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Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais (2014)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: RIBEIRO, ADÈLE HELENA - IME
  • USP Schools: IME
  • Sigla do Departamento: MAC
  • Subjects: COMPUTAÇÃO GRÁFICA
  • Language: Português
  • Abstract: Toda medida, desde que feita por um instrumento real, tem uma imprecisão associada. Neste trabalho, abordamos a questão das imprecisões em experimentos de microarranjos de cDNA de dois canais, uma tecnologia que tem sido muito explorada nos últimos anos e que ainda é um importante auxiliar nos estudos de expressões gênicas. Dezenas de milhares de representantes de genes são impressos em uma lâmina de vidro e hibridizados simultaneamente com RNA mensageiro de duas amostras diferentes de células. Essas amostras são marcadas com corantes uorescentes diferentes e a lâmina, após a hibridização, é digitalizada, obtendo-se duas imagens. As imagens são analisadas com programas especiais que segmentam os locais que estavam os genes e extraem estatísticas dos píxeis de cada local. Por exemplo, a média, a mediana e a variância das intensidades do conjunto de píxeis de cada local (o mesmo é feito normalmente para uma área em volta de cada local, chamada de fundo). Estimadores estatísticos como o da variância nos dão uma estimativa de quão precisa é uma certa medida. Uma vez de posse das estimativas das intensidades de cada local, para se obter a efetiva express ão de um gene, algumas transformações são feitas nos dados de forma a eliminar variabilidades sistemáticas. Neste trabalho, mostramos como podem ser feitas as análises a partir de uma medida de expressão gênica com um erro estimado. Mostramos como estimar essa imprecisão e estudamos, em termos de propagação da imprecisão, os efeitos de algumas transformações realizadas nos dados, por exemplo, a remoção do viés estimado pelo método de regressão local robusta, mais conhecido como lowess. Uma vez obtidas as estimativas das imprecisões propagadas, mostramos também como utilizá-las na determinação dos genes diferencialmente expressos entre as amostras estudadas. Por fim, comparamos os resultados com os
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 03.06.2014
  • Acesso online ao documento

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    • ABNT

      RIBEIRO, Adele Helena; HIRATA JUNIOR, R. Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais. 2014.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2014. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04082014-163616 >.
    • APA

      Ribeiro, A. H., & Hirata Junior, R. (2014). Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04082014-163616
    • NLM

      Ribeiro AH, Hirata Junior R. Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais [Internet]. 2014 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04082014-163616
    • Vancouver

      Ribeiro AH, Hirata Junior R. Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais [Internet]. 2014 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04082014-163616

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