Tese

Evaluation of molecular profiles and microenvironments in B-cell lymphomas (2022)

• Authors:
  • Plaça, Jessica Rodrigues
  • Silva Junior, Wilson Araújo da (Orientador)
• Autor USP: PLAÇA, JESSICA RODRIGUES - FMRP
• Unidade: FMRP
• Sigla do Departamento: RBP
• DOI: 10.11606/T.17.2022.tde-08092022-163315
• Subjects: BIOINFORMÁTICA; LINFOMA; LINFÓCITOS B; EXPRESSÃO GÊNICA
• Keywords: B-cell lymphoma; Bioinformatics; Gene expression profile; Linfoma de células B; Perfil de expressão gênica
• Agências de fomento:
  • Financiamento CAPES
  • Financiamento CNPq
  • Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
  • Financiamento FAEPA
• Language: Inglês
• Abstract: O linfoma de células B compreende um grupo heterogêneo de tumores que surgem a partir de diferentes estágios de desenvolvimento das células B e do seu microambiente celular, retratando características morfológicas distintas. Vários estudos mostraram subgrupos biológicos importantes, que muitas vezes coincidem com resposta à terapia. No entanto, a maioria desses estudos não foram validados em coortes independentes ou os dados disponíveis são escassos. Assim, o objetivo deste projeto foi identificar os genes associados as assinaturas específicas de linfoma (relacionadas ao tumor e ao microambiente), caracterizar seus perfis de expressão e associar esses perfis à funções biológicas e desfechos clínicos. Caracterizamos padrões de expressão gênica de dois subtipos de linfomas de células B. O primeiro foi o linfoma de Hodgkin clássico (LHc) que possui células T CD4+ altamente abundantes nas proximidades das células tumorais, consideradas essenciais para a sobrevivência das células tumorais, mas são mal definidas. Embora sejam ativadas, elas podem não expressar o marcador de ativação CD26. Assim, comparamos suspensões de células T de linfonodo CD4+CD26- e CD4+CD26+ por RNA-seq que revelou que as células T CD4+CD26- foram apresentadas à antígenos provavelmente pela expressão de fatores de transcrição associados à exaustão TOX e TOX2, checkpoints imunológicos PDCD1 e CD200 e quimiocina CXCL13, que estavam entre os 100 genes significativamente enriquecidos em comparação com as células T CD4+CD26+. Esta população é provavelmente um dos principais contribuintes para as taxas de resposta muito altas aos inibidores de checkpoint imunológico em LHc. O segundo grupo foi o linfoma difuso de grandes células B (LDGCB), onde além do classificador de células de origem (CO), nenhuma assinatura foi reproduzida em estudos independentes ou avaliada para capturaraspectos distintos da biologia de LDGCB. Assim, reproduzimos 4 assinaturas em 175 amostras da corte HOVON-84 em um painel de 117 genes usando a plataforma NanoString. As quatro assinaturas de genes capturam a CO, a atividade do gene MYC, a sinalização do receptor da célula B, a fosforilação oxidativa e a resposta imune. O desempenho de nossos algoritmos de classificação foi confirmado nos conjuntos de dados originais. Conseguimos validar três das quatro assinaturas. O algoritmo CO resultou em 94 (54%) casos relacionados à células B do centro germinativo (CGB), 58 (33%) de células B ativadas (CBA) e 23 (13%) casos não classificados. O classificador MYC revelou 77 casos associados ao escore de alta atividade MYC (44%) e essa assinatura foi observada com mais frequência no ABC em comparação ao GCB LDGCB (68% vs. 32%, p < 0,00001). A assinatura da resposta do hospedeiro (RH) do agrupamento consenso estava presente em 55 (31%) pacientes, enquanto os demais agrupamentos não puderam ser reproduzidos. A sobreposição entre CO, grupo consenso e atividade de MYC diferenciou seis clusters de expressão gênica: CGB/MYC-alto (12%), CGB/RH (16%), CGB/não-RH (27%), CO-não classificado (13%) %), CBA/MYC-alto (25%) e CBA/MYC-baixo (7%). Em conclusão, este estudo identificou novos alvos moleculares acionáveis para subgrupos específicos de pacientes, o que pode ajudar no desenvolvimento de estratégias terapêuticas mais precisas e eficazes do linfoma de células B no futuro
• Imprenta:
  • Publisher place: Ribeirão Preto
  • Date published: 2022
• Data da defesa: 15.06.2022

Informações sobre o DOI: 10.11606/T.17.2022.tde-08092022-163315 (Fonte: oaDOI API)
• Este periódico é de acesso aberto
• Este artigo é de acesso aberto
• URL de acesso aberto
• Cor do Acesso Aberto: gold
• Licença: cc-by-nc-sa

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How to cite

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• ABNT

  PLAÇA, Jessica Rodrigues. Evaluation of molecular profiles and microenvironments in B-cell lymphomas. 2022. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17154/tde-08092022-163315/. Acesso em: 11 maio 2024.

• APA

  Plaça, J. R. (2022). Evaluation of molecular profiles and microenvironments in B-cell lymphomas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17154/tde-08092022-163315/

• NLM

  Plaça JR. Evaluation of molecular profiles and microenvironments in B-cell lymphomas [Internet]. 2022 ;[citado 2024 maio 11 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17154/tde-08092022-163315/

• Vancouver

  Plaça JR. Evaluation of molecular profiles and microenvironments in B-cell lymphomas [Internet]. 2022 ;[citado 2024 maio 11 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17154/tde-08092022-163315/

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