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Metagenomic analysis of a tropical composting operation at the São Paulo Zoo Park reveals diversity of biomass degradation functions and organisms (2013)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: MARTINS, LAYLA FARAGE - IQ ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO - EACH ; ALMEIDA, SERGIO VERJOVSKI DE - IQ ; SILVA, ALINE MARIA DA - IQ ; SETUBAL, JOÃO CARLOS - IQ
  • USP Schools: IQ; EACH; IQ; IQ; IQ
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0061928
  • Subjects: BIOMASSA; BIOQUÍMICA
  • Language: Inglês
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    • Título do periódico: PLOS ONE
    • ISSN: 1932-6203
    • Volume/Número/Paginação/Ano: v. 8, n. 4, p. 1-13 art. e61928, 2013
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    Título do periódico: PLoS ONE

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    Informações sobre o Citescore
  • Título: PLoS ONE

    ISSN: 1932-6203

    Citescore - 2017: 3.01

    SJR - 2017: 1.164

    SNIP - 2017: 1.111


  • How to cite
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    • ABNT

      MARTINS, Layla Farage; ANTUNES, Luciana Principal; PASCON, Renata Castiglioni; et al. Metagenomic analysis of a tropical composting operation at the São Paulo Zoo Park reveals diversity of biomass degradation functions and organisms. PLOS ONE, San Franscisco, v. 8, n. 4, p. 1-13 art. e61928, 2013. Disponível em: < http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0061928 > DOI: 10.1371/journal.pone.0061928.
    • APA

      Martins, L. F., Antunes, L. P., Pascon, R. C., Oliveira, J. C. F. de, Digiampietri, L. A., Barbosa, D., et al. (2013). Metagenomic analysis of a tropical composting operation at the São Paulo Zoo Park reveals diversity of biomass degradation functions and organisms. PLOS ONE, 8( 4), 1-13 art. e61928. doi:10.1371/journal.pone.0061928
    • NLM

      Martins LF, Antunes LP, Pascon RC, Oliveira JCF de, Digiampietri LA, Barbosa D, Peixoto BM, Vallim MA, Viana-Niero C, Ostroski EH, Telles GP, Dias Z, Cruz JB da, Juliano L, Verjovski-Almeida S, Da Silva AM, Setubal JC. Metagenomic analysis of a tropical composting operation at the São Paulo Zoo Park reveals diversity of biomass degradation functions and organisms [Internet]. PLOS ONE. 2013 ; 8( 4): 1-13 art. e61928.Available from: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0061928
    • Vancouver

      Martins LF, Antunes LP, Pascon RC, Oliveira JCF de, Digiampietri LA, Barbosa D, Peixoto BM, Vallim MA, Viana-Niero C, Ostroski EH, Telles GP, Dias Z, Cruz JB da, Juliano L, Verjovski-Almeida S, Da Silva AM, Setubal JC. Metagenomic analysis of a tropical composting operation at the São Paulo Zoo Park reveals diversity of biomass degradation functions and organisms [Internet]. PLOS ONE. 2013 ; 8( 4): 1-13 art. e61928.Available from: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0061928

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    DOI: 10.3923/javaa.2011.774.776
    Autor: A Dobson
    Título: Bacteriocin production: a probiotic trait?
    Título do periódico: Applied and Environmental Microbiology
    Volume: 78
    Primeira página: 1
    Ano: 2012
    DOI: 10.1128/AEM.05576-11
    Autor: S Singh
    Título: Application of molecular identification tools for Lactobacillus, with a focus on discrimination between closely related species: A review
    Título do periódico: Lwt-Food Science and Technology
    Volume: 42
    Primeira página: 448
    Ano: 2009
    DOI: 10.1016/j.lwt.2008.05.019
    Autor: O Lukjancenko
    Título: Comparative genomics of Bifidobacterium, Lactobacillus and related probiotic genera
    Título do periódico: Microbial Ecology
    Volume: 63
    Primeira página: 651
    Ano: 2012
    DOI: 10.1007/s00248-011-9948-y
    Autor: I Scheirlinck
    Título: Lactobacillus crustorum sp nov., isolated from two traditional Belgian wheat sourdoughs
    Título do periódico: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
    Volume: 57
    Primeira página: 1461
    Ano: 2007
    DOI: 10.1099/ijs.0.64836-0
    Autor: S Tanasupawat
    Título: Lactobacillus acidipiscis sp nov and Weissella thailandensis sp nov., isolated from fermented fish in Thailand
    Título do periódico: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
    Volume: 50
    Primeira página: 1479
    Ano: 2000
    DOI: 10.1099/00207713-50-4-1479
    Autor: C Canchaya
    Título: Diversity of the genus Lactobacillus revealed by comparative genomics of five species
    Título do periódico: Microbiology-SGM
    Volume: 152
    Primeira página: 3185
    Ano: 2006
    DOI: 10.1099/mic.0.29140-0
    Autor: M Ventura
    Título: Genome-scale analyses of health-promoting bacteria: probiogenomics
    Título do periódico: Nature Reviews Microbiology
    Volume: 7
    Primeira página: 61
    Ano: 2009
    DOI: 10.1038/nrmicro2047
    Autor: A Endo
    Título: Diversity of Lactobacillus and Bifidobacterium in feces of herbivores, omnivores and carnivores
    Título do periódico: Anaerobe
    Volume: 16
    Primeira página: 590
    Ano: 2010
    DOI: 10.1016/j.anaerobe.2010.10.005
    Autor: RL Tatusov
    Título: The COG database: an updated version includes eukaryotes
    Título do periódico: BMC Bioinformatics
    Volume: 4
    Primeira página: 41
    Ano: 2003
    DOI: 10.1186/1471-2105-4-41
    Autor: LJV Piddock
    Título: Multidrug-resistance efflux pumps - not just for resistance
    Título do periódico: Nature Reviews Microbiology
    Volume: 4
    Primeira página: 629
    Ano: 2006
    DOI: 10.1038/nrmicro1464
    Autor: MT Cottrell
    Título: Sequence and expression analyses of Cytophaga-like hydrolases in a Western arctic metagenomic library and the Sargasso seat
    Título do periódico: Applied and Environmental Microbiology
    Volume: 71
    Primeira página: 8506
    Ano: 2005
    DOI: 10.1128/AEM.71.12.8506-8513.2005
    Autor: AL Demain
    Título: Cellulase, clostridia, and ethanol
    Título do periódico: Microbiology and Molecular Biology Reviews
    Volume: 69
    Primeira página: 124
    Ano: 2005
    DOI: 10.1128/MMBR.69.1.124-154.2005
    Autor: CMGA Fontes
    Título: Cellulosomes: Highly efficient nanomachines designed to deconstruct plant cell wall complex carbohydrates
    Título do periódico: Annual Review of Biochemistry
    Volume: 79
    Primeira página: 655
    Ano: 2010
    DOI: 10.1146/annurev-biochem-091208-085603
    Autor: TDH Bugg
    Título: The emerging role for bacteria in lignin degradation and bio-product formation
    Título do periódico: Current Opinion in Biotechnology
    Volume: 22
    Primeira página: 394
    Ano: 2011
    DOI: 10.1016/j.copbio.2010.10.009
    Autor: C Sanchez
    Título: Lignocellulosic residues: Biodegradation and bioconversion by fungi
    Título do periódico: Biotechnol Advances
    Volume: 27
    Primeira página: 185
    Ano: 2009
    DOI: 10.1016/j.biotechadv.2008.11.001
    Autor: Y Sugano
    Título: DyP-type peroxidases comprise a novel heme peroxidase family
    Título do periódico: Cellular and Molecular Life Sciences
    Volume: 66
    Primeira página: 1387
    Ano: 2009
    DOI: 10.1007/s00018-008-8651-8
    Autor: JN Roberts
    Título: Characterization of dye-decolorizing peroxidases from Rhodococcus jostii RHA1
    Título do periódico: Biochemistry
    Volume: 50
    Primeira página: 5108
    Ano: 2011
    DOI: 10.1021/bi200427h
    Autor: M Ahmad
    Título: Development of novel assays for lignin degradation: comparative analysis of bacterial and fungal lignin degraders
    Título do periódico: Molecular Biosystems
    Volume: 6
    Primeira página: 815
    Ano: 2010
    DOI: 10.1039/b908966g
    Autor: ME Brown
    Título: Discovery and characterization of heme enzymes from unsequenced Bacteria: Application to microbial lignin degradation
    Título do periódico: Journal of the American Chemical Society
    Volume: 133
    Primeira página: 18006
    Ano: 2011
    DOI: 10.1021/ja203972q
    Autor: VM Markowitz
    Título: IMG/M: a data management and analysis system for metagenomes
    Título do periódico: Nucleic Acids Research
    Volume: 36
    Primeira página: D534
    Ano: 2008
    DOI: 10.1093/nar/gkm869
    Autor: R Lamendella
    Título: Comparative fecal metagenomics unveils unique functional capacity of the swine gut
    Título do periódico: BMC Microbiology
    Volume: 11
    Primeira página: 103
    Ano: 2011
    DOI: 10.1186/1471-2180-11-103
    Autor: D van der Lelie
    Título: The metagenome of an anaerobic microbial community decomposing poplar wood chips
    Título do periódico: PLOS ONE
    Volume: 7
    Primeira página: e36740
    Ano: 2012
    DOI: 10.1371/journal.pone.0036740
    Autor: MC Edwards
    Título: Pectin-rich biomass as feedstock for fuel ethanol production
    Título do periódico: Applied Microbiology and Biotechnology
    Volume: 95
    Primeira página: 565
    Ano: 2012
    DOI: 10.1007/s00253-012-4173-2
    Rynk R, van de Kamp M, Willson GB, Singley ME, Richard TL, et al.. (1992) On-Farm Composting Handbook, Northeast Regional Agricultural Engineering Service – Cooperative Extension; Rynk R, editor. Ithaca, NY: Northeast Regional Agricultural Engineering Service. 186 p.
    Autor: ALV Bitencourt
    Título: Core sampling test in large-scale compost cells for microorganism isolation
    Título do periódico: African Journal of Microbiology Research
    Volume: 4
    Primeira página: 1631
    Ano: 2010
    Autor: N Segata
    Título: Metagenomic microbial community profiling using unique clade-specific marker genes
    Título do periódico: Nat Methods
    Volume: 9
    Primeira página: 811
    Ano: 2012
    DOI: 10.1038/nmeth.2066
    Autor: EW Sayers
    Título: Database resources of the National Center for Biotechnology Information
    Título do periódico: Nucleic Acids Research
    Volume: 40
    Primeira página: D13
    Ano: 2012
    DOI: 10.1093/nar/gkr1184
    Autor: SF Altschul
    Título: Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs
    Título do periódico: Nucleic Acids Research
    Volume: 25
    Primeira página: 3389
    Ano: 1997
    DOI: 10.1093/nar/25.17.3389
    Autor: MA Larkin
    Título: Clustal W and clustal X version 2.0
    Título do periódico: Bioinformatics
    Volume: 23
    Primeira página: 2947
    Ano: 2007
    DOI: 10.1093/bioinformatics/btm404