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ProGen AP: um Pipeline para anotação proteogenômica de Mycobaterium tuberculosis visando o descobrimento de genes com potencial para intervenção biotecnológica (2013)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: PINTO, BEATRIZ JERONIMO - FMRP
  • USP Schools: FMRP
  • Sigla do Departamento: RGE
  • Subjects: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS; BIOMARCADORES
  • Keywords: Mycobacterium tuberculosis; Pipeline; Pipeline; Banco de dados; Biomarkers; Database; Proteogenomic; Proteogenômica
  • Language: Português
  • Abstract: Anotação proteogenômica é uma abordagem que une a análise proteômica com a anotação genômica. O intuito de tal abordagem é prover uma anotação mais detalhada ao gene. Intuito esse, que nem sempre é possível quando se trata apenas de genes, uma vez que produtos gênicos, com funções importantes preditas, somente passam a ter papel na fisiologia do organismo quando expressos e traduzidos. Com todo o avanço atual de estudos na área proteogenômica, a geração de dados tem crescido de modo exponencial e, com esse crescimento, nota-se a necessidade cada vez maior da criação de sistemas capazes de processar, armazenar e gerenciar essas novas informações produzidas. Assim, é descrito nesse trabalho o desenvolvimento do ProGen AP , sendo constituído de uma interface web construída em HTML/PHP5, um banco de dados cujo SGBD é o mySQL e de módulos de processamento de dados proteômicos, neste caso o LabKey (com o core Xtandem!) e o QuickMod. Todos os módulos são open source e comunicam entre si através de scripts PERL. Nesse sistema, o pesquisador fornece dados de experimentos proteômicos e o sistema, então, os processa e retorna ao usuário informações sobre o gene expresso, a localização dos peptídeos dentro do gene aos quais pertencem e, ainda, informações quantitativas sobre o peptídeo e a proteína identificados. Além disso, o uso de um processamento esquematizado reduz a possibilidade de erro de entrada/saída de dados nos módulos intermediários do processamento. Aqui, o ProGen AP foi aplicado no estudo proteômico do Mycobacterium tuberculosis (MTb). Na literatura, o genoma do MTb cepa H37Rv contém apenas 4062 open reading frames (ORFs) preditos e o complemento funcional desse genoma, o proteoma, ainda não está totalmente elucidado. A análise do proteoma do MTb, com o uso do ProGen AP, resultou em uma lista total de 154.982 identificaçõesde peptídeos, representando um total de 147.334 peptídeos únicos. Até o momento, foram identificadas 2.369 proteínas, cobrindo aproximadamente 58% de todo o genoma do MTB. É importante ressaltar que, dentre todas as proteínas identificadas até o momento, a maioria delas está anotada como proteinas hipotéticas em seu genoma, e, por consequência, os resultados obtidos nesse projeto confirmam e validam a existência de tais produtos gênicos. Além disso, 567 peptídeos foram identificados como N-terminal e 1229 como C-terminal, o que indica a correta predição do início e do término da tradução de tais genes. Todos esses resultados positivos confirmam que a abordagem utilizada no ProGen AP é eficiente e pode ser usada em vários outros organismos de interesse do pesquisador
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 03.05.2013
  • Acesso online ao documento

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    Exemplares físicos disponíveis nas Bibliotecas da USP
    BibliotecaCód. de barrasNúm. de chamada
    FMRP11200065736Pinto, Beatriz Jeronimo
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    • ABNT

      PINTO, Beatriz Jeronimo; GIULIATTI, Silvana. ProGen AP: um Pipeline para anotação proteogenômica de Mycobaterium tuberculosis visando o descobrimento de genes com potencial para intervenção biotecnológica. 2013.Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2013. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-11062013-162047/ >.
    • APA

      Pinto, B. J., & Giuliatti, S. (2013). ProGen AP: um Pipeline para anotação proteogenômica de Mycobaterium tuberculosis visando o descobrimento de genes com potencial para intervenção biotecnológica. Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-11062013-162047/
    • NLM

      Pinto BJ, Giuliatti S. ProGen AP: um Pipeline para anotação proteogenômica de Mycobaterium tuberculosis visando o descobrimento de genes com potencial para intervenção biotecnológica [Internet]. 2013 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-11062013-162047/
    • Vancouver

      Pinto BJ, Giuliatti S. ProGen AP: um Pipeline para anotação proteogenômica de Mycobaterium tuberculosis visando o descobrimento de genes com potencial para intervenção biotecnológica [Internet]. 2013 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-11062013-162047/

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