Identificação e análise de expressão de RNAs intrônicos não codificadores humanos (2007)
- Authors:
- Autor USP: NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO - IQ
- Unidade: IQ
- Sigla do Departamento: QBQ
- Subjects: EXPRESSÃO GÊNICA; GENOMAS (IDENTIFICAÇÃO); RNA (IDENTIFICAÇÃO); REGULAÇÃO NEOPLÁSICA DA EXPRESSÃO GÊNICA
- Language: Português
- Abstract: Neste trabalho, nós mostramos estudos em larga-escala de RNAs não codificadores antisenso que são transcritos em regiões intrônicas de genes humanos. Alguns destes transcritos intrônicos possuem níveis de expressão correlacionados ao grau de diferenciação tumoral de câncer de próstata, apontando para urna relevância biológica destas mensagens em doenças complexas como o câncer. Nós também avaliamos a existência de um mecanismo comum de regulação de transcrição, compartilhado por mRNAs codificadores de proteína e RNAs intrônicos, através de análises de perfis de expressão de uma linhagem tumoral de próstata estimulada por andrógeno. A análise de ESTs e mRNAs depositados em bancos públicos de seqüências revelou mais de 55 mil RNAs Totalmente Intrônicos Não-codificadores (TIN), transcritos dos íntrons de 74 'POR CENTO' de todos os genes RefSeq únicos. Guiados por esta informação, nós desenhamos uma plataforma de oligonucleotídeos contendo sondas senso e antisenso para cada um de 7.520 transcritos TIN selecionados aleatoriamente, além de sondas para os genes codificadores de proteína correspondentes. Nós identificamos assinaturas intrônicas e exônicas de expressão tecido-específicas em fígado, próstata e rim. Os RNAs TIN antisenso mais altamente expressos eram transcritos de íntrons de genes codificadores de proteína enriquecidos na categoria "Regulação da transcrição". A inibição da RNA Polimerase II resultou num aumento de expressão de uma fração dos RNAsintrônicos em células em cultura, sugerindo que outras RNA Polimerases possam estar envolvidas em sua biossíntese. Um subconjunto das assinaturas intrônicas e exônicas localizadas nos mesmos biossíntese. Um subconjunto das assinaturas intrônicas e exônicas localizadas nos mesmos loci genômicos possuíram padrões de expressão correlacionados, sugerindo que RNAs intrônicos regulem a abundância ou o padrão ) de uso de éxons de mensagens codificadoras de proteína. Nós identificamos diversos padrões de expressão de RNAs intrônicos, indicando que eles possam ter papéis regulatórios. Esta estratégia orientada pelo gene, que combina um microarray intrônico/exônico deve permitir análises comparativas futuras de transcrição intrônica sob várias condições fisiológicas e patológicas, avançando assim em nosso conhecimento sobre as funções biológicas destes RNAs não codificadores
- Imprenta:
- Data da defesa: 09.03.2007
-
ABNT
NAKAYA, Helder Takashi Imoto. Identificação e análise de expressão de RNAs intrônicos não codificadores humanos. 2007. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2007. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-08052007-144816/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Nakaya, H. T. I. (2007). Identificação e análise de expressão de RNAs intrônicos não codificadores humanos (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-08052007-144816/ -
NLM
Nakaya HTI. Identificação e análise de expressão de RNAs intrônicos não codificadores humanos [Internet]. 2007 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-08052007-144816/ -
Vancouver
Nakaya HTI. Identificação e análise de expressão de RNAs intrônicos não codificadores humanos [Internet]. 2007 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-08052007-144816/ - Fcoex: an R package for detecting co-expression modules in single-cell RNA-Seq data
- Integrative biology approaches applied to human diseases
- Predicting RNA families in nucleotide sequences using structRNAfinder
- Systems vaccinology: enabling rational vaccine design with systems biological approaches
- Initial viral load determines the magnitude of the human CD8 T cell response to yellow fever vaccination
- The amino acid sensor GCN2 controls gut inflammation by inhibiting inflammasome activation
- Analysis of LexA binding sites and transcriptomics in response to genotoxic stress in Leptospira interrogans
- Defining antigen-specific plasmablast and memory B cell subsets in human blood after viral infection or vaccination
- Defining 'CD8 POT.+' T cells that provide the proliferative burst after PD-1 therapy
- Can proteins use electricity for signaling one another? [Editorial]
How to cite
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
