Desenvolvimento de um pipeline para análise genômica de metilação do DNA (2016)
- Authors:
- Autor USP: VIEIRA, HENRIQUE CURSINO - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- DOI: 10.11606/D.95.2016.tde-20230725-114652
- Subjects: METILAÇÃO DE DNA; GENÔMICA
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Background A metilação do DNA é uma das principais modificações epigen eticas estudadas. A plataforma Illumina In nium HumanMethylation450 oferece o menor custo para interrogar o status de metilação de 480.000 dinucleot deos CpG distribu dos pelo genoma. Para o estudo do padrão de metilação, os dados sao extra dos pelo software GenomeStudio e podem ser analisados neste software ou exportados para analises estatisticas, em geral realizadas em uma das inumeras pipelines descritas na literatura. Neste nosso trabalho, apresentamos o uso uma analise de metilaçao diferencial que considere uma relaçao de interdependencia entre as CpGs, sem a necessidade de assumir a normalidade dos dados e sem a necessidade da aplicaçao da correçao para m ultiplas testagens. Em nosso trabalho comparamos quatro testes estat sticos, o teste t Student, o teste Wilcoxon e o teste Empírico de Bayes, utilizados nas pipelines de analise de metilaçao ChAMP, RNBeads e IMA, e o m etodo QUOR, atraves de um unico fluxo de analise. Relacionamos as posiçoes diferencialmente metiladas (DMPs) detectadas entre os 4 testes para determinar quais sao as diferen cas entre os testes. Analisamos também o uso do valor Beta e do valor M, que sao medidas para mensurar o valor de metilaçao, entre os 4 testes. ; Resultados O numero de DMPs detectadas entre os tres testes, o teste t Student, o teste Wilcoxon e o teste Empírico de Bayes, foi muito proximos. Conforme aumentamos o corte de confianca para o metodo QUOR, mais as DMPs detectadas estao em intersecçao as DMPs detectadas pelos tres testes e ao utilizar um valor de corte de confianca 0.9999, conseguimos encontrar as DMPs que sao realmente diferencialmente metiladas. A relaçao das DMPs detectadas pelos testes t Student, o teste Wilcoxon e o teste Empírico de Bayes, apresentam baixo valor de confiança, demonstrando que nao ha uma diferença de metilaçao significativa nestas DMPs detectadas. ;Discussao O valor de Beta se mostra menos confiavel em comparaçao do valor M. Os testes t Student, o teste Wilcoxon e o teste Empírico de Bayes nao demonstraram muita diferenca na detecçao das DMPs entre eles. O QUOR necessita utilizar um valor de confianca muito alto para determinar as DMPs com diferenca de metilaçao significativa. ; Conclusao Atualmente, os microarrays para analise de metilaçao de DNA sao plataformas de baixo custo e grande abrangencia. O desafio encontra-se na analise da imensa quantidade de dados gerados. É preferível o uso do valor M ao inves do valor Beta, cada conjunto de dados deve ser investigado e aplicar diferentes tipos de filtragens, normalizaçoes e correçoes. O fuxo que desenvolvemos pode ser aplicado primariamente para detecçao das DMPs em casos onde nao está muito bem definido a hipotese. Outras abordagens poderao ser tomadas para o melhoramento do resultado
- Imprenta:
- Data da defesa: 25.05.2016
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- Cor do Acesso Aberto: gold
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ABNT
VIEIRA, Henrique Cursino. Desenvolvimento de um pipeline para análise genômica de metilação do DNA. 2016. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2016. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-20230725-114652/. Acesso em: 23 maio 2024. -
APA
Vieira, H. C. (2016). Desenvolvimento de um pipeline para análise genômica de metilação do DNA (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-20230725-114652/ -
NLM
Vieira HC. Desenvolvimento de um pipeline para análise genômica de metilação do DNA [Internet]. 2016 ;[citado 2024 maio 23 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-20230725-114652/ -
Vancouver
Vieira HC. Desenvolvimento de um pipeline para análise genômica de metilação do DNA [Internet]. 2016 ;[citado 2024 maio 23 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-20230725-114652/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.95.2016.tde-20230725-114652 (Fonte: oaDOI API)
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