Association of regulatory polymorphisms of gene expression with color phenotypes, water holding capacity, and pH of Nellore meat (2024)
- Authors:
- Autor USP: LIMA, BEATRIZ DELCARME - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LZT
- DOI: 10.11606/D.11.2024.tde-08042024-115109
- Subjects: CARNES E DERIVADOS; EXPRESSÃO GÊNICA; FENÓTIPOS; GADO NELORE; GENÔMICA; MAPEAMENTO GENÉTICO; MARCADOR MOLECULAR; POLIMORFISMO
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: Há uma demanda crescente por carne de alta qualidade, necessitando da avaliação de diversas características influenciadas por fatores intrínsecos e extrínsecos. Estas características, reguladas por múltiplos genes e influências ambientais, representam desafios na medição devido ao seu custo e à necessidade de abate de animais. A genômica surge como uma solução promissora, como uma ferramenta para identificar marcadores genéticos que regulam uma parcela significativa da variação genética aditiva nessas características. Neste trabalho, nosso objetivo foi identificar locos de expressão quantitativa (eQTLs) associados a fenótipos de qualidade de carne em bovinos Nelore, incluindo cor, capacidade de retenção de água e pH. Para isso, utilizamos um painel abrangente de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) de 553.581 marcadores, obtido a partir de um painel imputado de SNPs abrangendo genótipos de 778 progênies, sequenciamento de DNA de 26 touros Nelore não aparentados entre si e dados de sequenciamento de RNA de tecidos musculares de 192 progênies. A análise do eQTL, utilizando genótipos de 192 animais, revelou 51.324 eQTLs. Estudos subsequentes de associação genômica ampla (GWAS) com 374 animais identificaram 838 eQTLs associados à cor, 172 à capacidade de retenção de água e três ao pH. A integração com picos de ATAC-Seq identificou 75 eQTLs associados com a cor da carne e 24 associados com capacidade de retenção de água em regiões abertas da cromatina. A análise deenriquecimento funcional revelou caminhos como resposta imune, processamento e apresentação de antígenos e metabolismo da glutationa. Notavelmente, a maioria dos genes regulados por eQTLs foram associados a estas vias. Esta abordagem abrangente identificou possíveis variantes regulatórias candidatas e genes associados à qualidade da carne, avançando nossa compreensão da genética do Bos indicus
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2024
- Data da defesa: 07.02.2024
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
- URL de acesso aberto
- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
LIMA, Beatriz Delcarme. Association of regulatory polymorphisms of gene expression with color phenotypes, water holding capacity, and pH of Nellore meat. 2024. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-08042024-115109/. Acesso em: 30 abr. 2024. -
APA
Lima, B. D. (2024). Association of regulatory polymorphisms of gene expression with color phenotypes, water holding capacity, and pH of Nellore meat (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-08042024-115109/ -
NLM
Lima BD. Association of regulatory polymorphisms of gene expression with color phenotypes, water holding capacity, and pH of Nellore meat [Internet]. 2024 ;[citado 2024 abr. 30 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-08042024-115109/ -
Vancouver
Lima BD. Association of regulatory polymorphisms of gene expression with color phenotypes, water holding capacity, and pH of Nellore meat [Internet]. 2024 ;[citado 2024 abr. 30 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-08042024-115109/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.11.2024.tde-08042024-115109 (Fonte: oaDOI API)
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