Aplicação de estratégias híbridas em algoritmos de alinhamento múltiplo de sequências para ambientes de computação paralela e distribuída (2014)
- Authors:
- Autor USP: ZAFALON, GERALDO FRANCISCO DONEGÁ - EP
- Unidade: EP
- Sigla do Departamento: PCS
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; ALGORITMOS (OTIMIZAÇÃO)
- Language: Português
- Abstract: A Bioinformática tem se desenvolvido de forma intensa nos últimos anos. A necessidade de se processar os grandes conjuntos de sequências, sejam de nucleotídeos ou de proteínas, tem estimulado o desenvolvimento de diversas técnicas algorítmicas, de modo a tratar este problema de maneira factível. Os algoritmos de alinhamento de alinhamento múltiplo de sequências assumiram um papel primordial, tornando a execução de alinhamentos de conjuntos com mais de duas sequências uma tarefa viável computacionalmente. No entanto, com o aumento vertiginoso tanto da quantidade de sequências em um determinado conjunto, quanto do comprimento dessas sequências, a utilização desses algoritmos de alinhamento múltiplo, sem o acoplamento de novas estratégias, tornou-se algo impraticável. Consequentemente, a computação de alto desempenho despontou como um dos recursos a serem utilizados, através da paralelização de diversas estratégias para sua execução em grandes sistemas computacionais. Além disso, com a contínua expansão dos conjuntos de sequências, outras estratégias de otimização passaram a ser agregadas aos algoritmos de alinhamento múltiplo paralelos. Com isso, o desenvolvimento de ferramentas para alinhamento múltiplo de sequências baseadas em abordagens híbridas destaca-se, atualmente, como a solução com melhor aceitação. Assim, no presente trabalho, pode-se verificar o desenvolvimento de uma estratégia híbrida para os algoritmos de alinhamento múltiplo progressivos, cuja utilização é amplamente difundida, em Bioinformática. Nesta abordagem, conjugou-se a paralelização e o particionamento dos conjuntos de sequências, na fase de construção da matriz de pontuação, e a otimização das fases de construção da árvore filogenética e de alinhamento múltiplo, através dos algoritmos de colônia de formigas e simulated annealling paralelo, respectivamente.
- Imprenta:
- Data da defesa: 11.11.2014
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ABNT
ZAFALON, Geraldo Francisco Donegá. Aplicação de estratégias híbridas em algoritmos de alinhamento múltiplo de sequências para ambientes de computação paralela e distribuída. 2014. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2014. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-28082015-120515/. Acesso em: 06 maio 2024. -
APA
Zafalon, G. F. D. (2014). Aplicação de estratégias híbridas em algoritmos de alinhamento múltiplo de sequências para ambientes de computação paralela e distribuída (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-28082015-120515/ -
NLM
Zafalon GFD. Aplicação de estratégias híbridas em algoritmos de alinhamento múltiplo de sequências para ambientes de computação paralela e distribuída [Internet]. 2014 ;[citado 2024 maio 06 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-28082015-120515/ -
Vancouver
Zafalon GFD. Aplicação de estratégias híbridas em algoritmos de alinhamento múltiplo de sequências para ambientes de computação paralela e distribuída [Internet]. 2014 ;[citado 2024 maio 06 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-28082015-120515/
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