Parte de monografia/livro

Ferramentas de visualização para validação de dados genômicos simulados (2019)

• Authors:
  • Andrietta, Lucas Tassoni
  • Souza, Wecksley Leonardo de
  • Pinto, Diógenes Lodi
  • Balieiro, Júlio Cesar de Carvalho
  • Mesquita, Ligia Garcia
  • Ventura, Ricardo Vieira
• USP affiliated authors: BALIEIRO, JÚLIO CÉSAR DE CARVALHO - FMVZ ; MESQUITA, LÍGIA GARCIA - FMVZ ; VENTURA, RICARDO VIEIRA - FMVZ ; ANDRIETTA, LUCAS TASSONI - FZEA ; SOUZA, WECKSLEY LEONARDO DE - FMVZ ; PINTO, DIÓGENES LODI - FMVZ
• Unidades: FMVZ; FZEA
• Subjects: BOVINOS DE CORTE; GENÓTIPOS; MELHORAMENTO GENÉTICO ANIMAL; PROCESSAMENTO DE DADOS; VISUALIZAÇÃO
• Agências de fomento:
  • Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
    Processo FAPESP: 2018/14035-4
  • Financiamento CAPES
  • Financiamento CNPq
• Language: Português
• Abstract: O crescente volume de dados oriundos de avaliações genômicas implicam na necessidade de desenvolvimento e implementação de ferramentas que permitam a visualização de conjuntos de dados densos e complexos, de forma eficiente e como resultado de um processo em tempo real. O objetivo do presente capítulo é apresentar sugestões de ferramentas visuais que poderiam ser utilizadas para fins de validação de dados genômicos, gerados por meio de simulação, técnica amplamente utilizada em estudos na área de Melhoramento Genético Animal. Genótipos, fenótipos e estrutura populacional completa foram simulados de forma a mimetizar três grupos genéticos via software QMSim. A principal metodologia de validação dos resultados baseou-se na compreensão do desequilíbrio de ligação (LD), abordagem convencional em estudos relacionados a dados genômicos. Considerou-se nesta abordagem decréscimo médio do LD, e uso estudo de metodologias de agrupamento para o controle de qualidade. Adicionalmente, análises de componentes principais (PCA) foram realizadas para avaliar para estratificação populacional e identificar os grupamentos genéticos criados via simulação. Como passo complementar, procedeu-se com o estudo de Admixture (nível de mistura) da população, de forma a verificar a existência de populações e subpopulações, conforme planejado no processo de simulação. Diferentes estratégias de visualização são demonstradas no presente estudo, permitiram a compreensão e validação dos dados simulados. Recomenda-se a aplicação destes procedimentos em estudos que envolvam simultaneamente, genótipos de animais de diferentes grupos genéticos e animais oriundo de cruzamentos para serem avaliados
• Imprenta:
  • Publisher: 5D Editora
  • Publisher place: Pirassununga
  • Date published: 2019
• Source:
  • Título do periódico: Novos desafios da pesquisa em nutrição e produção animal
  • Volume/Número/Paginação/Ano: 335 p


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How to cite

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• ABNT

  ANDRIETTA, Lucas Tassoni et al. Ferramentas de visualização para validação de dados genômicos simulados. Novos desafios da pesquisa em nutrição e produção animal. Tradução . Pirassununga: 5D Editora, 2019. . Disponível em: https://posvnp.org/simposio-2019/. Acesso em: 04 jun. 2024.

• APA

  Andrietta, L. T., Souza, W. L. de, Pinto, D. L., Balieiro, J. C. de C., Mesquita, L. G., & Ventura, R. V. (2019). Ferramentas de visualização para validação de dados genômicos simulados. In Novos desafios da pesquisa em nutrição e produção animal. Pirassununga: 5D Editora. Recuperado de https://posvnp.org/simposio-2019/

• NLM

  Andrietta LT, Souza WL de, Pinto DL, Balieiro JC de C, Mesquita LG, Ventura RV. Ferramentas de visualização para validação de dados genômicos simulados [Internet]. In: Novos desafios da pesquisa em nutrição e produção animal. Pirassununga: 5D Editora; 2019. [citado 2024 jun. 04 ] Available from: https://posvnp.org/simposio-2019/

• Vancouver

  Andrietta LT, Souza WL de, Pinto DL, Balieiro JC de C, Mesquita LG, Ventura RV. Ferramentas de visualização para validação de dados genômicos simulados [Internet]. In: Novos desafios da pesquisa em nutrição e produção animal. Pirassununga: 5D Editora; 2019. [citado 2024 jun. 04 ] Available from: https://posvnp.org/simposio-2019/

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