Desenvolvimento de marcadores SSR, M-AFLP e SNP visando à integração de mapas genético-moleculares de Passiflora alata Curtis (2011)
- Authors:
- Autor USP: PEREIRA, GUILHERME DA SILVA - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LGN
- Subjects: MARACUJÁ; MARCADOR MOLECULAR; MAPEAMENTO GENÉTICO; MELHORAMENTO GENÉTICO VEGETAL
- Language: Português
- Abstract: Embora não exista uma variedade comercial de maracujazeiro-doce (Passiflora alata Curtis), a fruta vem ganhando espaço no mercado brasileiro, justificando o uso de técnicas convencionais e moleculares no melhoramento da cultura. Nas espécies em que ocorre autoincompatibilidade e o cruzamento entre indivíduos é obrigatório, como nos maracujazeiros, não é possível a obtenção de populações convencionais de mapeamento. Por isso, utiliza-se a técnica two-way pseudo-testcross para a geração de mapas genéticos, usando uma população F1 segregante e marcas dominantes, o que resulta na geração de mapas individuais, sendo um por genitor. A inconveniência desta estratégia tem sido superada pelo uso de marcadores codominantes e estatísticas mais robustas. Marcadores baseados em SSRs (ou microssatélites) e em SNPs são úteis para promover a integração dos mapas, pois são codominantes e abundantes no genoma de plantas. O presente trabalho objetivou gerar um mapa integrado de P. alata, usando novos marcadores SSR, além de M-AFLP e SNP. Os locos SSR foram desenvolvidos a partir de uma biblioteca genômica enriquecida, previamente construída. Dentre os motivos, prevaleceram os dinucleotídicos perfeitos de (AC)n e (AG)n. Neste trabalho, mais 175 primers de SSR foram desenhados e avaliados juntamente com 111 previamente obtidos, observando-se uma taxa de polimorfismo entre os genitores de 31,9%. Ainda com esse conjunto de primers, foi possível recuperar polimorfismos de conformação de fita simples (SSR-SSCP) em 23 locos. A genotipagem de 26 SSRs na população segregante resultou em 40 locos, os quais, associados a um SSR-SSCPresultaram em seis locos com segregações mais informativas do tipo 1:1:1:1 e 1:2:1. M-AFLPs apresentaram 34,0% de polimorfismo, acrescendo mais seis locos informativos ao mapa de ligação. Os SNPs revelados pelo alinhamento das sequências de AFLP e de genes putativos revelaram uma mutação a cada 110 pb, em média. Foi possível a genotipagem de SNP para um dos genes, e conjuntos de primers para outros locos são propostos. Mapas individuais para ambos os genitores foram obtidos com 175 e 229 marcadores de segregação 1:1, respectivamente, ao passo que o mapa integrado incluiu, além desses, 12, 7 e 40 marcas de segregação 1:1:1:1, 1:2:1 e 3:1, respectivamente. Foi possível estabelecer a correspondência para a maioria dos grupos de ligação individuais e integrados. Observou-se a ampla distribuição de marcadores baseados em microssatélites, com a eventual formação de clusters. Este mapa, embora preliminar, pode ser útil no mapeamento de caracteres agronômicos e em estudos comparativos com o mapa integrado de P. edulis f. flavicarpa
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2011
- Data da defesa: 31.01.2011
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ABNT
PEREIRA, Guilherme da Silva. Desenvolvimento de marcadores SSR, M-AFLP e SNP visando à integração de mapas genético-moleculares de Passiflora alata Curtis. 2011. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2011. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-17032011-105123/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Pereira, G. da S. (2011). Desenvolvimento de marcadores SSR, M-AFLP e SNP visando à integração de mapas genético-moleculares de Passiflora alata Curtis (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-17032011-105123/ -
NLM
Pereira G da S. Desenvolvimento de marcadores SSR, M-AFLP e SNP visando à integração de mapas genético-moleculares de Passiflora alata Curtis [Internet]. 2011 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-17032011-105123/ -
Vancouver
Pereira G da S. Desenvolvimento de marcadores SSR, M-AFLP e SNP visando à integração de mapas genético-moleculares de Passiflora alata Curtis [Internet]. 2011 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-17032011-105123/
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