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Desenvolvimento de marcadores SSR e SNP em maracujá-doce a partir de uma biblioteca enriquecida com genes de resposta à Xanthomonas axonopodis (2014)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: COSTA, ZIRLANE PORTUGAL DA - ESALQ
  • USP Schools: ESALQ
  • Subjects: BACTÉRIAS FITOPATOGÊNICAS; MANCHA BACTERIANA; MARACUJÁ; MARCADOR MOLECULAR; MAPEAMENTO GENÉTICO
  • Keywords: Microssatélites; Genes diferencialmente expressos
  • Language: Português
  • Abstract: Um dos desafios atuais do melhoramento das culturas de frutas tropicais é incorporar abordagens baseadas em marcadores moleculares em programas de melhoramento convencional . O maracujá-doce (Passiflora alata) é uma espécie diplóide, de fecundação cruzada e pouco explorada. Nosso grupo construiu recentemente um mapa de ligação enriquecido com diferentes tipos de marcadores moleculares. Além disso , nós reconhecemos um conjunto de transcritos diferencialmente expressos a partir de uma biblioteca de SSH construído usando mRNA de folhas de Passiflora edulis infectados com Xanthomonas axonopodis (Xap). Assim, nesse estudo este conjunto de transcritos foram explorados visando o desenvolvimento de marcadores SSR e SNP, com o intuito de enriquecer, posteriormente, o mapa de ligação de P. alata com marcadores funcionais putativos. Foram encontrados 115 SSRs em 91 sequências. Desses, os trinucleotídicos foram os mais abundantes e o motivo (AG)n foi o mais abundante entre os dinucleotídicos. Desenhou-se primers para amplificar 42 desses SSRs. Para os testes de amplificação foram utilizados 2 indivíduos de maracujá-amarelo, e testou-se a transferibilidade e o polimorfismo dos SSRs em 6 indivíduos da população de mapeamento de maracujá-doce. Trinta e quatro pares de iniciadores apresentaram bom padrão de amplificação em maracujá-doce. Apenas 10 loci microssatélites revelaram polimorfismo, dos quais 4 apresentaram segregação 1:1:1:1 e 6 apresentaram segregação1:1. Com relação aosmarcadores SNPs, 118 sequências da biblioteca de expressão foram utilizadas para o desenho de primers, das quais 37 foram utilizadas na obtenção de sequências dos acessos '2(12)', 'SV3', F1-67 e F1-100 para cada fragmento gênico, encontrando 34 SNPs bialélicos nas sequências de 16 fragmentos gênicos. As sequências dos 16 fragmentos gênicos variaram de 332 a 872 pb. Os tamanhos observados das sequências diferiram dos tamanhos esperados para todos os 16 fragmentos gênicos. Para os 16 fragmentos foi obtido um total de 10.003 pb, com frequência de SNP estimada em 1 a cada 294 pb. Observou-se igual ocorrência de SNPs em regiões codantes e não-codantes (50%, 17/34). Dos SNPs encontrados em regiões codantes 13 (76,4%), resultaram em mudança no aminoácido codificado, das quais cinco foram não conservativas. Das substituições encontradas as transversões foram as mais frequentemente (~53%, 18/34). Também, entre as substituições encontradas, observou-se que as transições do tipo C/T foram as mais frequentes (29,4%, 10/34). Os contigs dos 16 fragmentos gênicos de Passiflora alata foram usados na busca de sequências similares na base de dados do NCBI por BLASTX e uma função putativa pôde ser atribuída a todos os 16 fragmentos gênicos de P. alata. Dentre esses, 81,2% (13/16) mostraram homologia com as mesmas proteínas das sequências de origem e 18,8% tiveram similaridade com proteínas não nomeadas. No geral, os marcadores apresentaram baixo nível de polimorfismo molecular, mas estenível está de acordo com a literatura existente sobre as Passifloras Americanas. Este é o primeiro relatório sobre o desenvolvimento de marcadores candidatos que podem marcar importantes regiões cromossômicas (QTL) relacionadas a resposta de maracujá-doce a Xap
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 15.07.2014
  • Acesso online ao documento

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    BibliotecaCód. de barrasNúm. de chamada
    ESABC12700016355t634.425 C837d e.2 106466
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    • ABNT

      COSTA, Zirlane Portugal da; VIEIRA, Maria Lucia Carneiro. Desenvolvimento de marcadores SSR e SNP em maracujá-doce a partir de uma biblioteca enriquecida com genes de resposta à Xanthomonas axonopodis. 2014.Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2014. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-12082014-082213/ >.
    • APA

      Costa, Z. P. da, & Vieira, M. L. C. (2014). Desenvolvimento de marcadores SSR e SNP em maracujá-doce a partir de uma biblioteca enriquecida com genes de resposta à Xanthomonas axonopodis. Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-12082014-082213/
    • NLM

      Costa ZP da, Vieira MLC. Desenvolvimento de marcadores SSR e SNP em maracujá-doce a partir de uma biblioteca enriquecida com genes de resposta à Xanthomonas axonopodis [Internet]. 2014 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-12082014-082213/
    • Vancouver

      Costa ZP da, Vieira MLC. Desenvolvimento de marcadores SSR e SNP em maracujá-doce a partir de uma biblioteca enriquecida com genes de resposta à Xanthomonas axonopodis [Internet]. 2014 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-12082014-082213/

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