Análise estrutural e comparativa do genoma de Leifsonia xyli subsp. xyli (2003)
- Authors:
- Autor USP: GAGLIARDI, PAULO ROBERTO - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LEF
- Subjects: CANA-DE-AÇÚCAR; BACTÉRIAS GRAM-POSITIVAS; CROMOSSOMOS VEGETAIS; DNA; GENOMAS; MAPEAMENTO GENÉTICO; MICROSCOPIA ELETRÔNICA DE VARREDURA; RAQUITISMO DAS SOQUEIRAS; VARIAÇÃO GENÉTICA EM PLANTAS
- Language: Português
- Abstract: Leifsonia xyli subsp. xyli (Davis et al.; 1984; Evtushenko et al.; 2000) é agente causal de uma das mais importantes doenças da cana-de-açúcar: o raquitismo-da-soqueira (Gillaspie Jr. & Davis, 1992; Davis et al.; 1994). O presente trabalho teve como objetivo principal usar métodos de análise cromossômica para corroborar o mapa genômico da estirpe CTC B07 de L. xyli subsp. xyli obtido através do seqüenciamento por shotgun, realizado pelo grupo de seqüenciamento de Genomas Agronômicos e do Meio-ambiente (AEG) da rede ONSA-FAPESP. A identidade do isolado foi confirmada com a amplificação e seqüenciamento da região 23S do rRNA bem como por meio de testes sorológicos de microaglutinação com antissoro específico. Além destes, foram realizados testes de microscopia eletrônica de varredura da bactéria cultivada em meio líquido para confirmar a pureza do isolado. O tamanho do genoma de L. xyli subsp. xyli foi estimado com base na análise de fragmentos de restrição gerados por digestões com as enzimas de restrição XbaI e SpeI e eletroforese de campo pulsado (PFGE). As estimativas de 2.540 kb e 2.530 kb com XbaI e SpeI respectivamente ficaram próximas ao valor obtido pelo seqüenciamento genômico (2.596.959 pb). Em adição, o número de seqüências repetidas e de genes ribossomais identificados pelo projeto genoma foram confirmados por meio de hibridizações com sondas apropriadas. Comparações genômicas de L. xyli subsp. xyli, L. xyli subsp. cynodontis e duas espécies deClavibacter também foram objetivos deste trabalho. As comparações foram baseadas em análise de RFLPs após a hibridização do DNA genômico utilizando como sondas elementos genéticos móveis presentes no genoma de L. xyli subsp. xyli. As estimativas dos números estimado de cópias destes elementos no genoma de L. xyli subsp. xyli obtidas por hibridizações concordam com aquelas obtidas pelo ) seqüenciamento, considerando fragmentos RFLPs menores que 9 kb. Informações referentes à fragmentos maiores não foram obtidas uma vez que estes não foram adequadamente resolvidos na corrida eletroforética. Finalmente, comparações através de análise de RFLP e rep-PCR mostraram diferenças entre L. xyli subsp. xyli e L. xyli subsp. cynodontis bem como entre estas e espécies de Clavibacter. Não foram verificadas diferenças entre a estirpe CTC B07 de L. xyli subsp. xyli e a estirpe australiana
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2003
- Data da defesa: 26.09.2003
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ABNT
GAGLIARDI, Paulo Roberto. Análise estrutural e comparativa do genoma de Leifsonia xyli subsp. xyli. 2003. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2003. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-20102003-165028/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Gagliardi, P. R. (2003). Análise estrutural e comparativa do genoma de Leifsonia xyli subsp. xyli (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-20102003-165028/ -
NLM
Gagliardi PR. Análise estrutural e comparativa do genoma de Leifsonia xyli subsp. xyli [Internet]. 2003 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-20102003-165028/ -
Vancouver
Gagliardi PR. Análise estrutural e comparativa do genoma de Leifsonia xyli subsp. xyli [Internet]. 2003 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-20102003-165028/
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