Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource (2006)
- Authors:
- Vieira, Luiz Gonzaga Esteves
- Andrade, Alan Carvalho
- Colombo, Carlos Augusto
- Moraes, Ana Heloneida de Araújo
- Metha, Ângela
- Oliveira, Angélica Carvalho de
- Labate, Carlos Alberto
- Marino, Celso Luis
- Monteiro-Vitorello, Claudia Barros
- Monte, Damares de Castro
- Giglioti, Éder A.
- Kimura, Edna Teruko
- Romano, Eduardo
- Kuramae, Eiko E.
- Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo
- Almeida, Elionor Rita Pereira de
- Jorge, Erika Cristina
- Albuquerque, Érika V. S.
- Silva, Felipe R. da
- Vinecky, Felipe
- Sawazaki, Haiko Enok
- El Dorry, Hamza Fahmi Ali
- Carrer, Helaine
- Abreu, Ilka Nacif
- Batista, João A. N.
- Teixeira, Joao Batista
- Kitajima, João Paulo
- Xavier, Karen Guimarães
- Lima, Liziane Maria de
- Camargo, Luís Eduardo Aranha
- Pereira, Luiz Filipe Protasio
- Coutinho, Luiz Lehmann
- Lemos, Manoel Victor Franco
- Romano, Marcelo Ribeiro
- Machado, Marcos Antonio
- Costa, Marcos Mota do Carmo
- Sá, Maria Fátima Grossi de
- Goldman, Maria Helena de Souza
- Ferro, Maria Ines T.
- Tinoco, Maria Laine Penha
- Oliveira, Mariana C
- Van Sluys, Marie-Anne
- Shimizu, Milton Massao
- Maluf, Mirian Perez
- Eira, Mirian Therezinha Souza da
- Guerreiro Filho, Oliveiro
- Arruda, Paulo
- Mazzafera, Paulo
- Mariani, Pilar Drummond Sampaio Correa
- Oliveira, Regina L.B.C. de
- Harakava, Ricardo
- Balbao, Silvia Filippi
- Tsai, Siu Mui
- Mauro, Sonia Marli Zingaretti di
- Santos, Suzana Neiva
- Carazzolle, Marcelo Falsarella
- Pereira, Gonçalo Amarante Guimarães
- Siqueira, Walter José
- Costa, Gustavo Gilson Lacerda
- Formighieri, Eduardo Fernandes
- USP affiliated authors: LABATE, CARLOS ALBERTO - ESALQ ; CARRER, HELAINE - ESALQ ; CAMARGO, LUIS EDUARDO ARANHA - ESALQ ; COUTINHO, LUIZ LEHMANN - ESALQ ; MUI, TSAI SIU - CENA
- Unidades: ESALQ; CENA
- DOI: 10.1590/S1677-04202006000100008
- Subjects: CAFÉ; GENOMAS; BASES DE DADOS
- Language: Inglês
- Abstract: O café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de "commodities". O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de cerca de 33.000 unigenes diferentes. Os resultados de anotação das seqüências foram armazenados em base de dados"online" em http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe. Os recursos desenvolvidos por este projeto disponibilizam ferramentas genéticas e genômicas que podem ser decisivas para a sustentabilidade, a competitividade e a futura viabilidade da agroindústria cafeeira nos mercados interno e externo
- Imprenta:
- Source:
- Título do periódico: Brazilian Journal of Plant Physiology
- Volume/Número/Paginação/Ano: v.18, n.1, p. 95-108
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
- URL de acesso aberto
- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc
-
ABNT
VIEIRA, Luiz Gonzaga Esteves et al. Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource. Brazilian Journal of Plant Physiology, v. 18, n. 1, p. 95-108, 2006Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1590/S1677-04202006000100008. Acesso em: 18 abr. 2024. -
APA
Vieira, L. G. E., Andrade, A. C., Colombo, C. A., Moraes, A. H. de A., Metha, Â., Oliveira, A. C. de, et al. (2006). Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource. Brazilian Journal of Plant Physiology, 18( 1), 95-108. doi:10.1590/S1677-04202006000100008 -
NLM
Vieira LGE, Andrade AC, Colombo CA, Moraes AH de A, Metha Â, Oliveira AC de, Labate CA, Marino CL, Monteiro-Vitorello CB, Monte D de C, Giglioti ÉA, Kimura ET, Romano E, Kuramae EE, Lemos EG de M, Almeida ERP de, Jorge EC, Albuquerque ÉVS, Silva FR da, Vinecky F, Sawazaki HE, El Dorry HFA, Carrer H, Abreu IN, Batista JAN, Teixeira JB, Kitajima JP, Xavier KG, Lima LM de, Camargo LEA, Pereira LFP, Coutinho LL, Lemos MVF, Romano MR, Machado MA, Costa MM do C, Sá MFG de, Goldman MH de S, Ferro MIT, Tinoco MLP, Oliveira MC, Van Sluys M-A, Shimizu MM, Maluf MP, Eira MTS da, Guerreiro Filho O, Arruda P, Mazzafera P, Mariani PDSC, Oliveira RLBC de, Harakava R, Balbao SF, Tsai SM, Mauro SMZ di, Santos SN, Carazzolle MF, Pereira GAG, Siqueira WJ, Costa GGL, Formighieri EF. Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource [Internet]. Brazilian Journal of Plant Physiology. 2006 ;18( 1): 95-108.[citado 2024 abr. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1590/S1677-04202006000100008 -
Vancouver
Vieira LGE, Andrade AC, Colombo CA, Moraes AH de A, Metha Â, Oliveira AC de, Labate CA, Marino CL, Monteiro-Vitorello CB, Monte D de C, Giglioti ÉA, Kimura ET, Romano E, Kuramae EE, Lemos EG de M, Almeida ERP de, Jorge EC, Albuquerque ÉVS, Silva FR da, Vinecky F, Sawazaki HE, El Dorry HFA, Carrer H, Abreu IN, Batista JAN, Teixeira JB, Kitajima JP, Xavier KG, Lima LM de, Camargo LEA, Pereira LFP, Coutinho LL, Lemos MVF, Romano MR, Machado MA, Costa MM do C, Sá MFG de, Goldman MH de S, Ferro MIT, Tinoco MLP, Oliveira MC, Van Sluys M-A, Shimizu MM, Maluf MP, Eira MTS da, Guerreiro Filho O, Arruda P, Mazzafera P, Mariani PDSC, Oliveira RLBC de, Harakava R, Balbao SF, Tsai SM, Mauro SMZ di, Santos SN, Carazzolle MF, Pereira GAG, Siqueira WJ, Costa GGL, Formighieri EF. Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource [Internet]. Brazilian Journal of Plant Physiology. 2006 ;18( 1): 95-108.[citado 2024 abr. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1590/S1677-04202006000100008 - Forests: eucalyptus ESTs genome project
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Informações sobre o DOI: 10.1590/S1677-04202006000100008 (Fonte: oaDOI API)
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