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Determination of viral tropism by genotyping and phenotyping assays in Brazilian HIV-1-infected patients (2014)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: CASSEB, JORGE SIMÃO DO ROSÁRIO - IMT ; DUARTE, ALBERTO JOSE DA SILVA - FM
  • USP Schools: IMT; FM
  • DOI: 10.1590/S0036-46652014000400003
  • Subjects: HIV; INFECÇÕES POR HIV; TROPISMO
  • Language: Inglês
  • Abstract: A aplicação clínica dos antagonistas de CCR5 envolve em primeiro lugar determinar o uso de co-receptor pela cepa viral infectante. Programas de bioinformática que prevêem o uso co-receptor poderiam fornecer um método alternativo para selecionar candidatos para o tratamento com os antagonistas do CCR5, particularmente em países com poucos recursos financeiros. Assim, o presente estudo teve por objetivo identificar a melhor abordagem utilizando ferramentas de bioinformática para determinar qual o tipo de co-receptor do HIV-1 que poderia ser usado na prática clínica. Sequências de DNA proviral e Trofile resultados a partir de 99 pacientes infectados pelo HIV-1 sob monitorização clínica foram avaliadas. Com base nos resultados do Teste Trofile, as variantes virais presentes eram R5 (81,1%), R5X4 (21,4%) e X4 (1,8%). Determinação do tropismo pela análise do Geno2pheno, com taxa de falso positivos de 10% apresentou desempenho mais adequado para esta amostragem: as cepas R5 e X4 foram encontradas em frequências de 78,5% e 28,4%, respectivamente, e foi de 78,6% a concordância entre os resultados fenotípicos e genotípicos. Mais estudos são necessários para esclarecer como a diversidade genética entre as cepas do vírus afeta abordagens baseadas na determinação do tropismo pelas ferramentas de bioinformática. Embora esta estratégia possa ser útil para o rastreio de pacientes em países em desenvolvimento, permanecem algumas limitações que restringem a aplicação mais ampla para utilização de testes de co-receptor na prática clínica.
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    Informações sobre o DOI: 10.1590/S0036-46652014000400003 (Fonte: oaDOI API)
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    Título do periódico: Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo

    ISSN: 0036-4665

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    Informações sobre o Citescore
  • Título: Revista do Instituto de Medicina Tropical de Sao Paulo

    ISSN: 0036-4665

    Citescore - 2017: 1.47

    SJR - 2017: 0.669

    SNIP - 2017: 0.899


  • Exemplares físicos disponíveis nas Bibliotecas da USP
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    FM2495387-10BCSEP 420 2014
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    • ABNT

      ARRUDA, Liã Bárbara; ARAÚJO, Marilia Ladeira de; MARTINEZ, Maira Luccia; et al. Determination of viral tropism by genotyping and phenotyping assays in Brazilian HIV-1-infected patients. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, v. 56, n. 4, p. 287-290, 2014. Disponível em: < http://dx.doi.org/10.1590/S0036-46652014000400003 > DOI: 10.1590/S0036-46652014000400003.
    • APA

      Arruda, L. B., Araújo, M. L. de, Martinez, M. L., Gonzalez, C. R., Duarte, A. J. da S., Coakley, E., et al. (2014). Determination of viral tropism by genotyping and phenotyping assays in Brazilian HIV-1-infected patients. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, 56( 4), 287-290. doi:10.1590/S0036-46652014000400003
    • NLM

      Arruda LB, Araújo ML de, Martinez ML, Gonzalez CR, Duarte AJ da S, Coakley E, Lie Y, Casseb JS do R. Determination of viral tropism by genotyping and phenotyping assays in Brazilian HIV-1-infected patients [Internet]. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo. 2014 ; 56( 4): 287-290.Available from: http://dx.doi.org/10.1590/S0036-46652014000400003
    • Vancouver

      Arruda LB, Araújo ML de, Martinez ML, Gonzalez CR, Duarte AJ da S, Coakley E, Lie Y, Casseb JS do R. Determination of viral tropism by genotyping and phenotyping assays in Brazilian HIV-1-infected patients [Internet]. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo. 2014 ; 56( 4): 287-290.Available from: http://dx.doi.org/10.1590/S0036-46652014000400003

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