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Estudo do transcriptoma associado ao déficit hídrico e desenvolvimento de imunoprecipitação de cromatina em cana-de-açúcar para estudos de redes regulatórias transcricionais (2011)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: COSTA, MAXIMILLER DAL-BIANCO LAMAS - IQ
  • USP Schools: IQ
  • Sigla do Departamento: QBQ
  • Subjects: CANA-DE-AÇÚCAR; GENÉTICA MOLECULAR; BIOTECNOLOGIA; BOTÂNICA
  • Language: Português
  • Abstract: A cana-de-açúcar é uma gramínea C4 usada por séculos como a principal fonte de açúcar e mais recentemente para obtenção de etanol. Devido a sua grande importância no cenário econômico mundial, estudos em cana-de-açúcar são cada vez mais importantes no sentido de prover informações que possam levar ao aumento de produtividade para suprir tanto a demanda interna quanto externa. No entanto, a quantidade de dados moleculares e biotecnológicos disponíveis está muito aquém do necessário, e investimentos na obtenção de novos conhecimentos serão necessários se quisermos evoluir neste campo, assim como manter o nosso país como líder na produção de etanol. Neste trabalho, conduzimos experimentos em campo para comparar variedades contrastantes para a tolerância ao déficit hídrico e realizamos diagnósticos fisiológicos e moleculares para diferenciar as variedades. O estresse hídrico levou a diminuição do crescimento e desenvolvimento de todas as três variedades analisadas. A variedade RB855536 foi identificada como a menos produtiva das três, visto que em condições de déficit hídrico ela diminui mais seu crescimento, sofre mais efeitos do estresse oxidativo, acumula mais osmólitos e tem o ciclo de Calvin menos ativo. A variedade RB867515 teve um melhor desempenho, não acumulou osmólitos, não teve aumento na concentração de prolina, teve sinais menores de estresse oxidativo e um melhor funcionamento do ciclo de Calvin. Além disto, nós observamos a indução de transcritos na via de resposta do ABA e proteínas relacionadas com a fotossíntese, transporte de água e dobramento protéico. A variedade RB92579 teve um padrão similar ao encontrado para a RB867515, mas teve uma maior fotossíntese, um menor estresse oxidativo e uma menor perda de pigmentos. Nossos dados avançaram na identificação de genes envolvidos na resposta ao déficit hídrico em cana-de-açúcar assim como permitiram distinguir as variedadesutilizadas no estudo. A partir de uma prospecção inicial de dados de transcriptoma previamente obtidos pelo grupo, foram selecionados fatores de transcrição associados a caracteristicas agronomicas de interesse. Produzimos anticorpos para 5 TFs de cana-de-açúcar e padronizamos a metodologia de ChIP-Seq utilizando a plataforma de sequenciamento Roche 454. Uma analise dos dados de ChIP-Seq usando anticorpos para a RNA Polimerase II nos permitiu detectar contaminações com DNA humano, provavelmente pela utilização de gDNA como controle das reamplificações, assim como a detecção de mapeamento de muitas regiões repetitivas, o que pode ser normal, podendo indicar locais de ligação da Polimerase II ou então background. O mapeamento de praticamente todos os dados de sorgo em cana evidenciou a similaridade entre estes organismos, mas a maior quantidade de mapeamento em cana evidencia uma maior complexidade de seu genoma. Os resultados foram importantes por permitir o estabelecimento de uma metodologia de mapeamento de regiões regulatórias no genoma da cana-de-açúcar e significa um importante passo no estabelecimento de redes regulatórias associadas a caracteristicas agronomicas de interesse
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 09.03.2012
  • Acesso online ao documento

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    BibliotecaCód. de barrasNúm. de chamada
    CQ30100019085T581.88 C837e
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    • ABNT

      COSTA, Maximiller Dal-Bianco Lamas; SOUZA, Gláucia Mendes. Estudo do transcriptoma associado ao déficit hídrico e desenvolvimento de imunoprecipitação de cromatina em cana-de-açúcar para estudos de redes regulatórias transcricionais. 2011.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2011. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-15052013-111638/pt-br.php >.
    • APA

      Costa, M. D. -B. L., & Souza, G. M. (2011). Estudo do transcriptoma associado ao déficit hídrico e desenvolvimento de imunoprecipitação de cromatina em cana-de-açúcar para estudos de redes regulatórias transcricionais. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-15052013-111638/pt-br.php
    • NLM

      Costa MD-BL, Souza GM. Estudo do transcriptoma associado ao déficit hídrico e desenvolvimento de imunoprecipitação de cromatina em cana-de-açúcar para estudos de redes regulatórias transcricionais [Internet]. 2011 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-15052013-111638/pt-br.php
    • Vancouver

      Costa MD-BL, Souza GM. Estudo do transcriptoma associado ao déficit hídrico e desenvolvimento de imunoprecipitação de cromatina em cana-de-açúcar para estudos de redes regulatórias transcricionais [Internet]. 2011 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-15052013-111638/pt-br.php

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