Análise de splicing alternativo utilizando dados de sequências expressas (2009)
- Authors:
- Autor USP: VILLAGRA, ULISES MAXIMILIANO MANCINI - IB
- Unidade: IB
- Sigla do Departamento: BIO
- Subjects: EXONS; RNA MENSAGEIRO
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: O splicing alternativo é um processo pelo qual os exons de um transcrito primário são ligados de diferentes maneiras durante o processamento do RNA, levando à síntese de proteínas distintas. Compreende um importante mecanismo na expressão gênica de eucariotos, responsável pelo aumento da diversidade proteômica e, portanto da capacidade codificante do genoma. Diferentes mecanismos parecem afetar a regulação do splicing alternativo, incluindo estresse metabólico. No presente estudo, foi realizada uma análise detalhada de sequências ORESTES de tecidos de cabeça e pescoço. Essa análise revelou que o ganho de sequências exônicas é mais freqüente que sua perda, e que a regra GT/AG é predominante em sítios de splicing. Nós observamos que o splicing alternativo geralmente não altera a matriz de leitura, mas pode afetar um domínio protéico e remover ou adicionar novos sítios de fosforilação e glicosilação. Elementos reguladores potenciais e elementos repetitivos foram freqüentes nas sequências alternativas e nas suas vizinhas. A expressão de isoformas de splicing potenciais foi investigada em diferentes tecidos, incluindo sob condições de estresse. Foram validados cerca de 50 eventos de splicing novos em células normais e tumorais. Diversas variantes, tais como aquelas dos genes HNRNPK, ACTN1, BAT3, CEP192, MPV17, PDK1, PRKAR1A, RAG1AP1 e TRIP6 mostraram padrões de expressão distintos em diferentes tipos celulares, em amostras normais e tumorais de pacientes com carcinoma de cabeça e pescoço e, em alguns casos, em diferentes estágios do tumor. Também foi validado um transcrito novo do gene RIPK2, responsável por codificar uma quinase de serine/treonine que ativa a via de sinalização NF-kB, e foi observada uma mudança na expressão dessa variante em resposta ao estresse térmico in vitro. Ainda não está claramente definido se o splicing alternativo é causa ou conseqüência doprocesso neoplásico. Nossos dados adicionam informações novas a esse tópico e fornecem alguns exemplos que evidenciam a importância do processamento do RNA na regulação da expressão gênica, tanto em condições normais como de doença
- Imprenta:
- Data da defesa: 02.10.2009
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ABNT
VILLAGRA, Ulises Maximiliano Mancini. Análise de splicing alternativo utilizando dados de sequências expressas. 2009. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2009. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-02032010-094119/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Villagra, U. M. M. (2009). Análise de splicing alternativo utilizando dados de sequências expressas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-02032010-094119/ -
NLM
Villagra UMM. Análise de splicing alternativo utilizando dados de sequências expressas [Internet]. 2009 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-02032010-094119/ -
Vancouver
Villagra UMM. Análise de splicing alternativo utilizando dados de sequências expressas [Internet]. 2009 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-02032010-094119/
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