O papel do código estereoquímico e das flutuações térmicas locais no processo de folding de proteínas (2011)
- Authors:
- Autor USP: MOLIN, JOÃO PAULO DAL - FCFRP
- Unidade: FCFRP
- Sigla do Departamento: S/D
- Subjects: PROTEÍNAS; MECÂNICA ESTATÍSTICA; MÉTODO DE MONTE CARLO; FÍSICA; BIOLOGIA
- Language: Português
- Abstract: O problema do folding de proteínas tem sido investigado intensamente há mais de sessenta anos. Entretanto ainda não é encontrado na literatura um modelo que seja capaz de explicar plenamente qual é o mecanismo responsável pelo processo de folding. Neste contexto, a presente tese de doutorado é uma proposta minimalista para investigar o papel de um código estereoquímico, que é centrado no efeito hidrofóbico e nos vínculos estéricos dos aminoácidos (o modelo estereoquímico), no processo em pauta. Esse modelo quando combinado com um método para incluir a flutuação térmica local no sistema cadeia protéica-solvente, possibilita a investigação de um dos aspectos mais extraordinários do problema, a saber, a rapidez do processo de folding, considerado aqui por meio da correlação entre a complexidade da estrutura nativa (alvo) e a taxa de folding. Esse método é motivado por argumentos físico-químicos e biológicos, e é fundamentado na Mecânica Estatística Não Extensiva, via o uso do peso de Tsallis em simulações Monte Carlo (MC). O tempo característico de folding (obtido daquelas simulações e utilizado aqui como um parâmetro analítico do problema), cobre várias ordens de grandeza para cadeias com o mesmo tamanho. Dois conjuntos principais de simulações foram considerados com a finalidade de análise: (i) alguns alvos foram especialmente selecionados e submetidos a simulações MC a várias temperaturas T do reservatório térmico (o meio solvente); e (ii) um total de duzentos alvos com topologias diversas foram submetidos a simulações à mesma temperatura T = 1 (unidades arbitrárias). Com essas simulações foi possível verificar comparativamente o efeito dos dois pesos estatísticos, o de Boltzmann e o de Tsallis, sobre a cinética do processo de folding, e assim revelar comportamentos intrigantes, porém consistentes com o fenômeno focado, como a robustezdo processo de folding e , este último emergindo como uma grandeza que depende da complexidade da estrutura nativa. Para estruturas distintas, cobre quatro ordens de grandeza. Os resultados da investigação da correlação entre e parâmetros globais destinados a avaliar a complexidade da topologia da estrutura nativa, como a ordem de contato e a cooperatividade estrutural, corroboram com a noção de que a rapidez do processo de folding é determinada fundamentalmente pela complexidade da topologia da estrutura nativa
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2011
- Data da defesa: 25.02.2011
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ABNT
DAL MOLIN, João Paulo. O papel do código estereoquímico e das flutuações térmicas locais no processo de folding de proteínas. 2011. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2011. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-16032011-143419/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Dal Molin, J. P. (2011). O papel do código estereoquímico e das flutuações térmicas locais no processo de folding de proteínas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-16032011-143419/ -
NLM
Dal Molin JP. O papel do código estereoquímico e das flutuações térmicas locais no processo de folding de proteínas [Internet]. 2011 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-16032011-143419/ -
Vancouver
Dal Molin JP. O papel do código estereoquímico e das flutuações térmicas locais no processo de folding de proteínas [Internet]. 2011 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-16032011-143419/
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