Efeitos dos erros de genotipagem na estimação dos valores genéticos genômicos: um estudo de simulação (2022)
- Authors:
- Autor USP: SANTOS, FERNANDA SCHNEBERGER DOS - FZEA
- Unidade: FZEA
- Sigla do Departamento: ZMV
- DOI: 10.11606/D.74.2022.tde-01082022-143109
- Subjects: BOVINOS; GENÔMICA; GENÓTIPOS
- Keywords: ssGBLUP
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: A seleção genômica (SG) e a adoção de marcadores moleculares do tipo SNP (single nucleotide polymorphism) aumentaram a eficiência de muitos programas de melhoramento genético ao redor do mundo. Com a utilização dessas novas ferramentas, aumentou-se a acurácia de predição dos animais jovens e sem progênie. A aplicação da informação genômica requer inúmeros genótipos para formação de grupos de referência e avaliação de candidatos, aumentando os custos financeiros. Considerando os erros de genotipagem, suas origens são pouco claras, ou inevitáveis, com taxas muitas vezes desconhecidas e, com o crescimento dos bancos de dados genômicos e a grande diversidade de painéis comercializados, ocorre o agravamento desse problema. Em especial, a adoção da imputação dos genótipos para maior densidade consiste em um dos principais fatores de ocorrência de erros genotípicos e inconsistências mendelianas em bancos de dados. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: simular taxas de erros genotípicos em dados simulados de bovinos de corte que mimetizem erros de imputação; avaliar o efeito da presença de erros genotípicos na acurácia de predição genômica; e identificar o viés na performance das avaliações genéticas em cenários de taxas crescentes de erros genotípicos. Os resultados mostraram a existência de efeitos devido aos erros genotípicos, com uma tendência que sugere desfavorecimento dos animais geneticamente superiores. A acurácia de predição, medida como correlação entre GEBV(Genomic Estimated Breeding Value) e TBV (True Breeding Value), diminuiu em resposta a taxas crescentes de erros genotípicos, sendo esse efeito mais intenso nos 100 animais superiores genotipados. O viés obtido por regressão do TBV sobre o GEBV não apresentou alteração na comparação com todos os animais, entretanto observou-se que o GEBV de animais superiores foram mais viesados (b < 1) quanto maior a taxa de erros. A utilização de genótipos com altas taxas de erros pode gerar ranqueamento ilegítimo tanto para animais superiores como também inferiores
- Imprenta:
- Publisher place: Pirassununga
- Date published: 2022
- Data da defesa: 03.02.2022
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
SANTOS, Fernanda Schneberger dos. Efeitos dos erros de genotipagem na estimação dos valores genéticos genômicos: um estudo de simulação. 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Pirassununga, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-01082022-143109/. Acesso em: 01 maio 2024. -
APA
Santos, F. S. dos. (2022). Efeitos dos erros de genotipagem na estimação dos valores genéticos genômicos: um estudo de simulação (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Pirassununga. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-01082022-143109/ -
NLM
Santos FS dos. Efeitos dos erros de genotipagem na estimação dos valores genéticos genômicos: um estudo de simulação [Internet]. 2022 ;[citado 2024 maio 01 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-01082022-143109/ -
Vancouver
Santos FS dos. Efeitos dos erros de genotipagem na estimação dos valores genéticos genômicos: um estudo de simulação [Internet]. 2022 ;[citado 2024 maio 01 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-01082022-143109/ - Vesículas extracelulares de fluido folicular: efeitos na maturação oocitária e metabolismo lipídico de complexos cumulus-oócitos e embriões bovinos
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Informações sobre o DOI: 10.11606/D.74.2022.tde-01082022-143109 (Fonte: oaDOI API)
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