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Tese

Desenvolvimento de locos de microssatélite para a caracterização da diversidade genética de acessos de urucum (Bixa orellana L.) (2013)

  • Authors:
  • Autor USP: DEQUIGIOVANNI, GABRIEL - ESALQ
  • Unidade: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LGN
  • Subjects: DIVERSIDADE GENÉTICA; URUCUM
  • Keywords: Banco de germoplasma; Marcadores microssatélites
  • Language: Português
  • Abstract: O objetivo do presente projeto foi caracterizar a diversidade genética de 63 acessos de urucum (Bixa orellana), mantidos no Banco de Germoplasma do Instituto Agronômico (IAC), a partir da utilização de marcadores microssatélites. Para tanto foram desenvolvidos locos microssatélites para a espécie por meio de uma biblioteca genômica enriquecida. A partir da biblioteca genômica desenvolvida foram obtidas e sequenciadas um total de 84 colônias. Deste total, foram encontrados microssatélites em 57 colônias, o que representa 67,9% de enriquecimento. Foram identificados 70 microssatélites, sendo que destes, foram desenhados e selecionados um total de 31 iniciadores. Dentre estes, 25 iniciadores apresentaram produtos de amplificação, sendo 15 (60%) monomórficos para o grupo de indivíduos estudados. A caracterização dos acessos presentes no germoplasma de urucum, com os 10 iniciadores polimórficos permitiu identificar 38 alelos polimórficos, variando de 2 a 6 alelos por loco, obtendo-se uma média de 3,8 alelos por loco. Os valores de heterozigosidade esperada (He) variaram de 0,464 a 0,765, com média de 0,572. Por outro lado, a heterosigozidade observada (Ho) variou de 0 a 0,744, com média de 0,362. A partir dos índices de fixação de Wright foi possível inferir a taxa aparente de cruzamento, que neste caso foi de 0,39. Os valores de PIC observados neste estudo variaram de 0,359 a 0,725, com média de 0,497. Os marcadores BorB4, BorG3, BorC12, BorG4, BorA2 e BorF5_2 demonstraram sermoderadamente informativos enquanto os iniciadores BorB10, BorB12, BorF1 e BorE7 foram considerados marcadores altamente informativos. A análise de agrupamento para os genótipos avaliados apresentou estruturação em dois grandes grupos, um com acessos da região Norte e outro com os acessos da região Sudeste. Os valores das distâncias de Rogers modificada estimados a partir dos marcadores SSR, variaram de 0 a 0,968, podendo ser identificadas apenas duas duplicatas. O coeficiente de correlação de Pearson (r) entre as distancias genéticas e geográficas obtido com o teste de Mantel foi baixo (r = 0,367), embora significativo (P<0,01)A partir da análise bayesiana realizada pelo software Structure, o conjunto de acessos foi dividido em dois grupos, que coincidiram com os grupos obtidos na análise de agrupamento, demonstrando a consistência dos dados obtidos. Foi possível identificar que o grupo de acessos do Grupo 2 (região Norte) apresenta índices de diversidade superiores ao Grupo 1 (região Sudeste). Os valores médios obtidos de FST (0,183) e GST' (0,194) indicam a existência de estruturação na amostra total e corrobora os resultados obtidos pela análise de agrupamento, e também com os dados obtidos pela análise de estruturação com o software Structure. Os valores médios de FIT (0,483) e HT' (0.632) demonstraram a elevada diversidade genética no conjunto de acessos estudado. O fato de que os valores de FIS e GIS sejam maiores do que os valores de FST e GST para praticamente todos os locos, indicam a existência de maior diversidade dentro de cada grupo de acessos do que entre os grupos. A manutenção do banco ativo de germoplasma de urucum possibilita a preservação do patrimônio genético e pode fornecer matéria prima para as atividades de melhoramento e fomento da cadeia produtiva da cultura.
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 21.01.2012
    • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      DEQUIGIOVANNI, Gabriel. Desenvolvimento de locos de microssatélite para a caracterização da diversidade genética de acessos de urucum (Bixa orellana L.). 2013. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2013. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-14032013-095401/. Acesso em: 26 abr. 2024.

    • APA

      Dequigiovanni, G. (2013). Desenvolvimento de locos de microssatélite para a caracterização da diversidade genética de acessos de urucum (Bixa orellana L.) (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-14032013-095401/

    • NLM

      Dequigiovanni G. Desenvolvimento de locos de microssatélite para a caracterização da diversidade genética de acessos de urucum (Bixa orellana L.) [Internet]. 2013 ;[citado 2024 abr. 26 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-14032013-095401/

    • Vancouver

      Dequigiovanni G. Desenvolvimento de locos de microssatélite para a caracterização da diversidade genética de acessos de urucum (Bixa orellana L.) [Internet]. 2013 ;[citado 2024 abr. 26 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-14032013-095401/

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