Uma abordagem bayesiana para mapeamento de QTLs em populações experimentais (2009)
- Authors:
- Autor USP: MEYER, ANDRÉIA DA SILVA - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LCE
- Subjects: GENÉTICA ESTATÍSTICA; INFERÊNCIA BAYESIANA; MAPEAMENTO GENÉTICO; MÉTODO DE MONTE CARLO
- Language: Português
- Abstract: Muitos caracteres em plantas e animais são de natureza quantitativa, influenciados por múltiplos genes. Com o advento de novas técnicas moleculares tem sido possível mapear os locos que controlam os caracteres quantitativos, denominados QTLs (Quantitative Trait Loci). Mapear um QTL significa identificar sua posição no genoma, bem como, estimar seus efeitos genéticos. A maior dificuldade para realizar o mapeamento de QTLs, se deve ao fato de que o número de QTLs é desconhecido. Métodos bayesianos juntamente com método Monte Carlo com Cadeias de Markov (MCMC), têm sido implementados para inferir conjuntamente o número de QTLs, suas posições no genoma e os efeitos genéticos . O desafio está em obter a amostra da distribuição conjunta a posteriori desses parâmetros, uma vez que o número de QTLs pode ser considerado desconhecido e a dimensão do espaço paramétrico muda de acordo com o número de QTLs presente no modelo. No presente trabalho foi implementado, utilizando-se o programa estatístico R uma abordagem bayesiana para mapear QTLs em que múltiplos QTLs e os efeitos de epistasia são considerados no modelo. Para tanto foram ajustados modelos com números crescentes de QTLs e o fator de Bayes foi utilizado para selecionar o modelo mais adequado e conseqüentemente, estimar o número de QTLs que controlam os fenótipos de interesse. Para investigar a eficiência da metodologia implementada foi feito um estudo de simulação em que foram considerados duas diferentes populaçõesexperimentais: retrocruzamento e F2, sendo que para ambas as populações foi feito o estudo de simulação considerando modelos com e sem epistasia. A abordagem implementada mostrou-se muito eficiente, sendo que para todas as situações consideradas o modelo selecionado foi o modelo contendo o número verdadeiro de QTLs considerado na simulação dos dados. Além disso, foi feito o mapeamento de QTLs de três ) fenótipos de milho tropical: altura da planta (AP), altura da espiga (AE) e produção de grãos utilizando a metodologia implementada e os resultados obtidos foram comparados com os resultados encontrados pelo método CIM
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2009
- Data da defesa: 03.04.2009
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ABNT
MEYER, Andréia da Silva. Uma abordagem bayesiana para mapeamento de QTLs em populações experimentais. 2009. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2009. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-13042009-160316/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Meyer, A. da S. (2009). Uma abordagem bayesiana para mapeamento de QTLs em populações experimentais (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-13042009-160316/ -
NLM
Meyer A da S. Uma abordagem bayesiana para mapeamento de QTLs em populações experimentais [Internet]. 2009 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-13042009-160316/ -
Vancouver
Meyer A da S. Uma abordagem bayesiana para mapeamento de QTLs em populações experimentais [Internet]. 2009 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-13042009-160316/
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