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Desenvolvimento e automamatização de um método teórico para avaliação quatitativa da seletividade de proteínas da MHC por diferentes antígenos (2004)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: SILVA, JACKSON GOIS DA - IQ
  • USP Schools: IQ
  • Sigla do Departamento: QBQ
  • Subjects: PROTEÍNAS (ANÁLISE QUANTITATIVA); ANTÍGENOS; BIOQUÍMICA
  • Language: Português
  • Abstract: Realizamos neste trabalho a automatização da nova metodologia MHCalc, desenvolvida anteriormente em nosso laboratório, que teve como resultado o programa homônimo escrito em linguagem C para ambiente GNU/Linux, o qual avalia quantitativamente a seletividade de uma determinada proteína MHC. Esta avaliação quantitativa possibilita o estabelecimento de uma escala de preferência dos resíduos de ocorrência natural para cada uma das posições de interação da fenda de apresentação do MHC; por permutação destes resíduos, podem-se derivar regras de composição para peptídeos reconhecíveis em cada alelo estudado, inclusive na ausência de dados experimentais. A metodologia desenvolvida em nosso laboratório se baseia na avaliação da seletividade de cada bolsão independentemente, através da energia de interação do mesmo com cada aminoácido de ocorrência natural. O programa MHCalc utiliza o pacote de programas THORMM [Moret, 1998] de modelagem molecular para otimização geométrica das estruturas descritas, e tem como entrada unicamente um arquivo de coordenadas em formato PDS contendo as coordenadas de um complexo MHC/peptídeo, tendo como saída uma tabela de dados contendo os resíduos de ocorrência natural em ordem de preferência para cada bolsão. Testamos o programa MHCalc para o complexo formado pela molécula HLA-DR1 (DRA DRS1 ´ASTERISCO` 0101) e o peptídeo de Hemaglutinina, obtido no Brookhaven Protein Data Bank com a entrada 1DLH, sendo este sistema escolhidopor ser altamente estudado e com abundância de dados experimentais e teóricos para comparação de resultados. Até o presente momento obtivemos os dados referentes ao bolsão 1, os quais estão em pleno acordo com a literatura.
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 25.06.2004
  • Acesso online ao documento

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    CQ30100006271T 574.19245 S586d
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    • ABNT

      SILVA, Jackson Góis da; VIVIANI, Wladia. Desenvolvimento e automamatização de um método teórico para avaliação quatitativa da seletividade de proteínas da MHC por diferentes antígenos. 2004.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2004. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092016-094710/pt-br.php >.
    • APA

      Silva, J. G. da, & Viviani, W. (2004). Desenvolvimento e automamatização de um método teórico para avaliação quatitativa da seletividade de proteínas da MHC por diferentes antígenos. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092016-094710/pt-br.php
    • NLM

      Silva JG da, Viviani W. Desenvolvimento e automamatização de um método teórico para avaliação quatitativa da seletividade de proteínas da MHC por diferentes antígenos [Internet]. 2004 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092016-094710/pt-br.php
    • Vancouver

      Silva JG da, Viviani W. Desenvolvimento e automamatização de um método teórico para avaliação quatitativa da seletividade de proteínas da MHC por diferentes antígenos [Internet]. 2004 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092016-094710/pt-br.php