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Identification of CNVs in the Nelore genome and its association with meat tenderness (2015)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: SILVA, VINICIUS HENRIQUE DA - ESALQ
  • USP Schools: ESALQ
  • Subjects: MARCADOR MOLECULAR; GADO NELORE; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; GENOMAS
  • Language: Inglês
  • Abstract: A raça Nelore é predominante no rebanho zebuíno brasileiro (Bos taurus indicus). A grande adaptabilidade da raça Nelore ao clima tropical brasileiro, no entanto, não está associada à maciez de carne (MT). Sabe-se que MT é influenciada por vários fatores ambientais e pela composição genética. Foi realizada uma análise de todo o genoma para inferir Variação no Número de Cópias de Segmentos Genômicos (Copy Number Variation - CNV) a partir de dados oriundos de chip de SNP (Illumina® Bovine High Density), para uma população de 723 machos Nelore, incluindo 30 ancentrais da população. Foram detectadas >2600 regiões de CNV (CNVRs) representando ≈6.5% do genoma bovino. O tamanho médio do CNVR foi de 65 kb, variando de 5 kb até 43 Mb. Um total de 1155 CNVRs (43.6%) obtiveram sobreposição com 2750 genes. Estes genes foram enriquecidos para as funções importantes, tais como resposta imunológica, recepção olfativa e processos que envolvem o trifosfato de guanosina (GTP). As vias metabólicas do GTP conhecidamente influenciam a fisiologia e a morfologia do músculo esquelético. Loci de características quantitativas (QTLs) para MT, alguns específicos para Nelore, sobrepuseram uma fração substancial das CNVRs encontradas. Dois CNVRs foram encontrados em região proximal à genes do metabolismo da glutationa os quais também são associados com MT. Comparando os resultados com estudos anteriores ≈1400 CNVRs (>50%) foram sobrepostos. Nove CNVRs em regiões associadas com MT foramvalidados nos 30 ancentrais por qPCR. Em conclusão, foram identificadas regiões genômicas de variação estrutural no Nelore, com potenciais implicações sobre o fenótipo MT. No segundo capítulo, um total de 34 animais da população foi submetido à análise do transcriptoma e análise de potencial genético para MT. Foram identificados 170 fragmentos de CNV (CNVFs) mapeados em 20 CNVRs, os quais mostraram frequências significativamente diferentes entre animais com potencial genético para carne mais dura ou mais macia. Uma fração considerável dos CNVFs identificados afetaram a expressão gênica de genes MT (anteriormente descritos como associados à MT ou fisiologia do músculo esquelético), os quais desempenham um papel importante no metabolismo de glicogênio, volume do tecido conjuntivo, transportadores de membrana e vias metabólicas da glutationa. Um número considerável de CNVRs foram associados à expressão de genes sobrepostos e nas proximidades, onde o aumento ou diminuição do número de cópias foi associado com a mudança na expressão gênica. Dois CNVRs associados foram mapeados para os cromossomo 12 e 23, estando próximos a QTLs anteriormente descritos para MT na raça Nelore. Vários CNVFs, entre animais com potencial genético para carne mais macia ou dura, mostraram diferenças significativas na expressão gênica. Essas regiões estão ligadas a importantes funções biológicas com influências altamente relevantes para MT e para a fisiologia do músculo esquelético
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 25.02.2015
  • Acesso online ao documento

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    BibliotecaCód. de barrasNúm. de chamada
    ESABC12700011454t636.291 S586i e.2 108499
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    • ABNT

      SILVA, Vinicius Henrique da; COUTINHO, Luiz Lehmann. Identification of CNVs in the Nelore genome and its association with meat tenderness. 2015.Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2015. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-22042015-134017/ >.
    • APA

      Silva, V. H. da, & Coutinho, L. L. (2015). Identification of CNVs in the Nelore genome and its association with meat tenderness. Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-22042015-134017/
    • NLM

      Silva VH da, Coutinho LL. Identification of CNVs in the Nelore genome and its association with meat tenderness [Internet]. 2015 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-22042015-134017/
    • Vancouver

      Silva VH da, Coutinho LL. Identification of CNVs in the Nelore genome and its association with meat tenderness [Internet]. 2015 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-22042015-134017/

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