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Dissecting the sugarcane expressed sequence tag (SUCEST) database: unraveling flower-specific genes (2001)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: GOLDMAN, GUSTAVO HENRIQUE - FCFRP ; GOLDMAN, MARIA HELENA DE SOUZA - FFCLRP
  • USP Schools: FCFRP; FFCLRP
  • DOI: 10.1590/s1415-47572001000100012
  • Subjects: CANA-DE-AÇÚCAR (GENÉTICA)
  • Language: Inglês
  • Abstract: Existem quase 260.000 clones independentes, seqüenciados a partir da extremidade 5’, no banco de dados do SUCEST (Sugarcane Expressed Sequence Tag), os quais foram obtidos a partir de 37 bibliotecas de cDNA preparadas de diferentes tecidos. Este grande número de etiquetas de sequências expressas (ESTs) fornece uma oportunidade, sem precedentes em plantas, de realizar um ‘digital differential screening’ em bibliotecas de cDNA selecionadas. Geralmente, a frequência de um determinado EST está correlacionada ao acúmulo de transcritos nos tecidos dos quais as bibliotecas de cDNA foram construídas, e desta forma, é possível comparar o transcriptoma completo de diferentes tecidos, usando uma análise computacional de um banco de dados de ESTs. Em nossa pesquisa, analisamos os ESTs de cana-de-açúcar de acordo com sua expressão tecidual e identificamos mais de 1.000 putativos genes específicos de flor. O fato de que usando esta técnica fomos capazes de identificar homológos em cana-de-açúcar, de vários genes previamente descritos como específicos de pólen, sustenta este método de estimar especificidade tecidual. Além disto, ESTs com similaridade a genes específicos de órgãos reprodutivos foram revelados, como por exemplo, o gene que codifica uma proteína meiótica essencial para a montagem do complexo sinaptonêmico e sinapse normal. Esta abordagem também permitiu a identificação de muitas sequências anônimas, específicas de flor, que são boas candidatas para novosgenes envolvidos com a reprodução de plantas. Este trabalho descreve a análise dos níveis de expressão gênica de 24 clusters de ESTs, durante o desenvolvimento floral, usando um ‘northern blot digital’ construído a partir da contagem direta dos ESTs das bibliotecas não-normalizadas de cDNAs de cana-de-açúcar
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    Informações sobre o DOI: 10.1590/s1415-47572001000100012 (Fonte: oaDOI API)
    • Este periódico é de acesso aberto
    • Este artigo é de acesso aberto
    • URL de acesso aberto
    • Cor do Acesso Aberto: hybrid
    • Licença: cc-by-nc
    Informações sobre o Citescore
  • Título: Genetics and Molecular Biology

    ISSN: 1415-4757

    Citescore - 2017: 1.67

    SJR - 2017: 0.638

    SNIP - 2017: 0.802


  • Exemplares físicos disponíveis nas Bibliotecas da USP
    BibliotecaCód. de barrasNúm. de chamada
    FCLRP20800034241-Spcd 1258737
    How to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      FIGUEIREDO, R. C.; BRITO, M. S.; FIGUEIREDO, L. H. M.; et al. Dissecting the sugarcane expressed sequence tag (SUCEST) database: unraveling flower-specific genes. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 24, n. 1-4, p. 77-84, 2001. DOI: 10.1590/s1415-47572001000100012.
    • APA

      Figueiredo, R. C., Brito, M. S., Figueiredo, L. H. M., Quiapin, A. C., Vitorelli, P. M., Silva, L. R., et al. (2001). Dissecting the sugarcane expressed sequence tag (SUCEST) database: unraveling flower-specific genes. Genetics and Molecular Biology, 24( 1-4), 77-84. doi:10.1590/s1415-47572001000100012
    • NLM

      Figueiredo RC, Brito MS, Figueiredo LHM, Quiapin AC, Vitorelli PM, Silva LR, Santos RV, Molfetta JB, Goldman GH, Goldman MH de S. Dissecting the sugarcane expressed sequence tag (SUCEST) database: unraveling flower-specific genes. Genetics and Molecular Biology. 2001 ; 24( 1-4): 77-84.
    • Vancouver

      Figueiredo RC, Brito MS, Figueiredo LHM, Quiapin AC, Vitorelli PM, Silva LR, Santos RV, Molfetta JB, Goldman GH, Goldman MH de S. Dissecting the sugarcane expressed sequence tag (SUCEST) database: unraveling flower-specific genes. Genetics and Molecular Biology. 2001 ; 24( 1-4): 77-84.

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