Hypothetical proteins; Leishmania; Leishmania braziliensis; Proteínas hipotéticas; Protozoan parasites; Protozoário
- Language: Português
- Abstract: Os parasitos do gênero Leishmania provocam doenças infectoparasitárias conhecidas como leishmanioses, que acometem o homem causando um amplo espectro de manifestações clínicas. Dentre as espécies que causam leishmaniose tegumentar no Brasil, está a Leishmania braziliensis, espécie do subgênero Viannia, responsável por formas graves da doença. Nas últimas décadas, os estudos sobre genomas aceleraram o que se conhece sobre conteúdo e organização genética desses protozoários. No entanto, nos genomas de Leishmania spp mais de 50% das proteínas preditas a partir da anotação dos genomas são classificadas como hipotéticas. A caracterização funcional de proteínas e a predição computacional de suas funções putativas são um grande desafio. Neste contexto, este trabalho teve como objetivo desenvolver metodologias computacionais que possibilitassem algum avanço para classificação funcional de genes codificadores de proteínas atualmente classificadas como hipotéticas. Partimos da metodologia aplicada por Ravooru e colaboradores (RAVOORU et al., 2014), adaptando a estratégia para ampliar o conjunto de proteínas com indícios de função. Inserimos quatro novas etapas de análise de classificação funcional e associamos dados de expressão gênica, obtidos por análise do transcritoma de L. braziliensis (RUY et al., 2019).Por meio dessa abordagem, foram preditas funções para 54 proteínas, antes classificadas como hipotéticas. Nosso trabalho representa uma contribuição que seestende para além do protozoário estudado, dado que o pipeline construído pode ser aplicado, em princípio, a outros organismos
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto (SP)
- Date published: 2021
- Data da defesa: 08.09.2021
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
COSTA, Alef Janguas da. Metodologia para caracterização computacional de genes codificadores de proteínas hipotéticas em Leishmania braziliensis. 2021. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto (SP), 2021. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-19072022-120710/. Acesso em: 13 maio 2024. -
APA
Costa, A. J. da. (2021). Metodologia para caracterização computacional de genes codificadores de proteínas hipotéticas em Leishmania braziliensis (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto (SP). Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-19072022-120710/ -
NLM
Costa AJ da. Metodologia para caracterização computacional de genes codificadores de proteínas hipotéticas em Leishmania braziliensis [Internet]. 2021 ;[citado 2024 maio 13 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-19072022-120710/ -
Vancouver
Costa AJ da. Metodologia para caracterização computacional de genes codificadores de proteínas hipotéticas em Leishmania braziliensis [Internet]. 2021 ;[citado 2024 maio 13 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-19072022-120710/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.95.2021.tde-19072022-120710 (Fonte: oaDOI API)
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