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Aplicação do algoritmo genético no mapeamento de genes epistáticos em cruzamentos controlados. (2008)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: OLIVEIRA, PAULO TADEU MEIRA E SILVA DE - IME
  • USP Schools: IME
  • Subjects: ESTATÍSTICA APLICADA
  • Language: Português
  • Abstract: O mapeamento genético é constituído por procedimentos experimentais e estatísticos que buscam detectar genes associados à etiologia e regulação de doenças, além de estimar os efeitos genéticos e as localizações genômicas correspondentes. Considerando delineamentos experimentais que envolvem cruzamentos controlados de animais e plantas, diferentes formulações de modelos de regressão podem ser adotados na identificação de QTL's (do inglês "uqntitative trait loci"), incluindo seus efeitos principais e possíveis efeitos de interação (epistasia). A dificuldade nestes casos de mapeamento é a comparação de modelos que não necessariamente são encaixados e envolvem umespaço de busca de alta dimensão. Para este trabalho, descrevemos um método geral para melhorar a eficiência computacional em mapeamento simultâneo de múltiplo QTL's e de seus efeitos de interação. A literatura tem usado métodos de busca exaustiva ou busca condicional. Propomos o uso do algoritmo genético para pesquisar o espaço multilocos, sendo este mais útil para genomas maiores e mapas densos de marcadores moleculares. Por meio de estudos de simulações mostramos que a busca baseada no algoritmo genético tem eficiência, em geral, mais alta que aquela de um método de busca condicional e que esta eficiência é comparável àquela de uma busca exaustiva. Na formalização do algoritmo genético pesquisamos o comportamento de parâmetros tais como: probabilidade e recombinação, probabilidade de mutação,tamanho amostral, quantidade de gerações, quantidade de soluções e tamanho do genoma, para diferentes funções objetivo: BIC (do inglês "Bayesian Information Criterion"), AIC (do inglês "Akaike Information Criterion") e SSE, a soma de quadrados dos resíduos de um modelo ajustado. A aplicação das metodologias propostas é também considerada na análise de um conjunto de dados genotípicos e fenotípicos de ratos provenientes de um delineamento 'F IND 2'
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 22.08.2008
  • Acesso online ao documento

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    IME31000059361QA282.45.T O48a e.2
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    • ABNT

      OLIVEIRA, Paulo Tadeu Meira e Silva de; SOLER, Júlia Maria Pavan. Aplicação do algoritmo genético no mapeamento de genes epistáticos em cruzamentos controlados.. 2008.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2008. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-29092008-110907/ >.
    • APA

      Oliveira, P. T. M. e S. de, & Soler, J. M. P. (2008). Aplicação do algoritmo genético no mapeamento de genes epistáticos em cruzamentos controlados. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-29092008-110907/
    • NLM

      Oliveira PTM e S de, Soler JMP. Aplicação do algoritmo genético no mapeamento de genes epistáticos em cruzamentos controlados. [Internet]. 2008 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-29092008-110907/
    • Vancouver

      Oliveira PTM e S de, Soler JMP. Aplicação do algoritmo genético no mapeamento de genes epistáticos em cruzamentos controlados. [Internet]. 2008 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-29092008-110907/

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