Identificação e quantificação do gene pirrolnitrina (prnD) em Terra Preta Antropogênica da Amazônia por PCR em tempo real (2011)
- Autores:
- Autor USP: WONG, LINA CHUAN - CENA
- Unidade: CENA
- Assuntos: ANTIBIÓTICOS; BACTÉRIAS; BIOLOGIA MOLECULAR; BIOTECNOLOGIA; CONTROLE BIOLÓGICO; FUNGOS FITOPATOGÊNICOS; MICROBIOLOGIA DO SOLO
- Idioma: Português
- Resumo: A Terra Preta Antropogênica (TPA) é considerada um dos solos mais férteis do mundo e recebe essa denominação por ser originada da ação antrópica, provavelmente de populações pré-colombianas que viveram nestes sítios arqueológicos. O crescente aumento por agricultura sustentável torna a utilização de bactérias produtoras de antibióticos uma alternativa de controle para doenças de plantas. Pirrolnitrina (PRN) é um antibiótico que tem ampla atividade antimicrobiana produzida por várias estirpes de Burkholderia e Pseudomonas que foram isoladas de diferentes solos. Entretanto, não se tem conhecimento de isolados bacterianos de TPA que produzem PRN, assim com, sobre a ecologia e freqüência do gene para este antibiótico. A PRN é codificada por um operon composto por 4 genes sendo o gene prnD responsável por catalisar a oxidação que forma a pirrolnitrina. Neste trabalho, foi estudado o gene prnD através de métodos dependente e independente de cultivo. Foram utilizados isolados bacterianos para detectar o gene prnD através de PCR convencional e a identificação feita pelo seqüenciamento. As bactérias com amplificação positiva tiveram suas sequências do gene analisadas no programa MOTHUR o qual reuniu as em 10 grupos. Um representante de cada grupo foi empregado no teste de antagonismo contra o fitopatógeno Fusarium oxysporum. Amostras de solo de TPA e seus solos adjacentes foram coletados de dois sítios: Caldeirão Capoeira (floresta secundária por mais de 20 anos) e Cultivado(cultivado com mandioca por pelo menos 30 anos). Os DNAs totais das amostras de solo extraído foram usados como molde nas reações de PCR quantitativo em tempo real para verificar a abundância do gene prnD nas amostras de solo. Em amostras de solo também foi quantificado o gene 16S rRNA. No estudo dependente de cultivo, do total de 219 isolados (175 Burkholderia e 44 Pseudomonas), 60 isolados do gênero Burkholderia e 3 de Pseudomonas exibiram amplificação positiva. A análise filogenética do gene prnD mostrou que a maioria das seqüências obtidas deste estudo não agruparam com as seqüências do banco de dados do GenBank indicando que há diversidade do gene prnD nos isolados de solos amazônicos e que podem ser distintos dos descritos anteriormente. O teste de antagonismo demonstrou que isolados com potencial genético para produção de pirrolnitrina também são bioativos contra Fusarium oxysporum, apresentando forte atividade antimicrobiana. No estudo independente de cultivo, no sítio Caldeirão Cultivado, solo de TPA apresentou maior número de cópias do gene prnD e do gene 16S rRNA em relação ao solo ADJ. No sítio Caldeirão Capoeira, o solo adjacente apresentou maior quantidade do gene prnD (1,74x105 cópias/g solo) que o solo de TPA (2,48x104 cópias/ g de solo), no entanto, na TPA as bactérias totais foram mais abundante. Estes resultados evidenciam que a metodologia de PCR quantitativo em tempo real desenvolvida foi altamente sensível e específica permitindo a detecção de diferenças sensíveis e significativas entre os solos na quantificação do gene prnD. A abundância do gene prnD correlacionou significativamente com parâmetros químicos do solo tais como pH, fósforo, cálcio, magnésio e micronutrientes
- Imprenta:
- Local: Piracicaba
- Data de publicação: 2011
- Data da defesa: 30.08.2011
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ABNT
WONG, Lina Chuan. Identificação e quantificação do gene pirrolnitrina (prnD) em Terra Preta Antropogênica da Amazônia por PCR em tempo real. 2011. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2011. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-08022012-092220/. Acesso em: 23 abr. 2024. -
APA
Wong, L. C. (2011). Identificação e quantificação do gene pirrolnitrina (prnD) em Terra Preta Antropogênica da Amazônia por PCR em tempo real (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-08022012-092220/ -
NLM
Wong LC. Identificação e quantificação do gene pirrolnitrina (prnD) em Terra Preta Antropogênica da Amazônia por PCR em tempo real [Internet]. 2011 ;[citado 2024 abr. 23 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-08022012-092220/ -
Vancouver
Wong LC. Identificação e quantificação do gene pirrolnitrina (prnD) em Terra Preta Antropogênica da Amazônia por PCR em tempo real [Internet]. 2011 ;[citado 2024 abr. 23 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-08022012-092220/
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