Estrutura cristalográfica do inibidor de tripsina purificada de sementes de Enterolobium contortisiliquum e modelagem molecular de seus complexos com tripsina, trombina e fator Xa (2003)
- Authors:
- Autor USP: BONFADINI, MARCOS ROBERTO - IFSC
- Unidade: IFSC
- Sigla do Departamento: FFI
- Subjects: MODELAGEM MOLECULAR; CRISTALOGRAFIA
- Language: Português
- Abstract: Esse trabalho teve como objetivo a determinação da estrutura tridimensional do inibidor de tripsina purificado de sementes de Enterolobium contortisiliquum (EcTI) e a modelagem molecular dos complexos EcTI-tripsina, EcTI-quimotripsina , EcTI-trombina, EcTI-fator Xa, e suas análises. O EcTI possui 19kDa de peso molecular inibe tripsina, quimotripsina, calicreína plasmática humana, plasmina humana e fator XIIa, mas não inibe fator Xa e ativador de plasminogênio. Monocristais apropriados à coleta de dados de difração de raios-X foram obtidos na condição 50 do fatorial da Hampton (PEG8000 - 0,5M, LiSO4 - 0,5M) através da técnica de acupuntura em gel à temperatura constante de 15oC após três semanas. O grupo espacial encontrado foi o P21 com uma molécula na unidade assimétrica. Os dados de difração foram coletados num detetor de placas de imagem MAR345 na linha de Cristalografia de Proteínas (PCr) no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS) em Campinas até uma resolução de 1,96 Å, completeza de 87% e Rsym=10,3%. A estrutura foi resolvida por Substituição Molecular tendo-se como molde a estrutura do inibidor de tripsina proveniente de Erythrina caffra que apresenta 39% de identidade seqüencial com a seqüência primária do EcTI. Divergências entre a seqüência primária esperada e a observada no mapa de densidade eletrônica levaram à suposição da existência de isoformas para este inibidor. Acatando esta hipótese e supondo que a isoforma cristalizadaera diferente da isoforma cuja seqüência foi publicada, mudanças na seqüência guiadas pelo mapa de densidades foram realizadas. Um total de 33 substituições e 1 inserção foram feitos. Diferentemente das tentativas de refinamento com a seqüência original, após as substituições o refinamento convergiu para valores aceitáveis de Rfactor=17% e Rfree=25%. A estrutura apresenta o enovelamento b-trefoil com uma pseudo simetria de ordem 3. Os grampos de cabelo presentes na estrutura são espiralados mas isto não é resultado de repetições sistemáticas nos ângulo f/y como esperado. Baseado nesta estrutura cristalográfica, um modelo da seqüência original foi construído por modelagem por homologia. A avaliação do modelo em termos de estereoquímica e compatibilidade estrutura-seqüência mostra uma boa qualidade, mesmo existindo a formação de uma ponte salina enterrada no núcleo hidrofóbico da molécula. Estruturas cristalográficas de complexos entre tripsina, quimotripsina, fator Xa e trombina foram usados para gerar modelos de complexos entre as serinoproteases correspondentes e o EcTI. A falta de atividade de EcTI contra fator Xa e trombina pode ser atribuída à incompatibilidade química e estrutural na interface do complexo.
- Imprenta:
- Publisher place: São Carlos
- Date published: 2003
- Data da defesa: 19.12.2003
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ABNT
BONFADINI, Marcos Roberto. Estrutura cristalográfica do inibidor de tripsina purificada de sementes de Enterolobium contortisiliquum e modelagem molecular de seus complexos com tripsina, trombina e fator Xa. 2003. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2003. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-10092008-101315/. Acesso em: 24 abr. 2024. -
APA
Bonfadini, M. R. (2003). Estrutura cristalográfica do inibidor de tripsina purificada de sementes de Enterolobium contortisiliquum e modelagem molecular de seus complexos com tripsina, trombina e fator Xa (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-10092008-101315/ -
NLM
Bonfadini MR. Estrutura cristalográfica do inibidor de tripsina purificada de sementes de Enterolobium contortisiliquum e modelagem molecular de seus complexos com tripsina, trombina e fator Xa [Internet]. 2003 ;[citado 2024 abr. 24 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-10092008-101315/ -
Vancouver
Bonfadini MR. Estrutura cristalográfica do inibidor de tripsina purificada de sementes de Enterolobium contortisiliquum e modelagem molecular de seus complexos com tripsina, trombina e fator Xa [Internet]. 2003 ;[citado 2024 abr. 24 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-10092008-101315/
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