Uso da biblioteca genômica RNAr16S como ferramenta para o estudo da microbiota fecal humana (2013)
- Authors:
- Autor USP: MACHADO, JULIANA BANNWART DE ANDRADE - FCF
- Unidade: FCF
- Sigla do Departamento: FBC
- Subjects: MICROBIOLOGIA MÉDICA; BIOTA INTESTINAL; GENÔMICA; INTESTINOS (MICROBIOLOGIA)
- Language: Português
- Abstract: A microbiota intestinal é um ecossistema complexo que geralmente vive em harmonia com seu hospedeiro. É essencial para o desenvolvimento e funcionamento adequado do sistema imunológico da mucosa durante o início da vida, um processo que atualmente é conhecido por ser importante para a imunidade de adultos. A microbiota intestinal compreende aproximadamente 1000 espécies, das quais 80% não são cultiváveis. Tendo em vista a importância de se conhecer a microbiota humana e a utilização da ferramenta da construção da biblioteca genômica RNAr 16S ser relativamente recente, esse estudo tem como objetivo analisar diferentes protocolos para avaliar o uso desta ferramenta para o estudo da microbiota intestinal humana. Para a realização dos ensaios experimentais, o DNA extraído de fezes de seis crianças, em diferentes faixas etárias, foi utilizado para a criação de um pool, o qual foi utilizado nos ensaios de PCR. As bibliotecas RNAr 16S foram construídas utilizando 2 pares de iniciadores bactéria-específicos 27F-1492R e 63F-1387R, variando o tempo de desnaturação inicial de cada reação de amplificação do gene RNAr 16S entre 5 e 10 minutos, e 1 par de iniciadores 341F-518R. Os clones foram selecionados aleatoriamente, parcialmente sequenciados e analisados com base em banco de dados do gene RNAr 16S. A diversidade da microbiota foi menor quando os iniciadores 63F-1387R foram utilizados, em comparação aos resultados dos iniciadores 27F-1492R, no entanto, apenas o par de iniciadores 63F-1387R identificou Bifidobacterium sp., gênero importante para o desenvolvimento da microbiota intestinal humana. Não houve diferenças significativas na diversidade quando o tempo de desnaturação inicial da reação de PCR foi estendido para 10 minutos. Com o uso do par de iniciadores 341F-518R mostrou uma diversidade satisfatória, uma maior riqueza, quando comparada com os outros pares de iniciadorese detectou a presença de Bifidobacterium sp. Os dados obtidos sugerem que mais de um par de iniciadores deve ser empregado para o estudo da microbiota fecal quando se utilizar a biblioteca de RNAr 16S como ferramenta
- Imprenta:
- Data da defesa: 09.10.2013
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ABNT
MACHADO, Juliana Bannwart de Andrade. Uso da biblioteca genômica RNAr16S como ferramenta para o estudo da microbiota fecal humana. 2013. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2013. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9136/tde-16012014-140900/. Acesso em: 04 maio 2024. -
APA
Machado, J. B. de A. (2013). Uso da biblioteca genômica RNAr16S como ferramenta para o estudo da microbiota fecal humana (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9136/tde-16012014-140900/ -
NLM
Machado JB de A. Uso da biblioteca genômica RNAr16S como ferramenta para o estudo da microbiota fecal humana [Internet]. 2013 ;[citado 2024 maio 04 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9136/tde-16012014-140900/ -
Vancouver
Machado JB de A. Uso da biblioteca genômica RNAr16S como ferramenta para o estudo da microbiota fecal humana [Internet]. 2013 ;[citado 2024 maio 04 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9136/tde-16012014-140900/ - Antimicrobial susceptibility of 784 Escherichia Coli isolates from community-acquired urinary tract infection in Brazil
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