Tese

Enterococcus faecalis: Cluster epa (2023)

• Authors:
  • Clementino, Lívia Oliveira Dantas
  • Nascimento, Alessandro Silva (Orientador)
• Autor USP: CLEMENTINO, LÍVIA OLIVEIRA DANTAS - IFSC
• Unidade: IFSC
• Sigla do Departamento: FCI
• DOI: 10.11606/T.76.2023.tde-17082023-114630
• Subjects: RESISTÊNCIA MICROBIANA ÀS DROGAS; ENTEROCOCCUS; ENZIMAS; CRISTALOGRAFIA ESTRUTURAL; BIOLOGIA MOLECULAR
• Keywords: Cluster epa; Enterococcus faecalis; Bacterial resistance; Biologia estrutural; Resistência bacteriana a antibióticos; Structural biology
• Agências de fomento:
  • Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
    Processo FAPESP: 2017/24901-8
  • Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
  • Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Language: Português
• Abstract: A resistência bacteriana a antibióticos é um problema de saúde pública, com tendência a se agravar ao longo do tempo. A consequência disto é refletida na quantidade de mortes provocadas por infecções de tais microrganismos, estimada em 7.7 milhões em 2019, número com tendência a aumentar. Neste contexto, iniciou-se o estudo de quatro enzimas presentes no cluster gênico epa. As proteínas Epa sintetizam e exportam carboidratos constituintes da parede celular de Enterococcus, envolvidos também na composição de biofilmes. Realizaram-se clonagem, expressão heteróloga e purificação com as enzimas EpaI, EpaOX, EpaB e EpaE de Enterococcus faecalis DSM20478. Apesar de diferentes estratégias aplicadas para otimizar a expressão e purificação dessas proteínas, a EpaE foi a única a apresentar rendimento e estabilidade razoáveis para ser submetida a uma triagem envolvendo múltiplas condições de cristalização. Um conjunto de dados foi coletado na linha Manacá do anel síncrotron brasileiro, o Sirius. O grupo espacial do cristal é o P21, apresentando fração de twinning pseudomeroedral. A estrutura refinada da EpaE foi determinada a 2.85 Å. Ela tem conformação tetramérica na unidade assimétrica, com um enovelamento do tipo Rossman. Análises realizadas pelo servidor PDBePISA indicaram que as interfaces formadas pelas cadeias A e B, e C e D são mais estáveis do que a B e C, e A e D, sugerindo se tratar de um dímero de dímeros. O sítio catalítico da EpaE foi identificado a partir dasobreposição estrutural com outra RmlA de maior resolução. Durante o refinamento da EpaE, foi percebida a presença de uma densidade eletrônica correspondente a molécula de timidina, presente no provável sítio alostérico da EpaE. O protocolo estabelecido para medir a atividade de RmlAs foi aplicado, ele detecta fosfato em solução a partir do reagente verde de malaquita. Entretanto, foi observado que o reagente verde de malaquita não é uma boa solução colorimétrica por não possuir intensidade das curvas de absorbância proporcional à concentração de fosfato no meio. Para sanar este problema, a técnica de detecção de fosfato com azul de molibdênio foi testada na medida da atividade específica da EpaE. Por fim, o programa AlphaFold2 realizou predição das demais enzimas presentes no cluster epa, possibilitando elucidação de algumas funções dessas enzimas na síntese e transporte do antígeno polissacarídeo enterocócico de E. faecalis. Neste trabalho, determinamos a primeira estrutura cristalográfica de uma enzima do cluster epa e avançamos na identificação de um potencial inibidor da enzima EpaE
• Imprenta:
  • Publisher place: São Carlos
  • Date published: 2023
• Data da defesa: 19.05.2023

Informações sobre o DOI: 10.11606/T.76.2023.tde-17082023-114630 (Fonte: oaDOI API)
• Este periódico é de acesso aberto
• Este artigo é de acesso aberto
• URL de acesso aberto
• Cor do Acesso Aberto: gold
• Licença: cc-by-nc-sa

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How to cite

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• ABNT

  CLEMENTINO, Lívia Oliveira Dantas. Enterococcus faecalis: Cluster epa. 2023. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2023. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76133/tde-17082023-114630/. Acesso em: 27 abr. 2024.

• APA

  Clementino, L. O. D. (2023). Enterococcus faecalis: Cluster epa (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76133/tde-17082023-114630/

• NLM

  Clementino LOD. Enterococcus faecalis: Cluster epa [Internet]. 2023 ;[citado 2024 abr. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76133/tde-17082023-114630/

• Vancouver

  Clementino LOD. Enterococcus faecalis: Cluster epa [Internet]. 2023 ;[citado 2024 abr. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76133/tde-17082023-114630/

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